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- PDB-2ybb: Fitted model for bovine mitochondrial supercomplex I1III2IV1 by s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ybb
タイトルFitted model for bovine mitochondrial supercomplex I1III2IV1 by single particle cryo-EM (EMD-1876)
要素
  • (CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT ...) x 9
  • (CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT ...) x 12
  • (NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT ...) x 10
  • (NADH\: UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE, MEMBRANE SUBUNIT ...) x 2
  • CYTOCHROME B
  • CYTOCHROME C
  • CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIA, CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VB
  • CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
キーワードOXIDOREDUCTASE / SUPERCOMPLEX B / MITOCHONDRIA / RESPIRATORY CHAIN / AMPHIPOL A8-35 / RANDOM CONICAL TILT
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Pyroptosis / Regulation of the apoptosome activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Complex III assembly / Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Pyroptosis / Regulation of the apoptosome activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Complex III assembly / Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / respiratory chain complex III / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / respiratory chain complex IV / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / : / : / : / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase / molybdopterin cofactor binding / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / iron-sulfur cluster assembly / Mitochondrial protein degradation / respiratory chain complex I / electron transport coupled proton transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / quinone binding / : / enzyme regulator activity / ferric iron binding / respiratory electron transport chain / central nervous system development / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / apoptotic process / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NADH-quinone oxidoreductase, subunit15 / NADH-quinone oxidoreductase, subunit 15 superfamily / NADH-quinone oxidoreductase chain 15 / Frataxin/CyaY superfamily / Soluble ligand binding domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily ...NADH-quinone oxidoreductase, subunit15 / NADH-quinone oxidoreductase, subunit 15 superfamily / NADH-quinone oxidoreductase chain 15 / Frataxin/CyaY superfamily / Soluble ligand binding domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / SLBB domain / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Cytochrome c oxidase subunit III domain / 4Fe-4S binding domain / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / : / Cytochrome b / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / STIGMATELLIN A ...CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / STIGMATELLIN A / UBIQUINONE-1 / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome c / Cytochrome c oxidase subunit 2 / NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 / NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 / NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 / NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 / NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 / NADH-quinone oxidoreductase subunit 15
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
BOS TAURUS (ウシ)
ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19 Å
データ登録者Althoff, T. / Mills, D.J. / Popot, J.-L. / Kuehlbrandt, W.
引用
ジャーナル: EMBO J / 年: 2011
タイトル: Arrangement of electron transport chain components in bovine mitochondrial supercomplex I1III2IV1.
著者: Thorsten Althoff / Deryck J Mills / Jean-Luc Popot / Werner Kühlbrandt /
要旨: The respiratory chain in the inner mitochondrial membrane contains three large multi-enzyme complexes that together establish the proton gradient for ATP synthesis, and assemble into a supercomplex. ...The respiratory chain in the inner mitochondrial membrane contains three large multi-enzyme complexes that together establish the proton gradient for ATP synthesis, and assemble into a supercomplex. A 19-Å 3D map of the 1.7-MDa amphipol-solubilized supercomplex I(1)III(2)IV(1) from bovine heart obtained by single-particle electron cryo-microscopy reveals an amphipol belt replacing the membrane lipid bilayer. A precise fit of the X-ray structures of complex I, the complex III dimer, and monomeric complex IV indicates distances of 13 nm between the ubiquinol-binding sites of complexes I and III, and of 10-11 nm between the cytochrome c binding sites of complexes III and IV. The arrangement of respiratory chain complexes suggests two possible pathways for efficient electron transfer through the supercomplex, of which the shorter branch through the complex III monomer proximal to complex I may be preferred.
#1: ジャーナル: Ph D Thesis / 年: 2011
タイトル: Strukturelle Untersuchungen Am Superkomplex I1III2Iv1 Der Atmungskette Mittels Kryoelektronenmikroskopie
著者: Althoff, T.
履歴
登録2011年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Other
改定 1.22017年8月30日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_distant_solvent_atoms
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: cell / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _cell.Z_PDB / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-1876
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 1
2: NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 2
3: NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 3
4: NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 4
5: NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 5
6: NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 6
7: NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 15
8: NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 9
A: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL
B: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL
C: CYTOCHROME B
D: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
E: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
F: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7
G: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8
H: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL
I: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
J: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9
K: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 10
L: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 1
M: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2
N: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 3
O: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 4 ISOFORM 1, MITOCHONDRIAL
P: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5A, MITOCHONDRIAL
Q: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5B, MITOCHONDRIAL
R: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIA, CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VB
S: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6B1
T: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6C
U: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7A1, MITOCHONDRIAL
V: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7B, MITOCHONDRIAL
W: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7C, MITOCHONDRIAL
X: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 8B, MITOCHONDRIAL
Y: CYTOCHROME C
a: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL
b: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL
c: CYTOCHROME B
d: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
e: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
f: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7
g: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8
h: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL
i: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
j: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9
k: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 10
m: NADH\: UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE, MEMBRANE SUBUNIT L,
n: NADH\: UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE, MEMBRANE SUBUNIT M,
o: NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT N
p: NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,125,22490
ポリマ－1,107,06048
非ポリマー18,16442
水28,7881598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

