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万見
- PDB-2y56: Fragment growing induces conformational changes in acetylcholine-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y56
タイトルFragment growing induces conformational changes in acetylcholine- binding protein: A structural and thermodynamic analysis - (Compound 3)
要素SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
キーワードRECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V11 / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Rucktooa, P. / Edink, E. / deEsch, I.J.P. / Sixma, T.K.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Fragment Growing Induces Conformational Changes in Acetylcholine-Binding Protein: A Structural and Thermodynamic Analysis.
著者: Edink, E. / Rucktooa, P. / Retra, K. / Akdemir, A. / Nahar, T. / Zuiderveld, O. / Van Elk, R. / Janssen, E. / Van Nierop, P. / Van Muijlwijk-Koezen, J. / Smit, A.B. / Sixma, T.K. / Leurs, R. / De Esch, I.J.P.
履歴
登録2011年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,70744
ポリマ－123,4435
非ポリマー4,26439
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16940 Å2
ΔGint-177.1 kcal/mol
Surface area44560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.930, 218.930, 218.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質
SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR / ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN


分子量: 24688.578 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 20-236 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
プラスミド: PFASTBAC1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物
ChemComp-V11 / [(1S,5R)-8-[(2R)-2-HYDROXY-2-PHENYL-ETHYL]-8-AZABICYCLO[3.2.1]OCTAN-3-YL] BENZOATE


分子量: 351.439 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.36 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 0.1M MMT PH8.5, 1.1M AMMONIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.282
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月5日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.59→16.05 Å / Num. obs: 20509 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.87 / 冗長度: 5.41 % / Biso Wilson estimate: 61.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.31
反射 シェル解像度: 3.59→3.68 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C9T

2c9t


解像度: 3.59→48.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9385 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 1027 5.01 %RANDOM
Rwork0.1738 ---
obs0.1752 20507 --
原子変位パラメータBiso mean: 98.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.662 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.59→48.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8180 0 260 0 8440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018631HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0111779HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3821SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes225HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1205HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8631HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1140SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8513SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.59→3.78 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 139 4.68 %
Rwork0.1972 2832 -
all0.1994 2971 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8118-0.67021.03732.27230.76792.07180.050.1248-0.27020.28620.2683-0.54450.1160.5769-0.31830.1295-0.0111-0.18460.5271-0.24050.691697.00715.624-40.195
22.5958-0.45560.45321.49330.791.6081-0.0374-0.1356-0.01620.36940.1141-0.1495-0.25540.2216-0.07660.0223-0.0661-0.14520.0972-0.06340.169678.133.968-32.155
31.79570.20310.45711.58191.11531.976-0.1062-0.0982-0.16130.2185-0.03660.22440.0484-0.25810.1428-0.07050.0348-0.035-0.0344-0.09650.10252.98925.15-40.103
42.0201-0.2972-0.33692.8830.35361.85450.05040.0944-0.46140.13130.02050.24610.338-0.0058-0.071-0.0357-0.0235-0.05530.0766-0.17710.217856.7240.813-53.255
52.5230.87750.18263.8464-0.28641.71810.0057-0.0097-0.64990.2150.0878-0.69760.4550.4593-0.09350.19390.1041-0.09850.4069-0.30940.710383.849-5.163-52.953
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(A1 - A205 )
2X-RAY DIFFRACTION2(B1 - B205 )
3X-RAY DIFFRACTION3(C1 - C205 )
4X-RAY DIFFRACTION4(D1 - D205 )
5X-RAY DIFFRACTION5(E1 - E205 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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