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- PDB-2y2z: ligand-free form of TetR-like repressor SimR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y2z
タイトルligand-free form of TetR-like repressor SimR
要素PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2
キーワードTRANSCRIPTION / SIMOCYCLINONE REGULATOR / TETR-FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like ...Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative repressor SimReg2
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Le, T.B.K. / Stevenson, C.E.M. / Fiedler, H.-P. / Maxwell, A. / Lawson, D.M. / Buttner, M.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structures of the Tetr-Like Simocyclinone Efflux Pump Repressor, Simr, and the Mechanism of Ligand-Mediated Derepression.
著者: Le, T.B.K. / Stevenson, C.E.M. / Fiedler, H.-P. / Maxwell, A. / Lawson, D.M. / Buttner, M.J.
履歴
登録2010年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2401
ポリマ－30,2401
非ポリマー00
水2,180121
1
A: PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2

A: PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4802
ポリマ－60,4802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
Buried area4950 Å2
ΔGint-36.1 kcal/mol
Surface area23380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.060, 116.060, 109.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2007-

HOH

21A-2008-

HOH

31A-2061-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PUTATIVE REPRESSOR SIMREG2 / SIM16 / SIMR


分子量: 30240.215 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 3-261 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)
株: TU 6040 / プラスミド: PIJ10499 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9AMH9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
解説: A PARTIAL MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTION USING PDB ENTRY 2HX AS THE SEARCH MODEL WAS USED AS A SECONDARY SOURCE OF PHASE INFORMATION.
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT 5MG/ML IN 25MM TRIS-HCL PH8.4, 300MM NACL MIXED WITH 2% PEG 10000, 0.2M AMMONIUM ACETATE IN 0.1M BIS-TRIS PH5.5 IN 1 TO 1 RATIO.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.04 Å / Num. obs: 20761 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0091精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.95→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 9.09 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23366 1044 5 %RANDOM
Rwork0.20486 ---
obs0.20634 19717 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.312 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å2-0.34 Å20 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3---1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1881 0 0 121 2002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211976
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5721.9582694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95933294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6965249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.55922.44794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.1615326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8981523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9371.51214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2511.5492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62821952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5363762
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8964.5739
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 72 -
Rwork0.28 1447 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.7051.30680.56874.5101-0.22182.56090.00780.1184-0.4356-0.26850.0145-0.27580.04790.1806-0.02230.10980.0367-0.02060.10640.02850.1061-11.058-7.1022-28.8398
26.9909-3.88580.68413.0685-1.21871.30680.0711-0.2627-0.0775-0.0715-0.0113-0.06260.0511-0.0005-0.05980.0437-0.0047-0.0070.1540.00070.0903-23.5739-1.3354-27.8549
34.9319-1.27610.57258.5426-1.592910.30990.0476-0.0634-0.01050.4010.08870.41080.4173-0.5737-0.13630.1151-0.03080.03050.1388-0.08010.093-23.6284.5153-20.3326
44.12713.08510.71025.21231.02582.08450.2778-0.43550.32860.2482-0.0179-0.05130.0215-0.072-0.25990.1016-0.00530.04530.221-0.04840.1003-35.7067.2957-21.9564
53.82811.1354-1.07381.8234-1.691.63030.13020.0710.0883-0.27540.17540.37450.2046-0.1209-0.30560.1438-0.0206-0.06110.2170.04380.1538-52.3853-3.4392-25.8323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2A46 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3A120 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4A135 - 179
5X-RAY DIFFRACTION5A180 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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