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- PDB-2y3y: Holo-Ni(II) HpNikR is a symmetric tetramer containing four canoni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y3y
タイトルHolo-Ni(II) HpNikR is a symmetric tetramer containing four canonic square-planar Ni(II) ions at physiological pH
要素
  • PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
  • UNDECAPEPTIDE-GSSSGSASGAG
キーワードTRANSCRIPTION / METAL BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / : / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix ...Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / : / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative nickel-responsive regulator
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI G27 (ピロリ菌)
UNIDENTIFIED (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Benini, S. / Cianci, M. / Ciurli, S.
引用ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2011
タイトル: Holo-Ni(2+)Helicobacter Pylori Nikr Contains Four Square-Planar Nickel-Binding Sites at Physiological Ph.
著者: Benini, S. / Cianci, M. / Ciurli, S.
履歴
登録2011年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
B: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
C: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
D: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
Q: UNDECAPEPTIDE-GSSSGSASGAG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,56914
ポリマ－42,5395
非ポリマー1,0309
水1,18966
1
A: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
B: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
C: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
D: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,74513
ポリマ－41,7154
非ポリマー1,0309
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-95.5 kcal/mol
Surface area15220 Å2
手法PISA
2
Q: UNDECAPEPTIDE-GSSSGSASGAG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8241
ポリマ－8241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.970, 72.970, 116.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 ABCDQ

#1: タンパク質
PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR / HOLO-NICKEL HPNIKR


分子量: 10428.796 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL METAL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 58-145 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI G27 (ピロリ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5Z8Y5
#2: タンパク質・ペプチド UNDECAPEPTIDE-GSSSGSASGAG


分子量: 823.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) UNIDENTIFIED (未定義)

-
非ポリマー , 4種, 75分子

#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細ONLY C-TERMINAL METAL-BINDING DOMAIN PRESENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.3 / 詳細: 20% PEG 3350 AND 0.2 M K/NA-TARTRATE, pH 7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.459
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→19.94 Å / Num. obs: 24202 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 52.396 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 2.39→2.52 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.39→72.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 6.966 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. UNEXPECTED ELECTRON DENSITY WAS MODELED AS ALPHA-CHAIN (Q)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27892 1177 5.1 %RANDOM
Rwork0.22917 ---
obs0.2317 21766 94.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.377 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→72.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2686 0 55 66 2807
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0212773
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2161.9453720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6675336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.88324.706136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.57215516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7791516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4961.51673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.80322696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.96631100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4284.51024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.452 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 78 -
Rwork0.25 1485 -
obs--87.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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