PDB-2y0c: BceC mutation Y10S

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y0c

タイトル

BceC mutation Y10S

要素

UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CARBOHYDRATE SYNTHESIS / EXOPOLYSACCHARIDE / CYSTIC FIBROSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucuronate biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BURKHOLDERIA CEPACIA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Rocha, J. / Popescu, A.O. / Borges, P. / Mil-Homens, D. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: Structure of Burkholderia Cepacia Udp-Glucose Dehydrogenase (Ugd) Bcec and Role of Tyr10 in Final Hydrolysis of Ugd Thioester Intermediate.
著者: Rocha, J. / Popescu, A.O. / Borges, P. / Mil-Homens, D. / Moreira, L.M. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C.

履歴

登録	2010年12月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y0c.cif.gz	739.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y0c.ent.gz	613.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2y0c_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y0c_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2y0c_validation.xml.gz	79.3 KB	表示
CIF形式データ	2y0c_validation.cif.gz	115.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/2y0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/2y0c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2y0dC 2y0eSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qg4-3 2y0e-1 2y0e-2 2qg4-2 4xrr-d 4xr9-d 2o3j-2 5vr8-3 2o3j-3 5vr8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

B: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

C: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

D: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

B: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

D: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.358, 108.620, 187.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.01687, 0.9937, 0.1107), (0.9963, 0.007397, 0.08547), (0.08412, 0.1117, -0.99)	72.15, -74.69, 35.4
2	given	(-0.06221, -0.9112, 0.4073), (-0.9107, -0.1151, -0.3967), (0.4084, -0.3956, -0.8227)	74.28, 83.04, 13.07
3	given	(-0.869, -0.107, -0.4831), (-0.06793, -0.9413, 0.3307), (-0.4901, 0.3202, 0.8107)	154.9, 4.082, 35.89

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE / BCEC 分子量: 52219.891 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BURKHOLDERIA CEPACIA (バクテリア) 株: IST 408 / プラスミド: PBCEC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SURE / 参照: UniProt: C9E261, UDP-glucose 6-dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 1334分子

#2: 化合物	ChemComp-UGA / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID / UDP-GLUCURONIC ACID 分子量: 580.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₂O₁₈P₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 10 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 10 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 10 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 10 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 10 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 10 TO SER
配列の詳細	CRYSTALLIZED BCEC_Y10S ALSO CONTAINS ADDITIONAL N-TERMINAL TAG HHHHHHGS

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: AT 293 K UPON VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO-LITER PROTEIN SOLUTION (5 MG/ML PROTEIN, 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT, 0.25 MM UDP-GLCA, AND 0.5 MM OXIDIZED NAD), ...詳細: AT 293 K UPON VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO-LITER PROTEIN SOLUTION (5 MG/ML PROTEIN, 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT, 0.25 MM UDP-GLCA, AND 0.5 MM OXIDIZED NAD), AND 1 MICRO-LITER WELL SOLUTION (200 MM AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 11-14 % (W/V) PEG 4K, AND 50 MM NAF), EQUILIBRATED AGAINST 500 MICRO-LITER PRECIPITATION SOLUTION IN THE WELL.

結晶

マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: AT 293 K UPON VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO-LITER PROTEIN SOLUTION (5 MG/ML PROTEIN, 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT, 0.25 MM UDP-GLCA, AND 0.5 MM OXIDIZED NAD), ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.4 Å / Num. obs: 217359 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NATIVE BCEC, PDB ENTRY 2Y0E ,WITH TYR 10 TRUNCATED TO ALA.

2y0e

解像度: 1.75→42.32 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1971	9944	5 %
R_work	0.1633	-	-
obs	0.1649	199289	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.951 Å² / k_sol: 0.384 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14042	0	282	1304	15628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	14947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.299	20261
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.24	5625
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	2253
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2646

