PDB-2xxs: Solution structure of the N-terminal domain of the Shigella type ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xxs

タイトル

Solution structure of the N-terminal domain of the Shigella type III secretion protein MxiG

要素

PROTEIN MXIG

キーワード

PROTEIN BINDING / PATHOGENESIS / TRANSPORT / VIRULENCE / BASAL BODY STRUCTURAL COMPONENT

機能・相同性

Tumour Suppressor Smad4 - #50 / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / Tumour Suppressor Smad4 / cell outer membrane / Sandwich / Mainly Beta / plasma membrane / Protein MxiG

機能・相同性情報

生物種

SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

McDowell, M.A. / Johnson, S. / Deane, J.E. / McDonnell, J.M. / Lea, S.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Functional Studies on the N-Terminal Domain of the Shigella Type III Secretion Protein Mxig.
著者: Mcdowell, M.A. / Johnson, S. / Deane, J.E. / Cheung, M. / Roehrich, A.D. / Blocker, A.J. / Mcdonnell, J.M. / Lea, S.M.

履歴

登録	2010年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月7日	Group: Database references / Version format compliance
改定 2.0	2024年5月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xxs.cif.gz	595.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xxs.ent.gz	496.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xxs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1tq1-d 1aot-d 1f7l-d 1wtw-d 6egy-2 4hwm-d 3ey6-d 3n84-4 1azp-d 2cy4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN MXIG

12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 350	LOWEST TARGET FUNCTION
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	PROTEIN MXIG / MXIG 分子量: 12180.494 Da / 分子数: 1 断片: N-TERMINAL FORKHEAD ASSOCIATED DOMAIN, RESIDUES 6-112 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌) 株: 301 / Variant: SEROTYPE 2A / プラスミド: PET14B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A221

#1: タンパク質

PROTEIN MXIG / MXIG

分子量: 12180.494 Da / 分子数: 1
断片: N-TERMINAL FORKHEAD ASSOCIATED DOMAIN, RESIDUES 6-112
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)
株: 301 / Variant: SEROTYPE 2A / プラスミド: PET14B / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A221

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	HN(CO)CA
1	2	1	CBCA(CO)NH
1	3	1	CBCANH
1	4	1	HNCO
1	5	1	CC(CO)NH
1	6	1	H(CCCO)NH
1	7	1	15N-NOESY-HSQC
1	8	1	13C-NOESY
1	9	1	CLEANEX-PM
1	10	1	LONG-RANGE HNCO
1	11	1	HNHA

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C AND 15N LABELED MXIG N-TERMINAL DOMAIN. NOESY EXPERIMENTS PROVIDED THE INPUT DISTANCE RESTRAINTS, WHILST A LONG-RANGE ...

-
試料調製

詳細	内容: 25MM NAPI, 1MM DTT, 5% D2O
試料状態	pH: 6.8 / 温度: 298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
DYANA	P.GUENTERT,C.MUMENTHALER,K.WUETHRICH	精密化
DYANA		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 350 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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