PDB-2xxj: Penta mutant of lactate dehydrogenase from Thermus thermophilus, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xxj

タイトル

Penta mutant of lactate dehydrogenase from Thermus thermophilus, ternary complex

要素

L-LACTATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HYPERTHERMOPHILE

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase activity / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.964 Å

データ登録者

Tickle, J. / de Mendoza Barbera, E. / Vellieux, F.M.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Lactate Dehydrogenase from T. Thermophilus, Penta- Mutant (Ternary Complex)
著者: Tickle, J. / De Mendoza Barbera, E. / Vellieux, F.M.D.

履歴

登録	2010年11月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月3日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Other / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xxj.cif.gz	473.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xxj.ent.gz	392 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xxj_validation.pdf.gz	1008.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xxj_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2xxj_validation.xml.gz	51.2 KB	表示
CIF形式データ	2xxj_validation.cif.gz	73.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2v7pS 2v6m 2xxb 4a73 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pqd-1 4m1q-1 3wsw-d 4nd5-2 3vph-d 6isi-d 4v4e-10 1hyh-d 4okn-1 2e37-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE

B: L-LACTATE DEHYDROGENASE

C: L-LACTATE DEHYDROGENASE

D: L-LACTATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.150, 147.360, 152.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	L-LACTATE DEHYDROGENASE / L-LDH 分子量: 32599.373 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: PTTHLDH12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: Q5SJA1, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸分子量: 89.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃NO₃
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.97 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.1M NACACODYLATE 0.2M NAAC PH 6.5, 15% W/V PEG 8000. DROPLETS = 2.0 MICROL PROTEIN, 2 MICROL PRECIPITANT, 0.5 MICROL ADDITIVE (30% D(PLUS)-GLUCOSE MONOHYDRATE).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.97245
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月31日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97245 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→105.9 Å / Num. obs: 91523 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.37 % / B_iso Wilson estimate: 25.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.94
反射シェル	解像度: 1.96→2.08 Å / 冗長度: 4.91 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V7P

2v7p

解像度: 1.964→67.644 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2263	4577	5 %
R_work	0.1752	-	-
obs	0.1777	91516	98.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 29.659 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.0938 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.0562 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.0376 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.964→67.644 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9175	0	110	643	9928

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9541
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.137	13038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.317	3523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	1540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1685

