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万見
- PDB-2y7e: Crystal structure of the 3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y7e
タイトルCrystal structure of the 3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme (Kce) from Candidatus Cloacamonas acidaminovorans (tetragonal form)
要素3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME
キーワードLYASE / ALDOLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


(5S)-5-amino-3-oxohexanoate:acetyl-CoA ethylamine transferase / L-lysine fermentation / 3-keto-5-aminohexanoate cleavage activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme / beta-keto acid cleavage enzyme / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / 3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種CANDIDATUS CLOACAMONAS ACIDAMINOVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Bellinzoni, M. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: 3-Keto-5-Aminohexanoate Cleavage Enzyme: A Common Fold for an Uncommon Claisen-Type Condensation.
著者: Bellinzoni, M. / Bastard, K. / Perret, A. / Zaparucha, A. / Perchat, N. / Vergne, C. / Wagner, T. / De Melo-Minardi, R.C. / Artiguenave, F. / Cohen, G.N. / Weissenbach, J. / Salanoubat, M. / Alzari, P.M.
履歴
登録2011年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME
B: 3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4237
ポリマ－62,1762
非ポリマー2475
水10,539585
1
A: 3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME
B: 3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME
ヘテロ分子

A: 3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME
B: 3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,84614
ポリマ－124,3514
非ポリマー49410
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area9670 Å2
ΔGint-199.2 kcal/mol
Surface area38690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.188, 102.188, 101.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2181-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.0043, 0.9902, 0.1395), (0.9921, -0.0218, 0.1238), (0.1256, 0.1379, -0.9825)
ベクター: -8.3055, 1.5603, 50.2494)

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要素

#1: タンパク質 3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME


分子量: 31087.818 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-276 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CANDIDATUS CLOACAMONAS ACIDAMINOVORANS (バクテリア)
プラスミド: PCRT7/CT-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: B0VHH0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.220 M MG FORMATE, 26.4% GLYCEROL, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.8856
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月22日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT MONOCHROMATOR CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→50 Å / Num. obs: 133532 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.28→1.35 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0093精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y7D

2y7d


解像度: 1.28→45.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.145 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1702 6691 5 %RANDOM
Rwork0.14333 ---
obs0.14465 126786 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.113 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→45.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4223 0 9 585 4817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224413
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9676012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93837357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9955579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.85524.175194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.96415757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1881532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02843
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.487312314
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.63152
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.78954315
LS精密化 シェル解像度: 1.28→1.313 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 396 -
Rwork0.198 7493 -
obs--81.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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