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万見
- PDB-2xvo: SSO1725, a protein involved in the CRISPR/Cas pathway -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xvo
タイトルSSO1725, a protein involved in the CRISPR/Cas pathway
要素SSO1725
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性Jelly Rolls - #1670 / defense response to virus / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / BETA-MERCAPTOETHANOL / Putative CRISPR system CMR subunit Cmr7 2
機能・相同性情報
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Reeks, J. / Liu, H. / Naismith, J. / White, M. / McMahon, S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Structure and Mechanism of the Cmr Complex for Crispr-Mediated Antiviral Immunity.
著者: Zhang, J. / Rouillon, C. / Kerou, M. / Reeks, J. / Brugger, K. / Graham, S. / Reimann, J. / Cannone, G. / Liu, H. / Albers, S. / Naismith, J.H. / Spagnolo, L. / White, M.F.
履歴
登録2010年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Database references / Source and taxonomy

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SSO1725
B: SSO1725
C: SSO1725
D: SSO1725
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6809
ポリマ－86,2544
非ポリマー4275
水2,630146
1
A: SSO1725
B: SSO1725
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2233
ポリマ－43,1272
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-26.3 kcal/mol
Surface area15970 Å2
手法PISA
2
C: SSO1725
ヘテロ分子

D: SSO1725
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4576
ポリマ－43,1272
非ポリマー3304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-19.9 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
3
D: SSO1725
ヘテロ分子

C: SSO1725
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4576
ポリマ－43,1272
非ポリマー3304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-19.9 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.750, 90.290, 111.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
SSO1725


分子量: 21563.377 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MERCAPTHOETHANOL ADDUCT / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q97XK8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL GA COMES FROM TAG. THE S2G MUTATION IS OWING TO THE CLONING STRATEGY USED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→47.48 Å / Num. obs: 46758 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.08→2.13 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 86.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0081精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.08→47.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 10.609 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. REFMAC NCSR-LOCAL WAS USED FOR NCS RESTRAINTS. BME ADDUCTS ON CYS96 IN A, B, AND C. NOT OBSERVED IN D.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23051 2361 5.1 %RANDOM
Rwork0.19906 ---
obs0.20066 44347 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20 Å2
2--0.9 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→47.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5809 0 22 146 5977
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225936
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.948041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3593.0019669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3055720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40226.027292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.846151049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2851516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.081→2.135 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 174 -
Rwork0.275 2795 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
196.8862-30.8591-7.360510.961-5.613857.6250.20850.7919-0.2385-0.0819-0.67560.16320.2994.66360.46710.1709-0.1471-0.06880.91360.59780.773917.96717.869-2.13
21.93650.63911.3691.06990.40542.624-0.06870.08780.1592-0.13060.03530.1914-0.10260.04090.03340.0307-0.0096-0.01670.017-0.00560.05735.75911.3827.175
34.6411.34211.01692.3895-1.56234.7423-0.09270.42530.1376-0.1750.049-0.0268-0.18680.36070.04370.1703-0.02090.01630.11410.01690.062716.28314.5029.324
43.24541.72463.43321.34841.58314.00160.2923-0.4264-0.02920.1636-0.23680.11930.3272-0.4331-0.05550.0577-0.00960.01140.1027-0.00620.10520.8755.5313.902
54.89471.17410.84722.30240.23825.1175-0.01-0.35080.38140.1475-0.11940.1331-0.32710.02110.12940.0722-0.04310.00290.0657-0.03340.032735.73825.92838.735
62.83320.23621.65881.44390.00043.7143-0.0145-0.25420.11020.1577-0.1417-0.0149-0.15840.030.15620.064-0.0590.01230.081-0.02190.017732.65518.46634.147
73.31360.4431-0.17851.92070.53753.4187-0.0165-0.17440.31730.1406-0.09920.1462-0.2858-0.23620.11570.0813-0.0167-0.00550.0834-0.03750.044625.43222.03530.259
88.76711.21734.07081.6657-0.14946.16050.1566-0.332-0.42560.1482-0.2243-0.180.46950.44710.06770.11190.01330.00980.16840.04010.058343.13516.59734.859
91.1277-0.4366-0.1445.09931.57252.98390.0993-0.11130.05280.0695-0.03480.2546-0.13460.0671-0.06460.0289-0.00150.01880.0441-0.00960.037417.792-11.19720.293
100.3253-1.1112-0.75244.0641.83864.4198-0.08070.0055-0.2540.24890.1150.96750.2363-0.4712-0.03420.0949-0.00570.04150.13780.05550.4317.518-14.50822.298
1112.04777.2162-0.80788.27971.75141.4991-0.0702-0.2145-0.24170.5855-0.11460.04810.47940.020.18470.1860.02060.06280.0736-0.00430.039320.041-24.13222.435
120.095-0.0135-0.26524.74290.98571.63750.03150.0106-0.0463-0.3507-0.0450.0483-0.05590.13860.01350.04990.0344-0.03560.1156-0.02760.083219.798-11.41315.137
132.45460.38891.03824.61651.79254.1673-0.07850.0614-0.2143-0.4664-0.09910.67640.1127-0.53180.17760.1056-0.0503-0.0350.0939-0.01970.265911.01438.582-1.331
142.3645-0.5267-0.31043.30072.33563.9478-0.2078-0.0955-0.244-0.0679-0.00150.42340.0635-0.31420.20930.0434-0.01370.00160.05110.02610.093516.68844.3435.545
155.1648-0.83310.80844.69070.26982.1186-0.20470.28280.0718-0.3761-0.11990.6847-0.1715-0.48160.32460.13370.005-0.09080.2053-0.05330.159510.95851.0832.319
161.4394-0.42990.04914.2872.13913.4071-0.135-0.1489-0.26540.60520.20360.08230.79930.1008-0.06860.22760.03510.03460.03410.04780.135619.80437.5138.753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2A14 - 116
3X-RAY DIFFRACTION3A117 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4A152 - 192
5X-RAY DIFFRACTION5B12 - 47
6X-RAY DIFFRACTION6B48 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7B109 - 159
8X-RAY DIFFRACTION8B160 - 192
9X-RAY DIFFRACTION9C12 - 100
10X-RAY DIFFRACTION10C101 - 120
11X-RAY DIFFRACTION11C121 - 134
12X-RAY DIFFRACTION12C135 - 192
13X-RAY DIFFRACTION13D13 - 56
14X-RAY DIFFRACTION14D57 - 109
15X-RAY DIFFRACTION15D110 - 151
16X-RAY DIFFRACTION16D152 - 192

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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