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9643-2.0346	0.2831	426	0.2424	7711	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0346-2.116	0.2855	473	0.2049	8694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.116-2.2123	0.2573	479	0.1884	8648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2123-2.329	0.2586	431	0.1815	8726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.329-2.4749	0.2474	440	0.1747	8751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4749-2.666	0.2282	448	0.1704	8741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.666-2.9343	0.2371	431	0.1824	8797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9343-3.3589	0.2349	475	0.183	8830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3589-4.2317	0.2017	448	0.1598	8900	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2317-67.6841	0.1871	526	0.149	9141	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4505	-0.3345	-0.0166	0.4527	0.1116	0.4176	-0.0052	0.0053	0.095	0.1116	0.0063	-0.0952	-0.0492	0.0827	0.0039	0.0302	-0.0011	-0.0137	0.0438	0.0242	0.1298	17.8574	24.6668	31.6706
2	0.7584	0.0708	-0.0666	0.2318	0.5475	1.3924	-0.0371	0.0365	0.2159	-0.2566	0.066	0.1456	-0.6827	0.076	-0.0271	0.3735	-0.0349	-0.0048	0.1215	0.0941	0.3569	20.2158	36.9166	15.6662
3	0.2963	0.1923	-0.217	0.4117	0.0331	0.2966	0.0933	0.1523	-0.0446	-0.1689	-0.0904	0.0022	-0.0185	-0.1115	-0.0157	0.0701	-0.0328	0.0279	0.0615	0.1028	-0.0113	11.5067	15.2988	8.5023
4	0.1198	-0.0475	-0.1935	0.3256	0.0916	0.3118	-0.018	0.1335	-0.0104	-0.1343	-0.0806	0.0584	-0.1539	-0.2906	0.0594	0.2137	0.0574	-0.0322	0.3528	0.0496	0.1331	-4.5917	9.8901	0.7421
5	0.5295	0.4219	-0.331	0.3354	-0.263	0.2065	0.213	0.3708	0.144	-0.1588	-0.3207	-0.015	-0.1873	-0.0552	0.0848	0.3935	0.1027	-0.1125	0.2611	0.0743	0.2153	-2.1059	26.5068	11.407
6	0.8732	-0.1748	-0.1735	0.7241	-0.481	0.3863	0.0658	0.0567	0.052	-0.053	-0.0414	-0.0601	0.0728	0.125	0.0488	0.0867	-0.0214	0.0144	0.1116	0.0364	0.0582	17.8097	16.0383	10.7599
7	0.6424	0.645	-0.071	1.7237	-0.5064	0.189	-0.0567	0.4469	0.0266	-0.3737	0.0625	0.0875	0.1089	-0.0576	-0.0998	0.1772	0.0194	0.119	0.1108	0.3396	-0.1224	16.4254	25.3643	-3.3312
8	0.2235	0.3416	-0.1714	0.5508	-0.3494	0.5644	-0.044	0.0956	0.0231	-0.1285	0.0819	0.0863	0.0779	-0.0694	-0.0562	0.0597	-0.0181	-0.0391	0.0937	0.0512	0.0802	-3.2138	18.3246	26.1018
9	0.0604	-0.0855	-0.1283	0.6233	-0.3182	0.5638	-0.0378	0.0468	0.0417	0.0113	0.1475	0.2388	-0.0258	-0.1861	-0.1097	0.021	0.0081	-0.0065	0.0795	0.0704	0.1619	-12.0269	24.5098	40.3698
10	0.0095	-0.0039	0.0106	0.8775	-0.267	0.095	-0.0132	-0.0302	-0.0073	0.053	0.0407	-0.1569	-0.0635	-0.0337	-0.0027	0.07	0.0009	-0.0124	0.04	0.0281	0.0892	12.6759	20.174	52.3466
11	0.6324	-0.4924	0.2099	0.8338	-0.5762	0.4481	-0.1272	0.0624	0.251	0.2797	-0.0651	-0.469	-0.1855	0.0315	0.1306	0.214	-0.0259	-0.0778	0.108	0.0469	0.3543	23.443	25.224	56.566
12	0.5777	-0.4103	0.4288	0.3017	-0.1738	1.405	-0.0537	0.0257	0.1867	0.1339	-0.097	-0.1803	-0.4123	0.0309	0.1414	0.104	-0.0118	-0.002	0.019	0.0296	0.1892	9.482	33.5973	46.4862
13	0.2053	-0.03	0.004	0.8285	-0.0783	0.2848	0.0456	0.0166	-0.0269	0.134	0.0615	0.0036	0.0721	-0.0136	-0.0729	0.0364	0.0036	-0.0046	0.0362	0.0416	0.0673	-2.1027	17.5154	49.9165
14	0.2097	-0.1609	0.0159	0.3284	1.1735	6.6418	0.0278	-0.0815	-0.0138	0.1092	-0.0887	-0.0172	-0.2588	-0.5242	0.0441	0.1329	0.027	0.0502	0.0686	0.026	0.1031	-7.1316	30.9838	59.5173
15	0.3183	-0.1624	-0.0419	0.1947	0.1042	0.5234	-0.0498	0.0663	0.0057	0.015	0.0183	-0.0396	0.0145	0.0545	0.0211	0.0803	-0.0157	0.0189	0.078	-0.0062	0.0718	26.1123	-7.1773	27.8694
16	0.5195	-0.3963	-0.2436	0.3098	0.1505	0.8582	-0.1225	-0.0618	-0.1156	0.1628	0.1528	0.0742	0.419	0.1626	-0.0016	0.2959	0.0966	0.0114	0.1305	0.013	0.1635	34.8902	-20.8001	45.4568
17	0.5173	-0.1766	-0.3183	0.2183	0.2603	0.5669	-0.0848	0.0338	0.1217	0.0892	0.0993	-0.0517	0.1571	0.0207	-0.0104	0.0513	0.0141	-0.017	0.0287	0.0154	0.0516	21.2889	-1.6966	50.3001
