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万見
- PDB-2yb9: Crystal Structure of Human Neutral Endopeptidase complexed with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yb9
タイトルCrystal Structure of Human Neutral Endopeptidase complexed with a heteroarylalanine diacid.
要素NEPRILYSIN
キーワードHYDROLASE / NEPRILYSINE / METALLOPROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


neuropeptide processing / neprilysin / creatinine metabolic process / oligopeptidase activity / exopeptidase activity / substance P catabolic process / Physiological factors / cellular response to UV-A / peptide metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process ...neuropeptide processing / neprilysin / creatinine metabolic process / oligopeptidase activity / exopeptidase activity / substance P catabolic process / Physiological factors / cellular response to UV-A / peptide metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / cardiolipin binding / neuron projection terminus / positive regulation of neurogenesis / cellular response to UV-B / phosphatidylserine binding / cellular response to cytokine stimulus / amyloid-beta clearance / brush border / replicative senescence / amyloid-beta metabolic process / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / sensory perception of pain / peptide binding / secretory granule membrane / positive regulation of long-term synaptic potentiation / kidney development / placenta development / lung development / trans-Golgi network / protein catabolic process / protein processing / metalloendopeptidase activity / response to estrogen / synaptic vesicle / presynapse / cytoplasmic vesicle / endopeptidase activity / learning or memory / early endosome / ciliary basal body / membrane raft / axon / focal adhesion / neuronal cell body / synapse / centrosome / dendrite / Neutrophil degranulation / cell surface / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Neutral endopeptidase; domain 2 / Neutral endopeptidase , domain2 / Peptidase M13 / Peptidase M13, N-terminal domain / Peptidase M13, C-terminal domain / Peptidase M13, domain 2 / Peptidase family M13 / Peptidase family M13 / Neprilysin-like (M13) protease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) ...Neutral endopeptidase; domain 2 / Neutral endopeptidase , domain2 / Peptidase M13 / Peptidase M13, N-terminal domain / Peptidase M13, C-terminal domain / Peptidase M13, domain 2 / Peptidase family M13 / Peptidase family M13 / Neprilysin-like (M13) protease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HETEROARYLALANINE 5-PHENYL OXAZOLE / Neprilysin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Glossop, M.S. / Bazin, R.J. / Dack, K.N. / Done, S. / Fox, D.N.A. / MacDonald, G.A. / Mills, M. / Owen, D.R. / Phillips, C. / Reeves, K.A. ...Glossop, M.S. / Bazin, R.J. / Dack, K.N. / Done, S. / Fox, D.N.A. / MacDonald, G.A. / Mills, M. / Owen, D.R. / Phillips, C. / Reeves, K.A. / Ringer, T.J. / Strang, R.S. / Watson, C.A.L.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Synthesis and Evaluation of Heteroarylalanine Diacids as Potent and Selective Neutral Endopeptidase Inhibitors.
著者: Glossop, M.S. / Bazin, R.J. / Dack, K.N. / Fox, D.N.A. / Macdonald, G.A. / Mills, M. / Owen, D.R. / Phillips, C. / Reeves, K.A. / Ringer, T.J. / Strang, R.S. / Watson, C.A.L.
履歴
登録2011年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEPRILYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0333
ポリマ－79,5261
非ポリマー5082
水8,683482
1
A: NEPRILYSIN
ヘテロ分子

A: NEPRILYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,0676
ポリマ－159,0512
非ポリマー1,0164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area1920 Å2
ΔGint-13.5 kcal/mol
Surface area55460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.841, 107.841, 112.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 NEPRILYSIN / NEUTRAL ENDOPEPTIDASE / ATRIOPEPTIDASE / COMMON ACUTE LYMPHOCYTIC LEUKEMIA ANTIGEN / CALLA / ...NEUTRAL ENDOPEPTIDASE / ATRIOPEPTIDASE / COMMON ACUTE LYMPHOCYTIC LEUKEMIA ANTIGEN / CALLA / ENKEPHALINASE / NEUTRAL ENDOPEPTIDASE 24.11 / NEP / NEUTRAL ENDOPEPTIDASE / SKIN FIBROBLAST ELASTASE / SFE / CD10


分子量: 79525.508 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 55-750 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P08473, neprilysin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-HA0 / HETEROARYLALANINE 5-PHENYL OXAZOLE


分子量: 442.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30N2O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.34 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 29854 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.59 % / Biso Wilson estimate: 39.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.5

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.9.6 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.4→31.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9421 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8979 / SU R Cruickshank DPI: 0.441 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.549 / SU Rfree Blow DPI: 0.269 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.264 / 詳細: GLYCOSYLATION NOT MODELLED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1516 5.08 %RANDOM
Rwork0.1723 ---
obs0.1758 29846 99.27 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6395 Å20 Å20 Å2
2---1.6395 Å20 Å2
3---3.2791 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.244 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→31.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5595 0 33 482 6110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015749HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.157780HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2027SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes186HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes817HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5749HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.1
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion733SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7037SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3003 129 4.54 %
Rwork0.188 2715 -
all0.1926 2844 -
obs--99.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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