PDB-2y1t: Bacillus subtilis prophage dUTPase in complex with dUDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y1t

タイトル

Bacillus subtilis prophage dUTPase in complex with dUDP

要素

SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

キーワード

HYDROLASE / SPB PROPHAGE / PHE-LID

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Garcia-Nafria, J. / Harkiolaki, M. / Persson, R. / Fogg, M.J. / Wilson, K.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: The Structure of Bacillus Subtilis Sp Beta Prophage Dutpase and its Complexes with Two Nucleotides
著者: Garcia-Nafria, J. / Harkiolaki, M. / Persson, R. / Fogg, M.J. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2010年12月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y1t.cif.gz	180.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y1t.ent.gz	144.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y1t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y1t_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y1t_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	2y1t_validation.xml.gz	38.6 KB	表示
CIF形式データ	2y1t_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/2y1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/2y1t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xx6SC 2xy3C 2baz C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ao5-1 4ao5-2 2xy3-1 2xx6-1 2hrm-1 2hr6-1 2xcd-2 2baz-d 4aoz-d 2ol1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

B: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

C: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

D: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

E: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

F: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

ヘテロ分子

99 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

B: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

C: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

E: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

F: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.515, 99.338, 99.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS / DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE / DUTPASE / DUTP PYROPHOSPHATASE 分子量: 16172.509 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: O34919, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-DUD / DEOXYURIDINE-5'-DIPHOSPHATE / dUDP 分子量: 388.162 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₁P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES BUFFER PH 7.5, 10% (V/V) PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.934 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.555
1	1	-L, -H, K	2	0.408
1	1	K, -L, -H	3	0.037

反射

解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 78511 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.4

反射シェル

解像度: 1.9→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0086	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CHAIN A OF PDB ENTRY 2XX6

2xx6

解像度: 1.89→70.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 4.374 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.166	3929	5 %	RANDOM
R_work	0.14	-	-	-
obs	0.142	74316	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→70.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6215	0	120	507	6842

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.022	6441
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.323	1.991	8706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.179	3	10962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.08	5	770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.51	24.286	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.912	15	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.534	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	6948
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.353	1.5	3819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.429	1.5	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.215	2	6180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.443	3	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.09	4.5	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.94 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	268	-
R_work	0.154	5022	-
obs	-	-	91.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6537	0.0966	0.1485	0.2759	-0.0337	0.3321	0.0429	-0.0181	-0.1087	-0.0328	-0.0081	0.0416	0.0258	0.0251	-0.0348	0.0139	0.0044	-0.0058	0.0065	0.0111	0.1069	-9.2323	-7.7744	-43.0119
2	0.2307	0.052	-0.0382	0.5849	-0.1231	0.3245	0.0049	0.0187	-0.037	-0.0699	-0.0021	0.0457	-0.0498	0.0519	-0.0028	0.041	-0.0078	-0.0071	0.0208	-0.0109	0.0529	-4.8116	9.6472	-54.6714
3	0.3874	-0.0398	0.2069	0.246	0.0401	0.5893	0.0217	-0.0147	-0.0366	0.0132	-0.0352	-0.0403	-0.0617	0.083	0.0135	0.0183	-0.0213	0.0002	0.0542	0.0145	0.0606	7.2143	4.87	-38.3977
4	0.5603	-0.0067	-0.0221	0.3765	0.101	0.4809	-0.0297	-0.016	0.0128	-0.0193	-0.0134	0.0115	0.0372	-0.0814	0.0432	0.0073	-0.0044	-0.0042	0.058	-0.005	0.0567	-4.9563	42.6917	-39.982
5	0.6163	0.181	-0.1362	0.3646	0.0009	0.1572	0.0338	-0.0041	0.0767	-0.0635	-0.0123	-0.0556	0	-0.0252	-0.0215	0.0303	0.006	0.0092	0.0109	-0.0052	0.1006	12.0521	54.3611	-44.7394
6	0.5372	0.0196	-0.1389	0.6941	0.2438	0.2424	-0.0683	0.0971	-0.0242	-0.1256	0.0566	-0.0628	0.0022	-0.0704	0.0118	0.0576	-0.0307	0.0331	0.0617	-0.0042	0.0583	6.8166	38.0581	-57.1892

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 143
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 128

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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