18	1.4047	-0.6651	-0.3967	2.1484	-0.4285	0.7227	-0.0667	0.0027	-0.1415	0.1402	0.1352	-0.0077	0.2939	-0.0188	0.0022	0.1222	-0.029	-0.005	0.0047	0.0304	0.0412	5.9174	-6.8122	60.5258
19	0.6867	-0.2557	-0.0857	0.3511	0.5025	0.8498	0.0136	0.0666	-0.1078	0.3012	0.024	0.0633	0.2267	0.1285	-0.0469	0.137	0.0062	0	0.0507	-0.0032	0.0545	17.962	-9.2668	41.5943
20	0.434	-0.236	0.0039	0.9399	-0.238	0.1808	-0.0139	-0.0464	0.1911	0.1365	0.0421	-0.0609	-0.0111	0.0336	0.0243	0.0542	-0.0057	-0.0174	0.0449	-0.0352	0.0069	27.2072	3.8641	53.3873
21	0.9146	-0.5079	0.4493	1.024	-0.6183	0.4897	-0.0156	-0.267	0.024	0.4084	-0.0637	0.0008	0.0692	0.1177	0.0206	0.2233	0.0524	-0.0668	0.1399	0.0227	0.0681	30.4314	-7.8765	62.2301
22	0.4001	0.0307	0.0599	0.5406	0.0118	0.2153	0.0057	-0.0187	0.0834	0.3098	-0.0667	0.1684	-0.0028	-0.0045	0.0442	0.1235	-0.0223	0.0752	0.0476	-0.0197	0.075	3.4927	-13.482	35.9376
23	0.4583	0.3502	0.2036	0.4349	0.0089	0.2194	0.0284	0.3133	-0.1252	-0.0064	0.0062	-0.0876	0.0286	0.1949	-0.0669	0.1083	0.0008	0.0478	0.2412	-0.0485	0.2089	15.1559	-29.6752	21.4131
24	0.4732	0.0512	0.1717	0.5685	-0.2785	0.1146	-0.0417	0.2001	-0.0255	-0.0957	0.0814	0.1047	0.0598	0.0308	-0.0218	0.0526	-0.0311	0.051	0.0999	-0.0305	0.0359	6.3401	-16.2331	15.1941
25	0.589	0.0851	-0.431	0.3907	-0.3321	0.5071	-0.0882	0.2485	0.0369	-0.1246	-0.0014	-0.0836	0.1266	-0.2842	0.0364	0.2206	-0.0231	0.0954	0.2093	0.0268	0.1791	26.1007	-3.3728	1.4627
26	0.2272	0.2983	-0.2881	1.1228	-0.554	0.4067	-0.0516	0.0169	-0.0373	-0.1211	0.0334	-0.1544	0.0525	-0.0997	0.038	0.1156	-0.023	0.0495	0.1592	-0.0585	0.1249	22.1811	-19.0507	13.3873
27	0.7082	0.217	0.3193	1.0437	0.2733	0.1572	-0.1005	0.2453	-0.0527	-0.0997	0.054	0.1293	-0.1232	0.0383	0.0419	0.0548	-0.0461	0.0368	0.1486	-0.0122	0.0123	2.527	-11.7685	13.4841
28	0.7305	0.4041	0.2508	1.3555	1.369	1.417	-0.1038	0.4408	-0.241	-0.1963	0.2719	-0.1492	0.0599	0.2023	-0.1446	0.1081	-0.0754	0.0141	0.0987	-0.2237	-0.0518	4.3316	-25.0981	3.2606

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:74)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 75:108)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 109:194)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 195:213)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 214:222)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 223:288)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 289:310)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 1:57)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 58:141)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 142:194)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 195:208)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 209:222)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 223:290)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 291:309)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 1:75)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN C AND RESID 76:99)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 100:194)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 195:217)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN C AND RESID 218:243)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN C AND RESID 244:288)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN C AND RESID 289:310)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN D AND RESID 1:75)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN D AND RESID 76:83)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN D AND RESID 84:189)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN D AND RESID 190:206)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN D AND RESID 207:222)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN D AND RESID 223:288)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN D AND RESID 289:310)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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