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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ybd
タイトルCrystal structure of probable had family hydrolase from pseudomonas fluorescens pf-5 with bound phosphate
要素HYDROLASE, HALOACID DEHALOGENASE-LIKE FAMILY
キーワードHYDROLASE / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #80 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #80 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1 and 3
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS FLUORESCENS PF-5 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Freeman, J. / Miller, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Probable Had Family Hydrolase from Pseudomonas Fluorescens Pf-5 with Bound Phosphate
著者: Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Freeman, J. / Miller, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROLASE, HALOACID DEHALOGENASE-LIKE FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9844
ポリマ－22,7701
非ポリマー2143
水4,125229
1
A: HYDROLASE, HALOACID DEHALOGENASE-LIKE FAMILY
ヘテロ分子

A: HYDROLASE, HALOACID DEHALOGENASE-LIKE FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9698
ポリマ－45,5402
非ポリマー4286
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-67.6 kcal/mol
Surface area17350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.978, 65.978, 250.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2103-

HOH

21A-2185-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HYDROLASE, HALOACID DEHALOGENASE-LIKE FAMILY


分子量: 22770.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS FLUORESCENS PF-5 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K5L5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: PROTEIN (10MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, 10% GLYCEROL, 5 MM DTT, 5 MM MGCL);RESERVOUR (2.5 M NA/K PHOSPHATE, 150 MM NACITRATE, PH 5.0;CRYOPROTECTION (1.8 M NA/K PHOSPHATE, 100 MM NACITRATE, ...詳細: PROTEIN (10MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, 10% GLYCEROL, 5 MM DTT, 5 MM MGCL);RESERVOUR (2.5 M NA/K PHOSPHATE, 150 MM NACITRATE, PH 5.0;CRYOPROTECTION (1.8 M NA/K PHOSPHATE, 100 MM NACITRATE, 18.5% GLYCEROL, 185 MM MGSO4) TWO MINUTE SOAK.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU-MSC RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 22605 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.3 % / Biso Wilson estimate: 22.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M9L

3m9l


解像度: 2.001→32.989 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.96 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: MAGNESIUM IN ACTIVE SITE CHOSEN OVER WATER DUE TO COORDINATION NUMBER AND GEOMETRY. MOST LIKELY DOES NOT REPRESENT THE TYPICAL COORDINATION DURING CHEMISTRY. PHOSPHATE IS ASSUMED TO BE BOUND ...詳細: MAGNESIUM IN ACTIVE SITE CHOSEN OVER WATER DUE TO COORDINATION NUMBER AND GEOMETRY. MOST LIKELY DOES NOT REPRESENT THE TYPICAL COORDINATION DURING CHEMISTRY. PHOSPHATE IS ASSUMED TO BE BOUND BY THE ACTIVE SITE POSITION THAT COORDINATES THE PHOSPHATE OF SUBSTRATE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1106 5.1 %
Rwork0.1707 --
obs0.173 21908 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.422 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8479 Å20 Å20 Å2
2--0.8479 Å20 Å2
3----1.6957 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→32.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1507 0 11 229 1747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0322180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.246582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0009-2.09190.28131250.21622221X-RAY DIFFRACTION85
2.0919-2.20220.21011320.16972479X-RAY DIFFRACTION93
2.2022-2.34010.24081350.16592523X-RAY DIFFRACTION96
2.3401-2.52080.21591370.16582570X-RAY DIFFRACTION97
2.5208-2.77430.20931360.16572634X-RAY DIFFRACTION98
2.7743-3.17550.22561420.16532680X-RAY DIFFRACTION99
3.1755-3.99970.19021450.16522740X-RAY DIFFRACTION100
3.9997-32.99350.22371540.17542955X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24860.1412-0.0290.3281-0.07710.023-0.17630.1446-0.0196-0.09440.14450.045-0.043-0.05380.01610.19260.1160.0008-0.05720.04440.091550.43356.173419.3473
20.0946-0.0174-0.05440.0391-0.05060.1035-0.1496-0.0090.00070.05280.0713-0.13070.05740.07930.0150.18610.0172-0.04240.0883-0.00120.121865.0061-7.8637-2.2223
30.0809-0.0222-0.08510.0229-0.01670.1088-0.106-0.0214-0.08190.05010.0120.0870.1381-0.09450.00880.17210.02520.00570.08730.01380.111451.7545-1.932916.8401
40.062-0.00610.01260.03680.06930.1984-0.15540.0708-0.14450.0087-0.05090.0786-0.0135-0.03770.02830.18850.0469-0.00980.147-0.01650.160443.11748.044320.5064
50.1405-0.1274-0.03280.09980.04980.1024-0.0640.0039-0.13230.09470.00680.3439-0.0613-0.31630.01810.1830.0504-0.01550.1019-0.02570.195539.17048.543219.5103
60.08980.0193-0.03320.0143-0.01230.0648-0.0168-0.0659-0.0314-0.06780.01420.0182-0.20790.02850.00480.18520.04980.01780.07190.0050.08855.743514.112518.3558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESSEQ 2:23)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESSEQ 24:60)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESSEQ 61:85)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESSEQ 86:96)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESSEQ 97:143)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESSEQ 144:197)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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