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万見
- PDB-2y43: Rad18 ubiquitin ligase RING domain structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y43
タイトルRad18 ubiquitin ligase RING domain structure
要素E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RAD18
キーワードLIGASE / DNA REPAIR / METAL-BINDING / TRANSLESION SYNTHESIS / UBL CONJUGATION PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


Rad6-Rad18 complex / positive regulation of chromosome segregation / Y-form DNA binding / nuclear inclusion body / postreplication repair / polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein monoubiquitination / protein autoubiquitination / replication fork / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex ...Rad6-Rad18 complex / positive regulation of chromosome segregation / Y-form DNA binding / nuclear inclusion body / postreplication repair / polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein monoubiquitination / protein autoubiquitination / replication fork / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / damaged DNA binding / nuclear body / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / DNA damage response / protein-containing complex binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Rad18 / Rad18-like CCHC zinc finger / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase Rad18 / Rad18-like CCHC zinc finger / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RAD18
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hibbert, R.G. / Sixma, T.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Symmetry and Asymmetry of the Ring-Ring Dimer of Rad18.
著者: Huang, A. / Hibbert, R.G. / De Jong, R.N. / Das, D. / Sixma, T.K. / Boelens, R.
履歴
登録2011年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RAD18
B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RAD18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0146
ポリマ－22,7532
非ポリマー2624
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-34.7 kcal/mol
Surface area9750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.646, 29.357, 69.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RAD18 / RAD18 / POSTREPLICATION REPAIR PROTEIN RAD18 / RING FINGER PROTEIN 73 / HHR18 / HRAD18


分子量: 11376.327 Da / 分子数: 2 / 断片: RING DOMAIN, RESIDUES 1-99 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9NS91, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 15% PEG 3350, 100 MM AMMONIUM ACETATE, 100 MM BIS-TRIS PH 5.5 .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.2828
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2828 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.84 Å / Num. obs: 16560 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 17.3 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0099精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→42.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.874 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22311 828 5 %RANDOM
Rwork0.17505 ---
obs0.1774 15732 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.531 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å20.27 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1421 0 4 102 1527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221452
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2071.971968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1225174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.69123.49263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43115262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1931510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211077
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5531.5886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0821450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9313566
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2524.5518
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.796→1.843 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 61 -
Rwork0.272 1151 -
obs--98.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.94610.5744-1.09371.7046-1.50715.47420.0734-0.23170.06870.1549-0.0419-0.0644-0.08980.2774-0.03150.04330.0116-0.00640.0453-0.0230.0899-2.689219.393620.6939
23.4557-0.18871.00191.6256-0.15695.94770.0102-0.1749-0.1509-0.02240.12540.12270.5333-0.3865-0.13560.0892-0.0310.00370.03720.01380.0869-14.44716.927318.9458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 96
2X-RAY DIFFRACTION1A1097 - 1098
3X-RAY DIFFRACTION2B7 - 95
4X-RAY DIFFRACTION2B1096 - 1097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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