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- PDB-2yaa: Crystal structure of the autoinhibited form of mouse DAPK2 in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yaa
タイトルCrystal structure of the autoinhibited form of mouse DAPK2 in complex with ATP
要素DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2
キーワードTRANSFERASE / APOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


autophagosome lumen / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / neutrophil migration / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity ...autophagosome lumen / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / neutrophil migration / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / cytoplasmic vesicle / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / apoptotic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Death-associated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Patel, A.K. / Kursula, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the Dimeric Autoinhibited Conformation of Dapk2, a Pro-Apoptotic Protein Kinase.
著者: Patel, A.K. / Yadav, R.P. / Majava, V. / Kursula, I. / Kursula, P.
履歴
登録2011年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2
B: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8387
ポリマ－83,5922
非ポリマー1,2475
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-41.8 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.100, 86.020, 124.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2 / DAP KINASE 2 / DAP-KINASE-RELATED PROTEIN 1 / DRP-1


分子量: 41795.848 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 11-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PTH27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS RARE
参照: UniProt: Q8VDF3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 30082 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 28.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A2A

2a2a


解像度: 2.3→29.855 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.27 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE C-TERMINAL 59 RESIDUES ARE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY, MOST LIKELY THE C-TERMINAL TAIL HAS DEGRADED DURING CRYSTALLIZATION.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 1496 5 %
Rwork0.2158 --
obs0.2186 30065 97.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4901 Å20 Å20 Å2
2--18.5135 Å20 Å2
3---2.7873 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4861 0 73 352 5286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7676852
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6531920
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002871
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2999-2.38210.31191480.23662834X-RAY DIFFRACTION98
2.3821-2.47740.36071470.23152859X-RAY DIFFRACTION99
2.4774-2.59010.31221550.23552838X-RAY DIFFRACTION99
2.5901-2.72660.36261500.22742870X-RAY DIFFRACTION99
2.7266-2.89730.30091520.23452858X-RAY DIFFRACTION99
2.8973-3.12080.32651500.22882868X-RAY DIFFRACTION99
3.1208-3.43440.31481500.22832850X-RAY DIFFRACTION98
3.4344-3.93040.25711330.22212710X-RAY DIFFRACTION92
3.9304-4.94830.20731490.18092833X-RAY DIFFRACTION95
4.9483-29.8570.20611620.19953049X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0260.0036-0.02170.0459-0.0340.0472-0.03930.0178-0.0091-0.0527-0.03620.02610.0208-0.0058-0.05410.13080.06390.0130.06030.00940.1502-13.2664-15.4929-32.2325
20.0077-0.0117-0.0160.13990.01410.02120.09090.05370.0622-0.17280.00810.0143-0.0978-0.00710.00450.15870.0319-0.01430.195-0.01380.2146-13.6578-2.909-36.1821
30.0628-0.004-0.0390.04280.00860.0673-0.00480.00350.0086-0.03060.0130.07080.03550.06470.00670.034-0.00990.00220.05440.00760.0486-22.1714-0.4156-22.0651
40.11180.0390.04190.04530.00040.03280.0152-0.06710.09360.0397-0.01670.036-0.0358-0.0771-0.07650.0372-0.02370.03650.07710.00010.0468-34.159610.8409-20.5821
50.00550.0029-0.0110.0114-0.01610.02730.0434-0.03530.0440.08490.0894-0.0372-0.0317-0.06480.00410.1761-0.03590.00890.164-0.03190.2004-48.9616-16.5292-49.9073
60.04-0.0263-0.01010.02840.00010.00410.0438-0.110.00860.10250.08-0.05940.0025-0.03330.01380.1507-0.0418-0.03360.1212-0.02050.0652-48.8091-6.2748-45.4632
70.07250.07750.0550.08110.06240.0422-0.00110.0792-0.0792-0.04490.0646-0.06130.00590.03080.03040.1057-0.00190.02550.13150.02440.0869-42.567-3.3761-62.0642
80.1471-0.02790.03230.0106-0.01760.0671-0.0263-0.0890.05310.02440.0127-0.0046-0.04-0.0168-0.09360.03330.0393-0.05370.035-0.0766-0.0953-40.81412.3795-56.4901
90.4135-0.10760.16910.0884-0.05150.1350.01460.32320.047-0.0489-0.0154-0.1157-0.07930.1726-0.0417-0.0447-0.0220.1020.15670.03270.0125-28.744410.9742-63.5755
100.0049-0.00870.01260.0143-0.02120.0314-0.00580.02390.0142-0.02050.00040.02660.0041-0.0125-0.0040.22610.1376-0.11790.2605-0.04180.2857-23.0882-7.2364-30.5841
110.01240.01390.02530.04410.06390.09570.0009-0.01520.00090.0174-0.0045-0.015-0.0090.0020.00050.1416-0.0035-0.11060.2401-0.00730.096-39.3755-8.4332-53.2791
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 2:45
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 46:84
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESSEQ 85:174
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESSEQ 175:301
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESSEQ 3:32
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESSEQ 33:70
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND RESSEQ 71:133
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESSEQ 134:183
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND RESSEQ 184:301
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND RESID 1302
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND RESID 1302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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