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万見
- PDB-2y05: Crystal structure of human leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y05
タイトルCrystal structure of human leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase in complex with NADP and raloxifene
要素PROSTAGLANDIN REDUCTASE 1
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


leukotriene B4 metabolic process / 13-lipoxin reductase activity / leukotriene B4 12-hydroxy dehydrogenase activity / lipoxin A4 metabolic process / 2-alkenal reductase [NAD(P)+] / 2-alkenal reductase (NADPH) activity / 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / 15-oxoprostaglandin 13-reductase [NAD(P)+] activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / leukotriene metabolic process ...leukotriene B4 metabolic process / 13-lipoxin reductase activity / leukotriene B4 12-hydroxy dehydrogenase activity / lipoxin A4 metabolic process / 2-alkenal reductase [NAD(P)+] / 2-alkenal reductase (NADPH) activity / 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / 15-oxoprostaglandin 13-reductase [NAD(P)+] activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / prostaglandin metabolic process / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / Medium-chain dehydrogenase/reductase / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / Medium-chain dehydrogenase/reductase / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / RALOXIFENE / Prostaglandin reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yue, W.W. / Shafqat, N. / Krojer, T. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Sethi, R. / Savitsky, P. / Johansson, C. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. ...Yue, W.W. / Shafqat, N. / Krojer, T. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Sethi, R. / Savitsky, P. / Johansson, C. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Leukotriene B4 12-Hydroxydehydrogenase in Complex with Nadp and Raloxifene
著者: Yue, W.W. / Shafqat, N. / Krojer, T. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Sethi, R. / Savitsky, P. / Johansson, C. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Oppermann, U.
履歴
登録2010年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROSTAGLANDIN REDUCTASE 1
B: PROSTAGLANDIN REDUCTASE 1
C: PROSTAGLANDIN REDUCTASE 1
D: PROSTAGLANDIN REDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,68724
ポリマ－143,0304
非ポリマー4,65720
水7,891438
1
A: PROSTAGLANDIN REDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6438
ポリマ－35,7581
非ポリマー1,8867
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROSTAGLANDIN REDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6966
ポリマ－35,7581
非ポリマー9385
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PROSTAGLANDIN REDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7236
ポリマ－35,7581
非ポリマー9655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PROSTAGLANDIN REDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6254
ポリマ－35,7581
非ポリマー8683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.274, 116.599, 154.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 329 / Label seq-ID: 1 - 328

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PROSTAGLANDIN REDUCTASE 1 / 15-OXOPROSTAGLANDIN 13-REDUCTASE / NADP-DEPENDENT LEUKOTRIENE B4 12-HYDROXYDEHYDROGENASE / PRG-1 / ...15-OXOPROSTAGLANDIN 13-REDUCTASE / NADP-DEPENDENT LEUKOTRIENE B4 12-HYDROXYDEHYDROGENASE / PRG-1 / LEUKOTRIENE B4 12-HYDROXYDEHYDROGENASE


分子量: 35757.516 Da / 分子数: 4 / 断片: MDR DOMAIN, RESIDUES 4-329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: Q14914, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる, 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase, 2-alkenal reductase [NAD(P)+]

-
非ポリマー , 5種, 458分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-RAL / RALOXIFENE / ラロキシフェン


分子量: 473.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27NO4S / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 10% PEG 10K, 8% ETGLY, 0.1M HEPES, PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月24日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→59.5 Å / Num. obs: 82606 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZSV

1zsv


解像度: 2.2→59.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 4.943 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23085 4025 5 %RANDOM
Rwork0.19383 ---
obs0.1957 77068 94.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.235 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9909 0 301 438 10648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02210461
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.432.01714207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.873.00317107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11451318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.04825.125361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.835151763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3861527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021901
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.46336499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.64432697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.507510454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.03373962
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.989113748
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4059 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.260.5
2Bmedium positional0.30.5
3Cmedium positional0.30.5
4Dmedium positional0.250.5
1Amedium thermal1.072
2Bmedium thermal1.262
3Cmedium thermal1.022
4Dmedium thermal0.982
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 271 -
Rwork0.249 5754 -
obs--96.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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