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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y4a | ||||||
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タイトル | Unexpected tricovalent binding mode of boronic acids within the active site of a penicillin binding protein | ||||||
要素 | D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PEPTIDOGLYCAN / TETRAVALENT BORON | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ACTINOMADURA SP (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Sauvage, E. / Zervosen, A. / Herman, R. / Kerff, F. / Rocaboy, M. / Charlier, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011 タイトル: Unexpected Tricovalent Binding Mode of Boronic Acids within the Active Site of a Penicillin- Binding Protein. 著者: Zervosen, A. / Herman, R. / Kerff, F. / Herman, A. / Bouillez, A. / Prati, F. / Pratt, R.F. / Frere, J.M. / Joris, B. / Luxen, A. / Charlier, P. / Sauvage, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y4a.cif.gz | 668.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y4a.ent.gz | 558.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2y4a_validation.pdf.gz | 492.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2y4a_full_validation.pdf.gz | 517.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2y4a_validation.xml.gz | 64.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2y4a_validation.cif.gz | 88.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/2y4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/2y4a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47647.004 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 50-515 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ACTINOMADURA SP (バクテリア) / 株: R39 参照: UniProt: P39045, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase #2: 化合物 | ChemComp-BH6 / {[( #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.0724 |
検出器 | 日付: 2009年1月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→46.1 Å / Num. obs: 53645 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2XDM 解像度: 2.7→46.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 25.52 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.1 Å
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拘束条件 |
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