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.2732	368	0.241	6215	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7699-1.7907	0.2668	338	0.2347	6248	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7907-1.8126	0.2693	328	0.2245	6287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8355	0.2593	327	0.2112	6263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8355-1.8597	0.2416	345	0.1994	6236	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8597-1.8851	0.2134	330	0.1836	6282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.9121	0.2038	340	0.1735	6262	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9121-1.9406	0.2149	306	0.1698	6326	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9406-1.9709	0.2192	312	0.1729	6303	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9709-2.0032	0.2083	312	0.1614	6262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0032-2.0378	0.188	316	0.1582	6315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0378-2.0748	0.2068	352	0.1561	6263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0748-2.1148	0.2	329	0.1528	6319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1148-2.1579	0.1868	324	0.1505	6275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1579-2.2048	0.1723	354	0.1458	6290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2048-2.2561	0.1947	327	0.1462	6298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2561-2.3125	0.1807	358	0.1432	6310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3125-2.3751	0.1898	319	0.1504	6311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3751-2.4449	0.2049	310	0.1547	6308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4449-2.5238	0.1933	324	0.1519	6334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5238-2.614	0.1951	341	0.158	6324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.614-2.7187	0.1948	332	0.161	6342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7187-2.8424	0.2043	333	0.1634	6321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8424-2.9922	0.2163	323	0.1627	6362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9922-3.1796	0.203	366	0.1622	6360	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1796-3.425	0.1707	316	0.1541	6381	X-RAY DIFFRACTION	100
3.425-3.7695	0.1745	372	0.1483	6333	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7695-4.3145	0.1658	315	0.1449	6416	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3145-5.434	0.1713	325	0.1494	6456	X-RAY DIFFRACTION	99
5.434-42.3323	0.2275	302	0.2101	6342	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3824	-0.1804	0.2972	0.6623	0.0471	0.9303	-0.0511	0.0531	0.0999	-0.1018	0.0054	0.2442	-0.0774	0.0397	-0.0004	0.1293	-0.0031	-0.0341	0.1032	0.0255	0.1474	57.743	10.0738	-7.5946
2	0.6457	-0.2677	0.2311	0.8254	-0.2894	1.2278	0.0338	0.116	0.0135	-0.1145	-0.0342	0.0631	0.0989	0.2031	-0.0032	0.0799	0.0043	-0.0024	0.1226	0.0064	0.0499	66.5798	-1.8312	-7.6256
3	0.4476	-0.1698	0.0519	0.2488	-0.0461	0.2277	0.0216	-0.0141	-0.027	-0.0406	0.0128	0.0568	-0.0004	-0.0758	0.0912	0.024	0.0051	-0.008	0.0639	0.0026	0.0667	57.1891	-8.9725	17.722
4	0.9439	-0.2237	-0.3649	0.7794	0.5074	1.351	0.0185	-0.1356	0.2078	-0.0603	-0.0717	0.061	-0.0729	-0.1444	-0.0139	0.0103	0.0338	0.0041	0.1137	-0.0366	0.1178	39.405	6.5133	24.5868
5	0.7066	-0.4779	0.4578	0.2702	-0.1327	0.4589	0.0147	-0.1649	-0.4067	0.1573	0.0617	-0.2326	-0.0499	-0.0055	0.0317	0.0935	0.0329	-0.0428	0.0977	0.0394	0.19	82.1692	-17.8034	48.693
6	1.5837	-0.3515	0.9403	0.5796	-0.235	0.8543	-0.1711	-0.2748	-0.0611	0.1833	0.1536	-0.025	-0.163	-0.186	-0.0692	0.1133	0.0619	0.0195	0.1294	0.0059	0.0444	69.1517	-9.6637	47.8919
7	0.1598	-0.1775	0.2106	0.3608	0.007	0.268	0.0041	-0.0275	-0.0384	-0.0226	0.0281	0.0338	0.0439	-0.0522	0.0011	0.0373	0.004	-0.0013	0.0622	0.0074	0.0755	64.2745	-16.4413	21.7679
8	0.457	-0.1795	-0.1001	1.08	0.4036	1.0358	0.0531	-0.0348	-0.0002	-0.0429	0.0558	-0.1531	0.0685	0.098	0.3027	0.0359	0.0098	-0.0132	0.045	-0.0177	0.071	80.5799	-33.2492	14.0493
9	0.5532	-0.1513	0.1849	0.4201	0.3119	0.4691	-0.1647	-0.1715	0.3677	0.0446	-0.1918	0.3752	-0.0895	-0.2943	-0.0187	0.1355	0.0766	-0.009	0.2671	-0.1747	0.5144	58.6891	31.8253	39.6404
10	1.4229	-0.4221	-0.1244	0.7872	-0.0086	0.5119	-0.2252	-0.38	0.157	0.2534	0.0025	0.3718	0.0879	-0.1977	-0.0548	0.1535	0.0626	0.0861	0.1875	-0.0797	0.1875	69.286	24.8436	47.4026
11	0.2535	-0.1864	-0.0724	0.5289	-0.0716	0.4221	-0.0232	-0.019	0.0404	-0.031	0.0206	0.0087	-0.1491	0.0008	0.0297	0.0946	0.0005	-0.0101	0.0377	-0.0063	0.0581	86.7065	24.3806	25.5421
12	0.372	-0.1689	-0.015	2.0956	-0.6954	0.4895	-0.0053	-0.014	0.0118	-0.558	0.0541	0.2491	0.0902	-0.0259	0.1057	0.2564	-0.0058	-0.1029	0.0496	-0.0004	0.0954	76.8719	36.0339	6.5314
13	0.5044	-0.256	-0.5473	0.7885	-0.26	1.0217	-0.2025	-0.1382	-0.1229	0.0009	-0.0692	-0.2718	0.3379	0.1941	-0.0507	0.1306	0.0374	0.0578	0.1163	0.0486	0.1682	105.15	-10.7108	13.1309
14	0.3161	-0.1224	-0.47	1.2695	0.0894	0.6507	-0.0273	0.0183	-0.0322	-0.116	-0.0404	-0.0523	-0.0211	-0.019	-0.151	0.0352	-0.0134	0.0208	0.0447	-0.0091	0.0361	98.5748	1.1944	4.9504
15	0.1647	-0.1725	-0.0845	0.42	0.244	0.3023	-0.0155	-0.0257	-0.0109	-0.043	0.0244	-0.0187	-0.0548	0.052	0.0188	0.0674	-0.0049	-0.0006	0.0633	-0.0058	0.0533	95.0226	16.8863	28.0733
16	0.8182	-0.0159	0.6115	0.3375	0.0691	1.8175	0.0231	-0.0565	-0.0563	0.0659	0.1121	-0.1406	0.1888	0.1672	0.1778	0.0287	0.0406	-0.0117	0.0512	0.014	-0.0354	105.6414	6.6323	47.7924

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID -1:95)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 96:205)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 206:303)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 304:456) OR (CHAIN A AND RESID 1501)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID -1:95)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 96:205)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 206:303)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 304:456) OR (CHAIN B AND RESID 1501)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID -1:95)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN C AND RESID 96:205)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 206:303)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 304:456) OR (CHAIN C AND RESID 1501)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN D AND RESID -1:95)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN D AND RESID 96:205)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN D AND RESID 206:303)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 304:456) OR (CHAIN D AND RESID 1501)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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