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- PDB-2ybr: Crystal structure of the human derived single chain antibody frag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ybr
タイトルCrystal structure of the human derived single chain antibody fragment (scFv) 9004G in complex with Cn2 toxin from the scorpion Centruroides noxius Hoffmann
要素
  • (SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G) x 2
  • BETA-MAMMAL TOXIN CN2
キーワードIMMUNE SYSTEM/TOXIN / IMMUNE SYSTEM-TOXIN COMPLEX / SCORPION TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-mammal toxin Cn2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
CENTRUROIDES NOXIUS HOFFMANN (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Canul-Tec, J.C. / Riano-Umbarila, L. / Rudino-Pinera, E. / Becerril, B. / Possani, L.D. / Torres-Larios, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis of Neutralization of the Major Toxic Component from the Scorpion Centruroides Noxius Hoffmann by a Human-Derived Single Chain Antibody Fragment
著者: Canul-Tec, J.C. / Riano-Umbarila, L. / Rudino-Pinera, E. / Becerril, B. / Possani, L.D. / Torres-Larios, A.
履歴
登録2011年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月9日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
B: SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
C: BETA-MAMMAL TOXIN CN2
D: SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
E: SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
F: BETA-MAMMAL TOXIN CN2
G: SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
H: SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
I: BETA-MAMMAL TOXIN CN2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,6819
ポリマ－106,6819
非ポリマー00
水3,963220
1
A: SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
B: SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
C: BETA-MAMMAL TOXIN CN2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5603
ポリマ－35,5603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-15.9 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
2
D: SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
E: SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
F: BETA-MAMMAL TOXIN CN2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5603
ポリマ－35,5603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-14.3 kcal/mol
Surface area13120 Å2
手法PISA
3
G: SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
H: SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G
I: BETA-MAMMAL TOXIN CN2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5603
ポリマ－35,5603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-13.3 kcal/mol
Surface area13870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.844, 104.494, 152.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9994, -0.0113, 0.0319), (0.0218, 0.5047, 0.863), (-0.0259, 0.8632, -0.5041)-35.0027, -9.1771, 24.4139
2given(-0.9986, -0.0082, 0.0531), (0.0503, -0.4907, 0.8699), (0.0189, 0.8713, 0.4904)-71.3242, -20.6686, 14.8426
3given(-0.9995, -0.0212, 0.0214), (0.0074, 0.5186, 0.855), (-0.0292, 0.8548, -0.5182)-34.8269, -9.6341, 24.4174
4given(-0.9998, -0.007, 0.0185), (0.0195, -0.4948, 0.8688), (0.0031, 0.869, 0.4948)-70.1488, -22.1178, 13.8823
5given(-0.999, 0.0129, -0.043), (-0.031, 0.4938, 0.869), (0.0324, 0.8695, -0.4929)-36.0636, -9.9119, 25.6794
6given(-0.9996, -0.0023, 0.0276), (0.025, -0.5023, 0.8643), (0.0119, 0.8647, 0.5022)-70.4167, -21.5566, 14.17

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要素

#1: 抗体 SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G


分子量: 12533.847 Da / 分子数: 3 / 断片: HEAVY CHAIN, RESIDUES 1-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PSYN1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): TG1
#2: 抗体 SINGLE CHAIN ANTIBODY FRAGMENT 9004G


分子量: 15418.860 Da / 分子数: 3 / 断片: LIGHT CHAIN, RESIDUES 118-263 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PSYN1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): TG1
#3: タンパク質 BETA-MAMMAL TOXIN CN2 / CN2 TOXIN / TOXIN 2 / TOXIN II.9.2.2


分子量: 7607.728 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CENTRUROIDES NOXIUS HOFFMANN (サソリ) / 参照: UniProt: P01495
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 100 MM BIS-TRIS, PH 5.5, 25% PEG 3350 AND 200 MM (NH4)2SO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→46.2 Å / Num. obs: 37179 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HOMOLOGY MODEL BASED ON PDB ENTRIES 1CN2, 1QLR, AND 1DFB

1cn2

1qlr

1dfb


解像度: 2.55→45.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.478 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24673 1858 5 %RANDOM
Rwork0.19183 ---
obs0.19455 35277 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.766 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å20 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→45.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6721 0 0 220 6941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226886
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2571.959318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8565866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.90123.17306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.996151102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1441552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3441.54295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.70226838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.18432591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1554.52480
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 130 -
Rwork0.305 2577 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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