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NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT ... , 10種, 10分子 12345678op

#1: タンパク質 NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 1 / NADH DEHYDROGENASE I CHAIN 1 / NDH-1 SUBUNIT 1


分子量: 48693.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NQO1 (51KDA) / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q56222, NADH dehydrogenase (quinone)
#2: タンパク質 NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 2 / NADH DEHYDROGENASE I CHAIN 2 / NDH-1 SUBUNIT 2


分子量: 20309.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NQO2 (24KDA) / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q56221, NADH dehydrogenase (quinone)
#3: タンパク質 NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 3 / NADH DEHYDROGENASE I CHAIN 3 / NDH-1 SUBUNIT 3


分子量: 86656.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NQO3 (75KDA) / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q56223, NADH dehydrogenase (quinone)
#4: タンパク質 NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 4 / NADH DEHYDROGENASE I CHAIN 4 / NDH-1 SUBUNIT 4


分子量: 46428.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NQO4 (49KDA) / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q56220, NADH dehydrogenase (quinone)
#5: タンパク質 NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 5 / NADH DEHYDROGENASE I CHAIN 5 / NDH-1 SUBUNIT 5


分子量: 23893.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NQO5 (30KDA) / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q56219, NADH dehydrogenase (quinone)
#6: タンパク質 NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 6 / NADH DEHYDROGENASE I SUBUNIT 6 / NDH-1 SUBUNIT 6


分子量: 20262.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NQO6 (PSST) / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q56218, NADH dehydrogenase (quinone)
#7: タンパク質 NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 15 / NADH DEHYDROGENASE I CHAIN 15 / NDH-1 SUBUNIT 15


分子量: 14812.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NQO15 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SKZ7, NADH dehydrogenase (quinone)
#8: タンパク質 NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT 9 / NADH DEHYDROGENASE I SUBUNIT 9 / NDH-1 SUBUNIT 9


分子量: 20106.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NQO9 (TYKY) / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q56224, NADH dehydrogenase (quinone)
#36: タンパク質 NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT N / NADH DEHYDROGENASE I SUBUNIT N / NDH-1 SUBUNIT N


分子量: 32187.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SUBUNIT NUON (CHAIN2) / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21 / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#37: タンパク質 NADH-QUINONE OXIDOREDUCTASE SUBUNIT K / NADH DEHYDROGENASE I SUBUNIT K / NDH-1 SUBUNIT K


分子量: 23932.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SUBUNITS NUOA, J AND K (CHAIN3,6 AND 4L) / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21 / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

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CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT ... , 9種, 18分子 AaBbEeFfGgHhIiJjKk

#9: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 1 / CORE PROTEIN I / UBIQUINOL-CYTOCHROME- C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 1


分子量: 49266.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 2 / CORE PROTEIN II / UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2


分子量: 46575.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase
#13: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 5 / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 5 / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / UBIQUINOL- ...COMPLEX III SUBUNIT 5 / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 5 / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT


分子量: 21640.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#14: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7 / COMPLEX III SUBUNIT 7 / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KDA PROTEIN / COMPLEX III SUBUNIT VII


分子量: 13371.190 Da / 分子数: 2 / Mutation: YES / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00129, quinol-cytochrome-c reductase
#15: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8 / COMPLEX III SUBUNIT 8 / COMPLEX III SUBUNIT VIII / UBIQUINOL- CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 9.5 ...COMPLEX III SUBUNIT 8 / COMPLEX III SUBUNIT VIII / UBIQUINOL- CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 9.5 KDA PROTEIN / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C


