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- PDB-2xwq: Anaerobic cobalt chelatase from Archeaoglobus fulgidus (CbiX) in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xwq
タイトルAnaerobic cobalt chelatase from Archeaoglobus fulgidus (CbiX) in complex with metalated sirohydrochlorin product
要素SIROHYDROCHLORIN COBALTOCHELATASE
キーワードLYASE / BETA-ALPHA-BETA / COBALAMIN BIOSYNTHESIS / METAL-BINDING / PARALLEL BETA SHEET
機能・相同性
機能・相同性情報


sirohydrochlorin cobaltochelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase activity / anaerobic cobalamin biosynthetic process / tetrapyrrole binding / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能
Sirohydrochlorin cobaltochelatase / Sirohydrochlorin cobaltochelatase CbiX-like / CbiX / Rossmann fold - #1400 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT SIROHYDROCHLORIN / Sirohydrochlorin cobaltochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Ladakis, D. / Brindley, A.A. / Deery, E. / Warren, M.J. / Pickersgill, R.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Evolution in a Family of Chelatases Facilitated by the Introduction of Active Site Asymmetry and Protein Oligomerization.
著者: Romao, C.V. / Ladakis, D. / Lobo, S.A. / Carrondo, M.A. / Brindley, A.A. / Deery, E. / Matias, P.M. / Pickersgill, R.W. / Saraiva, L.M. / Warren, M.J.
履歴
登録2010年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年9月18日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIROHYDROCHLORIN COBALTOCHELATASE
B: SIROHYDROCHLORIN COBALTOCHELATASE
C: SIROHYDROCHLORIN COBALTOCHELATASE
D: SIROHYDROCHLORIN COBALTOCHELATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6026
ポリマ－60,7624
非ポリマー1,8392
水3,297183
1
A: SIROHYDROCHLORIN COBALTOCHELATASE
B: SIROHYDROCHLORIN COBALTOCHELATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3013
ポリマ－30,3812
非ポリマー9201
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-37.9 kcal/mol
Surface area10850 Å2
手法PISA
2
C: SIROHYDROCHLORIN COBALTOCHELATASE
D: SIROHYDROCHLORIN COBALTOCHELATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3013
ポリマ－30,3812
非ポリマー9201
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7030 Å2
ΔGint-35.9 kcal/mol
Surface area10950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.010, 99.000, 116.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99515, 0.0965, 0.01898), (0.09467, 0.8875, 0.45097), (0.02667, 0.45058, -0.89234)7.48496, -6.19439, 24.90189
2given(0.27026, -0.32378, 0.90671), (-0.22656, -0.9367, -0.26695), (0.93575, -0.13328, -0.32651)-8.82397, 11.24481, 14.95735
3given(-0.26527, 0.21278, -0.9404), (0.23639, -0.93122, -0.27738), (-0.93475, -0.29589, 0.19672)17.64079, 9.17131, 16.48726

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要素

#1: タンパク質
SIROHYDROCHLORIN COBALTOCHELATASE / CBIXS


分子量: 15190.501 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR DE3 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O29537, sirohydrochlorin cobaltochelatase
#2: 化合物 ChemComp-SIR / COBALT SIROHYDROCHLORIN


分子量: 919.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H44CoN4O16
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細COBALT-SIROHYDROCHLORIN (SIR): METAL AT THE CENTER OF THE SHC IS UNKNOWN, COBALT WAS USED FOR THE ...COBALT-SIROHYDROCHLORIN (SIR): METAL AT THE CENTER OF THE SHC IS UNKNOWN, COBALT WAS USED FOR THE PURPOSE OF MODELLING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0079
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月26日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0079 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50.3 Å / Num. obs: 253190 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.01→2.12 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DJ5

2dj5


解像度: 2.01→45.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 5.98 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28234 1847 5 %RANDOM
Rwork0.21656 ---
obs0.21979 35176 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→45.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4040 0 126 183 4349
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224404
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3842.0495990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7265498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9722.157204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.4115744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8981548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.171.52480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.01124002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.10431924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8324.51988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.012→2.064 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 137 -
Rwork0.344 2582 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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