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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xx6 | ||||||
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タイトル | Structure of the Bacillus subtilis prophage dUTPase, YosS | ||||||
要素 | SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Garcia-Nafria, J. / Harkiolaki, M. / Persson, R. / Fogg, M.J. / Wilson, K.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011 タイトル: The Structure of Bacillus Subtilis Sp Beta Prophage Dutpase and its Complexes with Two Nucleotides 著者: Garcia-Nafria, J. / Harkiolaki, M. / Persson, R. / Fogg, M.J. / Wilson, K.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xx6.cif.gz | 222 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xx6.ent.gz | 180.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xx6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xx6_validation.pdf.gz | 449.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2xx6_full_validation.pdf.gz | 454.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2xx6_validation.xml.gz | 25.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xx6_validation.cif.gz | 37.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xx6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16172.509 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: O34919, dUTP diphosphatase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 0.1M IMIDAZOLEMALATE BUFFER PH 5.5, 30% (V/V) PEG600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→88.99 Å / Num. obs: 52906 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.8 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DUT 解像度: 1.74→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.263 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ARG61 FROM CHAIN B SHOWS BOND ANGLES OUT OF THE RANGE BUT ELECTRON DENSITY IS CLEAR FOR THAT REGION AND GEOMETRY IS AS SEEN.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.266 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→10 Å
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拘束条件 |
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