[日本語] English
万見
- PDB-2ya3: STRUCTURE OF THE REGULATORY FRAGMENT OF MAMMALIAN AMPK IN COMPLEX... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ya3
タイトルSTRUCTURE OF THE REGULATORY FRAGMENT OF MAMMALIAN AMPK IN COMPLEX WITH COUMARIN ADP
要素
  • (5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT ...) x 2
  • 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic elongation factor-2 kinase activator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / positive regulation of mitochondrial transcription / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / : / regulation of stress granule assembly ...eukaryotic elongation factor-2 kinase activator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / positive regulation of mitochondrial transcription / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / : / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cold acclimation / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy / regulation of bile acid secretion / positive regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of skeletal muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / import into nucleus / regulation of vesicle-mediated transport / nucleotide-activated protein kinase complex / : / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine metabolism / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / tau-protein kinase / protein kinase regulator activity / bile acid and bile salt transport / cellular response to ethanol / protein localization to lipid droplet / negative regulation of TOR signaling / bile acid signaling pathway / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / response to caffeine / motor behavior / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / lipid biosynthetic process / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / Macroautophagy / tau-protein kinase activity / positive regulation of protein localization / AMP binding / cholesterol biosynthetic process / fatty acid oxidation / cellular response to nutrient levels / fatty acid homeostasis / negative regulation of lipid catabolic process / cellular response to glucose starvation / positive regulation of autophagy / energy homeostasis / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Activation of AMPK downstream of NMDARs / response to UV / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of adipose tissue development / cellular response to calcium ion / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of glycolytic process / response to activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of glucose import / response to gamma radiation / cellular response to glucose stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / response to hydrogen peroxide / regulation of circadian rhythm / ADP binding / Wnt signaling pathway / fatty acid biosynthetic process / autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / neuron cellular homeostasis / response to estrogen / cellular response to prostaglandin E stimulus / glucose metabolic process / rhythmic process / cellular response to xenobiotic stimulus / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / nuclear speck / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / axon / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
Kinase associated domain 1, KA1 / PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain ...Kinase associated domain 1, KA1 / PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / TATA-Binding Protein / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Immunoglobulin E-set / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-J7V / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Xiao, B. / Sanders, M.J. / Underwood, E. / Heath, R. / Mayer, F. / Carmena, D. / Jing, C. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Haire, L.F. ...Xiao, B. / Sanders, M.J. / Underwood, E. / Heath, R. / Mayer, F. / Carmena, D. / Jing, C. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Haire, L.F. / Saiu, P. / Howell, S.A. / Aasland, R. / Martin, S.R. / Carling, D. / Gamblin, S.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of Mammalian Ampk and its Regulation by Adp
著者: Xiao, B. / Sanders, M.J. / Underwood, E. / Heath, R. / Mayer, F. / Carmena, D. / Jing, C. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Haire, L.F. / Saiu, P. / Howell, S.A. / Aasland, R. / Martin, S.R. ...著者: Xiao, B. / Sanders, M.J. / Underwood, E. / Heath, R. / Mayer, F. / Carmena, D. / Jing, C. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Haire, L.F. / Saiu, P. / Howell, S.A. / Aasland, R. / Martin, S.R. / Carling, D. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2011年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1
B: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-2
E: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6486
ポリマ－66,9623
非ポリマー1,6863
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6850 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area24190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.943, 124.060, 125.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1 / AMPK SUBUNIT ALPHA-1


分子量: 19486.824 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 407-555 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE RESIDUES FROM A 393-395 AND 545-550 ARE ARTIFICIAL AS A RESULT OF CLONING STRATEGY
由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P54645, non-specific serine/threonine protein kinase

-
5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT ... , 2種, 2分子 BE

#2: タンパク質 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-2 / AMPK SUBUNIT BETA-2


分子量: 10040.813 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 187-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O43741
#3: タンパク質 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 / AMPK SUBUNIT ALPHA-1 / AMPK GAMMA1 / AMPK SUBUNIT GAMMA-1 / AMPKG


分子量: 37434.094 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P80385

-
非ポリマー , 3種, 145分子

#4: 化合物 ChemComp-J7V / 3'-(7-diethylaminocoumarin-3-carbonylamino)-3'-deoxy-ADP


分子量: 669.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29N7O12P2
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE PROTEIN SEQUENCE HAS HIS-TAG MSHHHHHHSGLVPRG AT THE N- TERMINAL, AND SMA 393-395 AND NSCTVN 545- ...THE PROTEIN SEQUENCE HAS HIS-TAG MSHHHHHHSGLVPRG AT THE N- TERMINAL, AND SMA 393-395 AND NSCTVN 545-550 ARE CLONING ARTIFACTS. B 186 METHIONINE IS AN ARTIFACT, CREATED BY CLONING.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→28.2 Å / Num. obs: 25251 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V8Q

2v8q


解像度: 2.51→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 18.976 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26271 1345 5.1 %RANDOM
Rwork0.22264 ---
obs0.22463 25251 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.337 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.85 Å20 Å20 Å2
2--2.66 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3805 0 113 142 4060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224011
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.9995455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6685465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.69823.212165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.89215704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4761524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4341.52354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80623850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.83331657
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4894.51605
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.512→2.577 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 99 -
Rwork0.304 1826 -
obs--98.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80930.9843-0.52182.3232-2.73144.3925-0.006-0.01550.0274-0.0458-0.1263-0.06110.1580.11490.13230.05950.01760.02620.08010.0260.0577-7.13-16.02749.851
24.53670.6923-1.8860.1814-0.3180.79750.1098-0.24290.09390.0698-0.1015-0.0653-0.06590.1415-0.00830.0427-0.0237-0.04450.2520.11040.136811.3042.0132.881
31.7699-0.31190.29642.6707-1.3432.49660.0052-0.03590.10.19940.12640.1826-0.319-0.1331-0.13150.04410.02960.02650.09760.05170.0907-13.02611.9230.218
44.201-0.2263-0.81882.3088-0.89422.638-0.00910.11930.1492-0.07480.02090.1215-0.12040.0606-0.01180.029-0.0314-0.03580.07240.05020.0595-7.66218.16910.565
50.36580.2669-0.38290.7686-0.72841.3233-0.04360.0604-0.076-0.1094-0.1062-0.08440.0750.15930.14980.0225-0.0035-0.01370.16550.04230.13656.213.516.396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A394 - 469
2X-RAY DIFFRACTION1A524 - 549
3X-RAY DIFFRACTION1B190 - 219
4X-RAY DIFFRACTION1B235 - 272
5X-RAY DIFFRACTION2E48 - 128
6X-RAY DIFFRACTION3E25 - 47
7X-RAY DIFFRACTION3E129 - 183
8X-RAY DIFFRACTION4E184 - 203
9X-RAY DIFFRACTION4E275 - 324
10X-RAY DIFFRACTION5E204 - 274
11X-RAY DIFFRACTION5E1325 - 1327
12X-RAY DIFFRACTION5A2001 - 2032
13X-RAY DIFFRACTION5B2001 - 2020
14X-RAY DIFFRACTION5E2001 - 2090

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る