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- PDB-2y3d: Zn-bound form of Cupriavidus metallidurans CH34 CnrXs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y3d
タイトルZn-bound form of Cupriavidus metallidurans CH34 CnrXs
要素NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性Heavy-metal resistance protein / Heavy-metal resistance / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1490 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / periplasmic space / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Nickel and cobalt resistance protein CnrR
機能・相同性情報
生物種CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Trepreau, J. / Girard, E. / Maillard, A.P. / de Rosny, E. / Petit-Haertlein, I. / Kahn, R. / Coves, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Metal Sensing by Cnrx.
著者: Trepreau, J. / Girard, E. / Maillard, A.P. / De Rosny, E. / Petit-Haertlein, I. / Kahn, R. / Coves, J.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2008
タイトル: X-Ray Structure of the Metal-Sensor Cnrx in Both the Apo-and Copper-Bound Forms.
著者: Pompidor, G. / Maillard, A.P. / Girard, E. / Gambarelli, S. / Kahn, R. / Coves, J.
履歴
登録2010年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR
B: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,99710
ポリマ－26,6242
非ポリマー3738
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-144.4 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.721, 155.721, 155.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2013-

HOH

21B-2030-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR / NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRX


分子量: 13311.874 Da / 分子数: 2 / 断片: METAL-SENSOR DOMAIN, RESIDUES 31-148 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (バクテリア)
株: CH34 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37975
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES PH7.5 10% PEG 6000 1M LICL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.95 Å / Num. obs: 14718 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 34.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→44.953 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES A31-A34 ARE DISORDERED RESIDUES B31-B37 ARE DISORDERED. RESIDUES 1-30 ARE NOT PRESENT IN THE CONSTRUCTION
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 732 5 %
Rwork0.207 --
obs0.2096 14640 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.12 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1754 0 8 125 1887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161793
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1692422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.993697
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3005-2.47810.35311430.25192713X-RAY DIFFRACTION100
2.4781-2.72740.32721440.24122724X-RAY DIFFRACTION100
2.7274-3.1220.28131450.23292748X-RAY DIFFRACTION100
3.122-3.93310.25081470.20362788X-RAY DIFFRACTION100
3.9331-44.96130.21381530.182935X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2652-0.2106-1.04335.04912.7751.74440.48921.436-0.7967-1.0454-0.54780.21910.6273-0.02690.01050.59220.14120.03640.4386-0.11670.239330.59560.647938.0544
21.55120.1479-1.13371.0327-0.66751.1543-0.4622-0.5815-0.4742-0.434-0.37460.41461.14650.49180.51050.74570.3032-0.05330.48220.05560.460433.683559.526150.2315
30.9896-0.34740.51350.5209-0.32090.42710.2006-0.246-0.1616-0.1743-0.10710.11330.14030.0856-0.03050.242-0.00080.03490.27120.02250.184829.302267.63353.856
41.36641.00970.93881.49810.540.6344-0.1452-0.05940.2902-0.1214-0.07640.1752-0.2047-0.06650.19840.22490.0386-0.02540.26910.00090.161616.312570.413924.7836
51.3731-0.59251.22410.5839-0.63293.3445-0.15150.24940.1730.1151-0.0003-0.1339-0.14450.9880.06260.3020.07170.00080.3749-0.01990.236936.68368.645442.8149
62.13752.235-0.25043.96331.18965.8802-0.79550.0696-1.09960.27740.2996-1.25590.9463-0.19730.1430.42230.18270.11620.4137-0.09790.610239.790260.156735.927
72.15231.07950.56851.2833-0.30451.06780.1184-0.64460.061-0.0144-0.43130.0330.28270.17220.2650.20390.05310.04960.36780.04130.22617.481650.690511.3597
83.0375-0.8164-0.94411.6816-1.482.61430.4954-0.8005-0.3511-0.3666-0.08980.20810.72230.4373-0.29810.3591-0.0106-0.04120.36930.05090.235722.047149.32820.9007
90.78050.8361.30450.91561.56163.0820.36180.2693-0.6269-0.21530.6423-0.72170.16761.0634-0.77860.1678-0.02920.05610.7415-0.21560.420431.911661.895711.9151
100.97220.27840.31370.27790.25970.60990.05050.69790.1493-0.0036-0.05370.05880.06360.4014-0.01950.2209-0.0084-0.0130.3703-0.08580.265939.799871.658329.4094
110.0811-0.07160.2120.12820.10791.3420.01960.51140.0324-0.05160.18740.01580.04190.4334-0.16850.186-0.03250.00180.3944-0.02930.209719.045862.589110.9682
12-0.0057-0.059-0.02951.03190.440.1849-0.08420.09070.14190.19180.11280.23190.20140.1044-0.06810.20250.0091-0.00550.2275-0.00890.124710.620658.066517.1237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 35:40)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 41:51)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 52:65)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 66:112)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 113:132)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 133:145)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 39:53)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 54:64)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 65:78)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 79:103)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 104:131)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 132:148)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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