PDB-2y5k: Orally active aminopyridines as inhibitors of tetrameric fructose...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y5k

タイトル

Orally active aminopyridines as inhibitors of tetrameric fructose 1,6- bisphosphatase

要素

FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / Gluconeogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ruf, A. / Hebeisen, P. / Haap, W. / Kuhn, B. / Mohr, P. / Wessel, H.P. / Zutter, U. / Kirchner, S. / Benz, J. / Joseph, C. ...

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Orally Active Aminopyridines as Inhibitors of Tetrameric Fructose-1,6-Bisphosphatase.
著者: Hebeisen, P. / Haap, W. / Kuhn, B. / Mohr, P. / Wessel, H.P. / Zutter, U. / Kirchner, S. / Ruf, A. / Benz, J. / Joseph, C. / Alvarez-Sanchez, R. / Gubler, M. / Schott, B. / Benardeau, A. / Tozzo, E. / Kitas, E.

履歴

登録	2011年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y5k.cif.gz	269.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y5k.ent.gz	218.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y5k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y5k_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y5k_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2y5k_validation.xml.gz	59.6 KB	表示
CIF形式データ	2y5k_validation.cif.gz	84.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/2y5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/2y5k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y5lC 2vt5S 1fta 2fhy 2fie 2fix 2jjk 2wbb 2wbd S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jjk-d 5q09-1 5zwk-d 5pzy-1 3kc1-d 1fj9-1 2fhy-d 5q05-1 5pzz-2 2wbd-1 5q06-d 2vt5-1 5pzq-d 3a29-d 5q0a-d 5q01-2 2wbb-2 5q05-2 1fpl-1 5q07-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

B: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

C: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

D: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.136, 82.784, 276.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 250
2	1	1	5	B	1 - 250
3	1	1	5	C	1 - 250
4	1	1	5	D	1 - 250
1	1	2	4	A	1336
2	1	2	4	B	1336
3	1	2	4	C	1336
4	1	2	4	D	1336

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1 / D-FRUCTOSE-1 / 6-BISPHOSPHATE 1-PHOSPHOHYDROLASE 1 / FBPASE 1 分子量: 36859.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: LIVER / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09467, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-YCU / 1-[5-(2-METHOXYETHYL)-4-METHYL-THIOPHEN-2-YL]SULFONYL-3-[4-METHOXY-6-(METHYLCARBAMOYLAMINO)PYRIDIN-2-YL]UREA / RO5207315 分子量: 457.524 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃N₅O₆S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1003 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.81 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: RESERVOIR: 0.1M HEPES, PH 7.0, 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 12% PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月22日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→142 Å / Num. obs: 87553 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 5.97 % / B_iso Wilson estimate: 0.226 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.39
反射シェル	解像度: 2.06→2.19 Å / 冗長度: 3.42 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / % possible all: 51.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VT5

2vt5

解像度: 2.1→29.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.888 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.836 / SU B: 6.615 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29625	4326	4.9 %	RANDOM
R_work	0.24405	-	-	-
obs	0.24663	83227	96.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.749 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9729	0	120	1003	10852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	10025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	2.003	13544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.013	5	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.856	24.375	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.068	15	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.943	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	5712
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	6916
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.225	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.601	1.5	6457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.01	2	10153
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.609	3	4004
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.441	4.5	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	928	medium positional	0.21	0.5
1	2	B	928	medium positional	0.27	0.5
1	3	C	928	medium positional	0.24	0.5
1	4	D	928	medium positional	0.24	0.5
2	1	A	30	medium positional	0.17	0.5
2	2	B	30	medium positional	0.18	0.5
2	3	C	30	medium positional	0.18	0.5
2	4	D	30	medium positional	0.28	0.5
1	1	A	835	loose positional	0.56	5
1	2	B	835	loose positional	0.63	5
1	3	C	835	loose positional	0.68	5
1	4	D	835	loose positional	0.64	5
1	1	A	928	medium thermal	0.84	2
1	2	B	928	medium thermal	0.67	2
1	3	C	928	medium thermal	0.68	2
1	4	D	928	medium thermal	0.81	2
2	1	A	30	medium thermal	0.65	2
2	2	B	30	medium thermal	0.57	2
2	3	C	30	medium thermal	0.58	2
2	4	D	30	medium thermal	0.82	2
1	1	A	835	loose thermal	1.83	10
1	2	B	835	loose thermal	1.53	10
1	3	C	835	loose thermal	1.63	10
1	4	D	835	loose thermal	1.95	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	212	-
R_work	0.245	4386	-
obs	-	-	69.51 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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