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万見
- PDB-2y8e: Crystal structure of D. melanogaster Rab6 GTPase bound to GMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y8e
タイトルCrystal structure of D. melanogaster Rab6 GTPase bound to GMPPNP
要素RAB-PROTEIN 6
キーワードHYDROLASE / NUCLEOTIDE BINDING / GTP BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Intra-Golgi traffic / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / TBC/RABGAPs / protein targeting to Golgi apparatus / RAB geranylgeranylation / germarium-derived egg chamber formation / R7 cell development / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / compound eye morphogenesis ...Intra-Golgi traffic / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / TBC/RABGAPs / protein targeting to Golgi apparatus / RAB geranylgeranylation / germarium-derived egg chamber formation / R7 cell development / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / compound eye morphogenesis / pole plasm oskar mRNA localization / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Rab protein signal transduction / receptor recycling / Neutrophil degranulation / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / retrograde transport, endosome to Golgi / exocytosis / phototransduction / regulation of postsynaptic membrane potential / endomembrane system / defense response to fungus / vesicle-mediated transport / autophagosome / axon guidance / intracellular protein transport / actin binding / cytoplasmic vesicle / perikaryon / lysosome / Golgi membrane / GTPase activity / neuronal cell body / synapse / GTP binding / Golgi apparatus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...: / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab6
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Walden, M. / Edwards, T.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of the Drosophila Melanogaster Rab6 Gtpase at 1.4 A Resolution
著者: Walden, M. / Jenkins, H.T. / Edwards, T.A.
履歴
登録2011年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAB-PROTEIN 6
B: RAB-PROTEIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0679
ポリマ－40,6862
非ポリマー1,3817
水4,071226
1
A: RAB-PROTEIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9864
ポリマ－20,3431
非ポリマー6433
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RAB-PROTEIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0825
ポリマ－20,3431
非ポリマー7394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.520, 42.710, 86.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2088-

HOH

21B-2090-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.97427, 0.11653, 0.19292), (0.07756, -0.63033, 0.77244), (0.21162, 0.76753, 0.60507)
ベクター: -84.32848, -12.78898, 16.55235)

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要素

#1: タンパク質 RAB-PROTEIN 6 / GH09086P / RAB6


分子量: 20343.035 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-177 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O18334
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 2.4 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M IMIDAZOLE PH 8.0, 2.5% PEG 400, 2.5% DMSO AND 3% TRIMETHYLAMINE N-OXIDE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→31.7 Å / Num. obs: 61395 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 12.326 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.39→1.47 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YZQ

1yzq


解像度: 1.39→63.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.7 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17296 3121 5.1 %RANDOM
Rwork0.14458 ---
obs0.14607 58225 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.573 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å2-0.29 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→63.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2682 0 81 226 2989
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222853
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.9843880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92834699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9475346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.2423.308133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.00615517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0561526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4781.51669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4171.5683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4422720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.50331184
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2364.51152
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.34634789
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.39→1.426 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 207 -
Rwork0.212 4196 -
obs--94.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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