[日本語] English
万見
- PDB-2y1h: Crystal structure of the human TatD-domain protein 3 (TATDN3) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y1h
タイトルCrystal structure of the human TatD-domain protein 3 (TATDN3)
要素PUTATIVE DEOXYRIBONUCLEASE TATDN3
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
3'-5' ssDNA/RNA exonuclease TatD-like / TatD related DNase / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / Putative deoxyribonuclease TATDN3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Puranik, S. / Krojer, T. / Yue, W.W. / Ugochukwu, E. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. ...Muniz, J.R.C. / Puranik, S. / Krojer, T. / Yue, W.W. / Ugochukwu, E. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Tatd-Domain Protein 3 (Tatdn3)
著者: Muniz, J.R.C. / Puranik, S. / Krojer, T. / Yue, W.W. / Ugochukwu, E. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U.
履歴
登録2010年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Source and taxonomy ...Database references / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE DEOXYRIBONUCLEASE TATDN3
B: PUTATIVE DEOXYRIBONUCLEASE TATDN3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,95211
ポリマ－60,3212
非ポリマー6319
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-208.5 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.910, 44.910, 233.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.0083, 0.0015), (-0.0083, 0.9996, -0.0254), (-0.0013, -0.0254, -0.9997)
ベクター: 27.6965, 0.4529, 23.7332)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PUTATIVE DEOXYRIBONUCLEASE TATDN3 / TATD-DOMAIN PROTEIN 3


分子量: 30160.732 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 5-274 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PL
参照: UniProt: Q17R31, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

-
非ポリマー , 5種, 66分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.02M ZN_CL, 20% W/V PEG 6000 AND 10% V/V ETHYLENE GLYCOL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→58.28 Å / Num. obs: 18125 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 64.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→36.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9474 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2175 921 5.1 %RANDOM
Rwork0.1774 ---
obs0.1795 18070 --
原子変位パラメータBiso mean: 68.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.0675 Å20 Å20 Å2
2---7.0675 Å20 Å2
3---14.1351 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.371 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3909 0 20 57 3986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013988HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.25430HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1831SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes584HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3988HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion537SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4772SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 152 5.18 %
Rwork0.204 2784 -
all0.2064 2936 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.81030.09160.40361.0103-0.42575.7784-0.20430.0510.27570.66-0.06120.4766-0.1992-0.74350.2655-0.07610.19990.02380.044-0.0078-0.173.7464-5.761430.3034
2-0.25960.17820.57950.2923-0.27320.2335-0.01370.00580.03850.01490.0256-0.0451-0.0444-0.0274-0.01190.091-0.1176-0.05880.18740.13260.015324.46033.41140.3236
30.2489-0.1751-0.17953.2858-1.37488.3154-0.1029-0.1781-0.11310.7364-0.2243-0.42310.07440.55630.3272-0.0570.1462-0.09380.06390.0648-0.157417.506-11.808141.0306
41.3077-1.05340.27333.1985-0.75858.3154-0.084-0.043-0.02670.0367-0.2524-0.14240.47930.25820.3365-0.18160.1290.00740.02050.0108-0.130816.0631-15.540622.262
50.70230.3403-1.69260.60690.44858.3154-0.14660.0105-0.2672-0.1795-0.0515-0.2523-0.34180.43110.1981-0.1997-0.0663-0.040.22780.0813-0.117324.6647-6.448-1.833
60.09860.10661.62092.5194-2.42481.8752-0.00630.02890.10040.0046-0.00930.0452-0.02430.04270.01550.18140.17370.04430.06990.1064-0.30414.07975.3133-18.0322
70.29252.5998-2.22253.1198-1.52968.26410.00460.0098-0.2205-0.2425-0.1083-0.2581-0.64650.25520.1037-0.2175-0.05040.02180.1917-0.0159-0.27223.0863-6.1649-16.9287
81.7782-0.67041.8360.1725-0.91752.1526-0.00350.03940.0724-0.04910.0310.1621-0.00250.0418-0.02750.15910.099-0.09610.39580.1105-0.28075.63372.5103-21.4496
96.4768-0.61560.97773.6378-2.79617.2474-0.00060.2089-0.1801-0.74640.15680.08270.2277-0.497-0.1562-0.1194-0.0924-0.01060.3383-0.0878-0.30412.382-12.2445-17.4723
101.24650.77770.24013.07261.68137.8658-0.37760.2925-0.0188-0.22160.24470.2187-0.0486-0.65650.1329-0.2265-0.0541-0.02910.18690.0041-0.13998.3712-12.9952-0.382
110.81391.62893.43285.6544-0.77783.81520.3023-0.0955-0.1056-0.1642-0.4776-0.01180.7418-0.20020.17530.0817-0.04670.0496-0.0349-0.0393-0.165415.7636-22.95970.6469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(A4 - A111 )
2X-RAY DIFFRACTION2(A112 - A119 )
3X-RAY DIFFRACTION3(A120 - A189 )
4X-RAY DIFFRACTION4(A190 - A272 )
5X-RAY DIFFRACTION5(B5 - B75 )
6X-RAY DIFFRACTION6(B79 - B85 )
7X-RAY DIFFRACTION7(B86 - B113 )
8X-RAY DIFFRACTION8(B114 - B125 )
9X-RAY DIFFRACTION9(B126 - B175 )
10X-RAY DIFFRACTION10(B176 - B240 )
11X-RAY DIFFRACTION11(B241 - B272 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る