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- PDB-2yar: X-ray induced reduction of laccase from Thermus thermophilus HB27... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yar
タイトルX-ray induced reduction of laccase from Thermus thermophilus HB27 (87. 5-100.0 percent dose)
要素LACCASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / MULTICOPPER OXIDASES
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / outer membrane-bounded periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins ...Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HYDROXIDE ION / Laccase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Serrano-Posada, H. / Rudino-Pinera, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: X-Ray-Induced Catalytic Active-Site Reduction of a Multicopper Oxidase: Structural Insights Into the Proton-Relay Mechanism and O2-Reduction States.
著者: Serrano-Posada, H. / Centeno-Leija, S. / Rojas-Trejo, S.P. / Rodriguez-Almazan, C. / Stojanoff, V. / Rudino-Pinera, E.
履歴
登録2011年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LACCASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,65419
ポリマ－48,7911
非ポリマー1,86218
水9,026501
1
A: LACCASE
ヘテロ分子

A: LACCASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,30738
ポリマ－97,5832
非ポリマー3,72436
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area8300 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area33660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.712, 110.394, 96.446
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2187-

HOH

21A-2283-

HOH

31A-2286-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LACCASE


分子量: 48791.457 Da / 分子数: 1 / 断片: MATURE FORM, RESIDUES 24-462 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q72HW2, laccase

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非ポリマー , 5種, 519分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE AT THE UNIPROT DEPOSIT Q72HW2 POSITION 53 IS OCCUPIED BY A LEUCINE BUT THE ELECTRON ...THE SEQUENCE AT THE UNIPROT DEPOSIT Q72HW2 POSITION 53 IS OCCUPIED BY A LEUCINE BUT THE ELECTRON DENSITY CLEARLY SUPPORTS THE PRESENCE OF AN ISOLEUCINE IN THIS POSITION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES PH 7.5, 70% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月15日
詳細: DOUBLE CRYSTAL CHANNEL CUT, SI(111), 1M LONG RH COATED TOROIDAL MIRROR FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING.
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29 Å / Num. obs: 45336 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XU9

2xu9


解像度: 1.8→28.696 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.65 / 位相誤差: 15.5 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HIS 95 WAS REFINED AS THE SINGLE MEMBER OF A TLS GROUP.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1832 2299 5.07 %
Rwork0.1496 --
obs0.1513 45336 97.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.381 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1275 Å20 Å20 Å2
2--0.2224 Å20 Å2
3----0.0949 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3439 0 116 501 4056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4265508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6451533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006727
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.83920.25061500.18892645X-RAY DIFFRACTION98
1.8392-1.88190.20511640.17942662X-RAY DIFFRACTION98
1.8819-1.9290.22031440.16782681X-RAY DIFFRACTION98
1.929-1.98110.18721390.15722697X-RAY DIFFRACTION98
1.9811-2.03940.20571370.15382690X-RAY DIFFRACTION98
2.0394-2.10520.17761540.14732673X-RAY DIFFRACTION98
2.1052-2.18040.17771500.14352681X-RAY DIFFRACTION98
2.1804-2.26770.18381250.14352724X-RAY DIFFRACTION98
2.2677-2.37090.17231380.14422687X-RAY DIFFRACTION98
2.3709-2.49580.1781360.14892737X-RAY DIFFRACTION98
2.4958-2.65210.22991440.15172665X-RAY DIFFRACTION98
2.6521-2.85670.17741550.14522710X-RAY DIFFRACTION98
2.8567-3.14380.16761380.13522691X-RAY DIFFRACTION97
3.1438-3.5980.13571390.12752690X-RAY DIFFRACTION96
3.598-4.53020.13721350.12052703X-RAY DIFFRACTION96
4.5302-28.69960.1841510.15772701X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.0086 Å / Origin y: 19.8922 Å / Origin z: -3.8202 Å
111213212223313233
T0.1257 Å20.0077 Å20.023 Å2-0.0428 Å2-0.0776 Å2--0.1436 Å2
L3.9626 °20.6339 °2-5.4926 °2-2.4504 °20.4137 °2--9.2833 °2
S-0.0726 Å °0.0204 Å °-0.127 Å °-0.4071 Å °0.0749 Å °-0.0146 Å °0.3573 Å °0.1167 Å °0.0908 Å °
精密化 TLSグループSelection details: RESID 95 AND CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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