分子量: 9606.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase
#16: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 6 / COMPLEX III SUBUNIT VIII / CYTOCHROME C1 NON-HEME 11 KDA PROTEIN / ...COMPLEX III SUBUNIT 6 / COMPLEX III SUBUNIT VIII / CYTOCHROME C1 NON-HEME 11 KDA PROTEIN / MITOCHONDRIAL HINGE PROTEIN / UBIQUINOL- CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 11 KDA PROTEIN


分子量: 9189.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase
#17: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 5 / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 5 / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / UBIQUINOL- ...COMPLEX III SUBUNIT 5 / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 5 / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 11 / COMPLEX III SUBUNIT IX / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 8 KDA PROTEIN / RISP


分子量: 6677.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#18: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9 / COMPLEX III SUBUNIT 9 / COMPLEX III SUBUNIT X / CYTOCHROME C1 NON-HEME 7 KDA PROTEIN / UBIQUINOL- ...COMPLEX III SUBUNIT 9 / COMPLEX III SUBUNIT X / CYTOCHROME C1 NON-HEME 7 KDA PROTEIN / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.2 KDA PROTEIN


分子量: 7209.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00130, quinol-cytochrome-c reductase
#19: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 10 / COMPLEX III SUBUNIT 10 / COMPLEX III SUBUNIT XI / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 6.4 KDA PROTEIN


分子量: 6370.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P07552, quinol-cytochrome-c reductase

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タンパク質 , 4種, 6分子 CcDdRY

#11: タンパク質 CYTOCHROME B / COMPLEX III SUBUNIT 3 / COMPLEX III SUBUNIT III / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 3 / UBIQUINOL- ...COMPLEX III SUBUNIT 3 / COMPLEX III SUBUNIT III / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 3 / UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CYTOCHROME B SUBUNIT


分子量: 42620.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00157, quinol-cytochrome-c reductase
#12: タンパク質 CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 4 / COMPLEX III SUBUNIT IV / CYTOCHROME B- C1 COMPLEX SUBUNIT 4 / UBIQUINOL- ...COMPLEX III SUBUNIT 4 / COMPLEX III SUBUNIT IV / CYTOCHROME B- C1 COMPLEX SUBUNIT 4 / UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CYTOCHROME C1 SUBUNIT


分子量: 27323.277 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 85-325 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00125, quinol-cytochrome-c reductase
#26: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIA, CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VB / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIA-HEART / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIB / COXVIAH


分子量: 9452.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P07471, cytochrome-c oxidase
#33: タンパク質 CYTOCHROME C


分子量: 11595.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P62894

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CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT ... , 12種, 12分子 LMNOPQSTUVWX

#20: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 1 / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I


分子量: 57065.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#21: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2 / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE II


分子量: 26040.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P68530, cytochrome-c oxidase
#22: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 3 / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00415, cytochrome-c oxidase
#23: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 4 ISOFORM 1, MITOCHONDRIAL / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE IV / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT IV ISOFORM 1 / COX IV-1


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00423, cytochrome-c oxidase
#24: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5A, MITOCHONDRIAL / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VA


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00426, cytochrome-c oxidase
#25: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5B, MITOCHONDRIAL / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIA / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VB


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00428, cytochrome-c oxidase
#27: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6B1 / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VII / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT AED / CYTOCHROME C OXIDASE ...CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VII / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT AED / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIB ISOFORM 1 / COX VIB-1


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00429, cytochrome-c oxidase
#28: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 6C / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIC / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT STA


分子量: 8494.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P04038, cytochrome-c oxidase
#29: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7A1, MITOCHONDRIAL / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIIIC / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIIA-HEART / CYTOCHROME C OXIDASE ...CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIIIC / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIIA-HEART / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIIA-MUSCLE / VIIIC / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIIA-H / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIIA-M


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P07470, cytochrome-c oxidase
#30: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7B, MITOCHONDRIAL / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIIB / IHQ


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13183, cytochrome-c oxidase
#31: タンパク質・ペプチド CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7C, MITOCHONDRIAL / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIIIA / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIIC


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00430, cytochrome-c oxidase
#32: タンパク質・ペプチド CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 8B, MITOCHONDRIAL / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIII-HEART / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 8-1 / CYTOCHROME C ...CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIII-HEART / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 8-1 / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 8H / IX / VIIIB


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P10175, cytochrome-c oxidase

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NADH\: UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE, MEMBRANE SUBUNIT ... , 2種, 2分子 mn

#34: タンパク質 NADH\: UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE, MEMBRANE SUBUNIT L,


分子量: 40357.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SUBUNIT NUOL (CHAIN5) / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21 / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#35: タンパク質 NADH\: UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE, MEMBRANE SUBUNIT M, / SUBUNIT OF NADH\: UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE I


