PDB-2xxr: Crystal structure of the GluK2 (GluR6) wild-type LBD dimer in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xxr

タイトル

Crystal structure of the GluK2 (GluR6) wild-type LBD dimer in complex with glutamate

要素

GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

引用

ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2011
タイトル: Conformational Flexibility of the Ligand-Binding Domain Dimer in Kainate Receptor Gating and Desensitization
著者: Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

履歴

登録	2010年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月4日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xxr.cif.gz	221.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xxr.ent.gz	178.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xxr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xxr_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xxr_full_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示
XML形式データ	2xxr_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	2xxr_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xxtC 2xxuC 2xxvC 2xxwC 2xxxC 2xxyC 1s50S 1s7y 1s9t 1sd3 1tt1 1yae 2i0b 2i0c C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bdq-d 2xxv-d 2xxw-d 2xxy-2 2xxu-d 1m5f-2 3kei-1 2xxt-d 1my0-2 1my1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (13) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.326, 105.464, 114.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2 / GLUTAMATE RECEPTOR 6 / GLUR-6 / GLUR6 分子量: 29625.943 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42260
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 27% PEG 4000, 3% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→19.4 Å / Num. obs: 75578 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 20.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S50

1s50

解像度: 1.6→19.439 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1948	3780	5 %
R_work	0.1693	-	-
obs	0.1706	75578	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.249 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8358 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.6108 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.225 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.439 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3975	0	23	477	4475

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4108
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.016	5535
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.408	1529
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	619
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	696

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6203	0.2831	139	0.2395	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6203-1.6416	0.2786	137	0.2257	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6416-1.6641	0.2419	139	0.225	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6641-1.6878	0.2641	140	0.2131	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6878-1.713	0.2326	139	0.204	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.713-1.7397	0.2345	138	0.1936	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7397-1.7682	0.215	140	0.183	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7682-1.7987	0.2039	138	0.1827	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7987-1.8314	0.2079	139	0.1701	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8314-1.8666	0.2172	140	0.179	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8666-1.9047	0.2271	140	0.1739	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9047-1.946	0.1984	138	0.1725	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9913	0.201	140	0.1652	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9913-2.041	0.2042	139	0.1591	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.041-2.0961	0.1899	139	0.15	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0961-2.1577	0.1807	142	0.1501	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1577-2.2273	0.1777	140	0.1554	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2273-2.3068	0.176	138	0.1541	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3068-2.399	0.2061	142	0.157	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.399-2.5079	0.1801	141	0.1649	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5079-2.6399	0.1988	140	0.1646	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6399-2.8048	0.1645	141	0.1751	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8048-3.0206	0.2023	142	0.1715	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0206-3.3233	0.2079	141	0.1711	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3233-3.801	0.1816	142	0.1592	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
3.801-4.7771	0.1447	142	0.1376	2687	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7771-19.4401	0.1798	144	0.1684	2728	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1396	0.9392	0.1599	1.2672	0.236	1.1309	-0.1058	0.076	-0.1867	-0.001	0.0429	-0.0288	0.2036	-0.133	0.0507	0.1406	-0.0374	0.0417	0.1355	0.014	0.1765	-40.974	24.5223	13.9299
2	1.1706	0.2111	-0.9965	1.5799	-0.0389	1.7535	-0.0437	0.0424	-0.0105	-0.1743	0.0611	-0.0632	0.0286	-0.0257	-0.0141	0.1024	-0.023	0.0024	0.086	0.0208	0.0929	-28.8365	38.5109	5.866
3	1.9939	-0.188	-0.6249	2.0778	0.8408	1.5708	-0.0106	0.1956	-0.2276	-0.3361	-0.0384	-0.1174	0.0092	-0.0454	0.0458	0.1318	0.0126	0.0263	0.1319	-0.0029	0.124	-18.5595	33.2905	1.61
4	0.9739	1.107	0.4151	1.4241	0.2887	0.4159	0.0691	-0.0685	0.0106	0.1336	-0.1492	0.019	0.0208	-0.0477	0.0671	0.1304	-0.0063	0.0344	0.1473	0.025	0.1304	-34.7099	34.4833	22.3501
5	5.5232	-4.1127	-4.5417	3.0739	3.4212	3.8709	-0.3079	0.107	-0.1532	-0.208	-0.1352	0.1382	-0.1058	0.005	0.3156	0.1465	0.0091	0.011	0.2302	-0.0365	0.224	-27.7272	35.4119	5.9872
6	1.232	1.0891	0.0928	1.6095	0.651	0.4973	-0.062	-0.0769	0.1426	-0.1076	0.0458	-0.0752	-0.1067	0.0188	0.0164	0.1683	0.0263	-0.0171	0.1245	-0.022	0.1603	-18.9283	62.8612	26.6553
7	1.4413	-0.1367	0.3968	0.8915	-0.5591	0.9943	0.0162	-0.2422	-0.0041	0.1531	-0.0087	0.0913	0.0175	-0.133	-0.0041	0.1655	0.0061	0.0226	0.1702	-0.0139	0.1052	-25.9593	46.1711	35.6238
8	2.043	-0.7457	1.0269	1.7323	-0.1915	1.7602	-0.1118	-0.3327	0.0621	0.2379	0.044	-0.1147	0.0166	-0.1202	0.0502	0.1827	0.0309	-0.0229	0.1745	0.0115	0.1434	-16.7281	39.9619	40.895
9	1.1386	0.8481	0.5722	1.9373	0.4594	0.8194	-0.0879	0.1148	-0.0256	-0.1401	0.0695	-0.0383	-0.0312	0.0393	0.0152	0.1422	0.0134	0.0014	0.1331	0.0178	0.1229	-23.3804	52.2683	18.7376
10	2.3367	2.1687	2.2086	2.0127	2.0498	2.0876	-0.0462	-0.3544	-0.294	0.1503	0.1722	0.1809	-0.0283	-0.3185	-0.1438	0.2254	0.0709	-0.0222	0.1957	0.0174	0.1876	-22.7868	46.5518	35.531

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 429:483)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 484:677)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 678:762)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 763:805)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 900)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 429:483)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 484:677)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 678:762)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 763:805)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 900)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)