PDB-2ya9: Crystal structure of the autoinhibited form of mouse DAPK2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ya9

タイトル

Crystal structure of the autoinhibited form of mouse DAPK2

要素

DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2

キーワード

TRANSFERASE / APOPTOSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

autophagosome lumen / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / neutrophil migration / cytoplasmic vesicle / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Patel, A.K. / Kursula, P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the Dimeric Autoinhibited Conformation of Dapk2, a Pro-Apoptotic Protein Kinase.
著者: Patel, A.K. / Yadav, R.P. / Majava, V. / Kursula, I. / Kursula, P.

履歴

登録	2011年2月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月2日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ya9.cif.gz	258.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ya9.ent.gz	208.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ya9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/2ya9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/2ya9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yaaC 2yabC 2a2aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2a2a-1 5vrv-2 2yaa-d 2a27-3 2yab-d 4mha-d 5k0k-d 2a27-4 3q3t-d 4mh7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2

B: DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2

ヘテロ分子

83.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.040, 86.440, 124.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 2 / DAP KINASE 2 / DAP-KINASE-RELATED PROTEIN 1 / DRP-1 分子量: 41795.848 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 11-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PTH27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS RARE 参照: UniProt: Q8VDF3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-D1D / (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL / 1,2-ジチアン-4β,5α-ジオ-ル分子量: 152.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.21 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 30489 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A2A

2a2a

解像度: 2.3→40.822 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE C-TERMINAL 59 RESIDUES ARE NOT VISIBL IN ELECTRON DENSITY, MOST LIKELY THE C-TERMINAL TAIL HAS DEGRADED DURING CRYSTALLIZATION.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2608	1525	5 %
R_work	0.2059	-	-
obs	0.2087	30476	97.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 26.947 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.435 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	9.5266 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.0916 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.822 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4852	0	17	413	5282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5049
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.92	6824
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.838	1914
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	766
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	882

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3742	0.3757	138	0.2557	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3742-2.4591	0.3578	139	0.2477	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4591-2.5575	0.3216	138	0.2301	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5575-2.6739	0.2911	139	0.2312	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6739-2.8148	0.2977	140	0.2206	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8148-2.9911	0.2764	140	0.2192	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9911-3.222	0.2653	141	0.2105	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
3.222-3.5461	0.2783	141	0.2151	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5461-4.0588	0.2268	113	0.1981	2151	X-RAY DIFFRACTION	79
4.0588-5.1121	0.1882	145	0.1539	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1121-40.828	0.2247	151	0.1943	2851	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3061	-0.1824	-0.0467	0.1776	-0.0434	0.1591	-0.0687	0.0912	-0.1101	-0.0253	-0.035	-0.1431	0.0861	0.122	0.0505	0.189	0.0128	-0.0071	0.1455	0.0158	0.2387	18.3463	-16.8786	29.9754
2	0.042	-0.0275	-0.0037	0.0294	-0.0093	0.007	0.0481	0.0061	0.0483	-0.0205	0.0415	0.0642	0.039	-0.0309	-0.0144	0.246	0.0055	-0.0384	0.1503	0.0336	0.1404	13.2018	-7.595	19.8874
3	0.1429	0.0086	-0.0257	0.0642	-0.0701	0.1713	0.0209	-0.0116	0.0317	0.0153	0.0349	0.0377	-0.0023	-0.0081	0.0805	0.0693	-0.0108	0.0029	0.0751	0.0012	0.0688	11.9479	-1.2592	38.0696
4	0.1731	0.0462	-0.0044	0.032	0.0376	0.06	-0.0038	-0.0311	0.0926	-0.0132	-0.0218	0.0495	-0.0103	-0.0219	0.0009	0.076	-0.0191	0.0155	0.0463	-0.005	0.0249	-2.5814	10.7462	41.5858
5	0.339	0.0347	0.1277	0.0778	-0.109	0.2752	0.0781	-0.1085	-0.0242	-0.0509	0.0683	-0.056	0.0273	-0.1218	-0.0318	0.1613	0.0062	-0.0116	0.1089	-0.0361	0.1734	-17.5768	-16.7782	12.3625
6	0.1946	0.0051	-0.1579	0.0719	-0.0048	0.1266	0.1431	-0.0625	0.0158	0.1026	0.0532	0.0439	0.0187	-0.0281	-0.0602	0.2117	-0.0136	-0.0221	0.1182	0.0025	0.166	-17.0747	-6.6798	16.5394
7	0.1568	0.028	-0.0894	0.1193	0.0779	0.2577	0.1168	0.1005	-0.0472	0.0237	0.0853	-0.142	-0.1401	0.0455	0.1713	0.0385	0.0218	-0.0161	-0.0818	0.0817	0.02	-11.2285	-3.7204	0.4194
8	0.173	0.0386	0.0654	0.0767	-0.051	0.0981	0.0326	-0.0767	-0.0443	0.0458	0.0309	-0.0564	-0.0798	0.0346	0.0173	0.1157	0.0159	-0.0097	0.1291	-0.0344	0.0826	-9.1636	2.4248	5.7213
9	0.1621	-0.0013	-0.0571	0.1252	0.0681	0.7803	0.0322	-0.0415	0.0714	0.1179	-0.041	0.067	-0.1472	0.2791	-0.0339	0.1203	-0.0138	0.0391	0.0992	0.011	0.0887	4.9461	10.6449	4.7853
10	0.0197	-0.0221	0.0049	0.0611	0.0114	0.1108	0.0432	0.0233	0.0595	0.0215	0.0683	0.0244	-0.052	-0.0435	0.0464	0.1566	-0.0522	0.0399	0.0352	0.031	0.1063	-0.1334	17.8209	-1.9739
11	0.0004	-0.0007	0.0014	0.0195	0.0262	0.0391	0.0323	0.079	-0.001	-0.0091	-0.0053	0.026	0.0099	0.0193	-0.0126	0.0918	-0.0067	-0.0385	0.146	0.0331	0.1092	-7.0584	14.3826	-11.248
12	0.0448	0.0105	0.0446	0.1418	-0.0655	0.09	0.0786	0.0481	-0.0392	0.0068	-0.0643	-0.0762	-0.0932	0.0222	-0.0422	0.1297	-0.002	0.0559	0.2869	-0.0479	0.0999	6.5415	3.3906	-12.2216

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESSEQ 3:37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESSEQ 38:57)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESSEQ 58:174
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND RESSEQ 175:301
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND RESSEQ 3:32
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND RESSEQ 33:70
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND RESSEQ 71:133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND RESSEQ 134:183
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND RESSEQ 184:245
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND RESSEQ 246:265
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND RESSEQ 266:279
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND RESSEQ 280:301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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