分子量: 33293.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SUBUNIT NUOM (CHAIN4) / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21 / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

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非ポリマー , 15種, 1640分子

#38: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#39: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#40: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#41: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#42: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#43: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#44: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#45: 化合物 ChemComp-SMA / STIGMATELLIN A


分子量: 514.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7
#46: 化合物 ChemComp-UQ1 / UBIQUINONE-1 / ユビキノン1


分子量: 250.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18O4
#47: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#48: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#49: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#50: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#51: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#52: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細DUE TO THE AMBIGUITY ABOUT THE REGISTER OF THE SEQUENCE, THESE CHAINS WERE BUILT WITH UNK RESIDUES ...DUE TO THE AMBIGUITY ABOUT THE REGISTER OF THE SEQUENCE, THESE CHAINS WERE BUILT WITH UNK RESIDUES ONLY. THE UNIPROT REFERENCES FOR CHAINS m, n, o, p ARE C6E9S4, C6E9S5, C6E9S6, C6E9S2 RESPECTIVELY.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RESPIRATORY SUPERCOMPLEX B (I1III2IV1) COMPOSED OF COMPLEX I, DIMERIC COMPLEX III AND COMPLEX IV FROM BOVINE HEART MITOCHONDRIA
タイプ: COMPLEX
詳細: THE SUPERCOMPLEXES WERE KEPT SOLUBLE BY AMPHIPOLS A8-35
緩衝液名称: 10 MM KCL, 15 MM HEPES, RESIDUAL TREHALOSE / pH: 7.7 / 詳細: 10 MM KCL, 15 MM HEPES, RESIDUAL TREHALOSE
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 70, TEMPERATURE- 95, INSTRUMENT- CUSTOM-MADE HAND PLUNGER, METHOD- ONE- SIDED BLOTTING FOR 26 - 30 SECONDS BEFORE PLUNGING, DETAILS- SAMPLE WAS ...詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 70, TEMPERATURE- 95, INSTRUMENT- CUSTOM-MADE HAND PLUNGER, METHOD- ONE- SIDED BLOTTING FOR 26 - 30 SECONDS BEFORE PLUNGING, DETAILS- SAMPLE WAS ADSORBED TO CARBON FILM FOR 30 SECONDS BEFORE BLOTTING

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
詳細: LOW DOSE CONDITIONS. FOR RANDOM CONICAL TILT EACH AREA WAS IMAGED TWICE WITH THE FIRST IMAGE TAKEN AT A TILT ANGLE OF -45 OR -50 DEGREE
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 58829 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 6000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 78 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: -50 °
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 154
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2IMAGIC３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: PHASE-FLIPPPING ON EACH PARTICLE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: RANDOM CONICAL TILT AND PROJECTION MATCHING WITH DIRECT FOURIER BACKPROJECTION AND SIRT
解像度: 19 Å / 粒子像の数: 10684 / ピクセルサイズ（公称値）: 4.76 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 4.76 Å
詳細: FINAL MAP WAS CALCULATED WITH SIRT FROM COMBINED TILTED AND UNTILTED DATASETS WITH 10684 PARTICLES EACH AND OMITTING 30 PER CENT OF IMAGES WITH LOWEST CROSS CORRELATION. THIS ENTRY IS BASED ...詳細: FINAL MAP WAS CALCULATED WITH SIRT FROM COMBINED TILTED AND UNTILTED DATASETS WITH 10684 PARTICLES EACH AND OMITTING 30 PER CENT OF IMAGES WITH LOWEST CROSS CORRELATION. THIS ENTRY IS BASED ON PDBS 3IAM,3M9C,1PP9,1BGY,1OCC AND 2B4Z WHICH WERE FITTED MANUALLY INTO THE EM DENSITY MAP OF BOVINE SUPERCOMPLEX I1III2IV1. THE POSITION OF 2B4Z WAS INFERRED FROM PDB 3CX5. THE CHAIN NAMES ARE CASE SENSITIVE. CHAINS A-K AND a-k DENOTE IDENTICAL CHAINS WITHIN A DIMER. CHAINS L-X AND M-P BELONG TO DIFFERENT PROTEINS. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1876.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
13IAM

3iam

1
23M9C

3m9c

1
31PP9

1pp9

1
41BGY

1bgy

1
51OCC

1occ

1
62B4Z

2b4z

1
精密化最高解像度: 19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数70092 0 875 1598 72565

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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