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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y8g | ||||||
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タイトル | Structure of the Ran-binding domain from human RanBP3 (E352A-R353V double mutant) | ||||||
![]() | RAN-BINDING PROTEIN 3 | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / CRM1-MEDIATED NUCLEAR EXPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() R-SMAD binding / nuclear pore / protein export from nucleus / small GTPase binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Langer, K. / Dian, C. / Rybin, V. / Muller, C.W. / Petosa, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights Into the Function of the Crm1 Cofactor Ranbp3 from the Structure of its Ran-Binding Domain 著者: Langer, K. / Dian, C. / Rybin, V. / Muller, C.W. / Petosa, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15431.707 Da / 分子数: 2 / 断片: RAN BINDING DOMAIN, RESIDUES 320-454 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ISOFORM3 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 352 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 353 TO VAL ...ENGINEERED | 配列の詳細 | GAM REMAINING RESIDUES FROM TEV CLEAVAGE SITE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 1.5 M LI2SO4, 100 MM HEPES PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: BENT CYLINDRICAL MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→35 Å / Num. obs: 37445 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 17.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 81.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.61→34.654 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 82.485 Å2 / ksol: 0.416 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.61→34.654 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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