PDB-2xvo: SSO1725, a protein involved in the CRISPR/Cas pathway

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xvo

タイトル

SSO1725, a protein involved in the CRISPR/Cas pathway

要素

SSO1725

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to virus
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Reeks, J. / Liu, H. / Naismith, J. / White, M. / McMahon, S.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Structure and Mechanism of the Cmr Complex for Crispr-Mediated Antiviral Immunity.
著者: Zhang, J. / Rouillon, C. / Kerou, M. / Reeks, J. / Brugger, K. / Graham, S. / Reimann, J. / Cannone, G. / Liu, H. / Albers, S. / Naismith, J.H. / Spagnolo, L. / White, M.F.

履歴

登録	2010年10月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月3日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.3	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xvo.cif.gz	300.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xvo.ent.gz	248.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/2xvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/2xvo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3n0z-d 1qvn-1 3n10-d 4fh6-d 3n0y-d 1upl-2 5o7o-1 4kzg-2 5xhx-2 4gzg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SSO1725

B: SSO1725

C: SSO1725

D: SSO1725

ヘテロ分子

86.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SSO1725

B: SSO1725

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: SSO1725

ヘテロ分子

D: SSO1725

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: SSO1725

ヘテロ分子

C: SSO1725

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.750, 90.290, 111.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SSO1725 分子量: 21563.377 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MERCAPTHOETHANOL ADDUCT / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q97XK8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL 分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N
配列の詳細	N-TERMINAL GA COMES FROM TAG. THE S2G MUTATION IS OWING TO THE CLONING STRATEGY USED.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→47.48 Å / Num. obs: 46758 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 2.08→2.13 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0081	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.08→47.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 10.609 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. REFMAC NCSR-LOCAL WAS USED FOR NCS RESTRAINTS. BME ADDUCTS ON CYS96 IN A, B, AND C. NOT OBSERVED IN D.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23051	2361	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19906	-	-	-
obs	0.20066	44347	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→47.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5809	0	22	146	5977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5936
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	3934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.311	1.94	8041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.359	3.001	9669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.305	5	720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.402	26.027	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.846	15	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.285	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.081→2.135 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	174	-
R_work	0.275	2795	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	96.8862	-30.8591	-7.3605	10.961	-5.6138	57.625	0.2085	0.7919	-0.2385	-0.0819	-0.6756	0.1632	0.299	4.6636	0.4671	0.1709	-0.1471	-0.0688	0.9136	0.5978	0.7739	17.967	17.869	-2.13
2	1.9365	0.6391	1.369	1.0699	0.4054	2.624	-0.0687	0.0878	0.1592	-0.1306	0.0353	0.1914	-0.1026	0.0409	0.0334	0.0307	-0.0096	-0.0167	0.017	-0.0056	0.0573	5.759	11.382	7.175
3	4.641	1.3421	1.0169	2.3895	-1.5623	4.7423	-0.0927	0.4253	0.1376	-0.175	0.049	-0.0268	-0.1868	0.3607	0.0437	0.1703	-0.0209	0.0163	0.1141	0.0169	0.0627	16.283	14.502	9.324
4	3.2454	1.7246	3.4332	1.3484	1.5831	4.0016	0.2923	-0.4264	-0.0292	0.1636	-0.2368	0.1193	0.3272	-0.4331	-0.0555	0.0577	-0.0096	0.0114	0.1027	-0.0062	0.1052	0.875	5.53	13.902
5	4.8947	1.1741	0.8472	2.3024	0.2382	5.1175	-0.01	-0.3508	0.3814	0.1475	-0.1194	0.1331	-0.3271	0.0211	0.1294	0.0722	-0.0431	0.0029	0.0657	-0.0334	0.0327	35.738	25.928	38.735
6	2.8332	0.2362	1.6588	1.4439	0.0004	3.7143	-0.0145	-0.2542	0.1102	0.1577	-0.1417	-0.0149	-0.1584	0.03	0.1562	0.064	-0.059	0.0123	0.081	-0.0219	0.0177	32.655	18.466	34.147
7	3.3136	0.4431	-0.1785	1.9207	0.5375	3.4187	-0.0165	-0.1744	0.3173	0.1406	-0.0992	0.1462	-0.2858	-0.2362	0.1157	0.0813	-0.0167	-0.0055	0.0834	-0.0375	0.0446	25.432	22.035	30.259
8	8.7671	1.2173	4.0708	1.6657	-0.1494	6.1605	0.1566	-0.332	-0.4256	0.1482	-0.2243	-0.18	0.4695	0.4471	0.0677	0.1119	0.0133	0.0098	0.1684	0.0401	0.0583	43.135	16.597	34.859
9	1.1277	-0.4366	-0.144	5.0993	1.5725	2.9839	0.0993	-0.1113	0.0528	0.0695	-0.0348	0.2546	-0.1346	0.0671	-0.0646	0.0289	-0.0015	0.0188	0.0441	-0.0096	0.0374	17.792	-11.197	20.293
10	0.3253	-1.1112	-0.7524	4.064	1.8386	4.4198	-0.0807	0.0055	-0.254	0.2489	0.115	0.9675	0.2363	-0.4712	-0.0342	0.0949	-0.0057	0.0415	0.1378	0.0555	0.431	7.518	-14.508	22.298
11	12.0477	7.2162	-0.8078	8.2797	1.7514	1.4991	-0.0702	-0.2145	-0.2417	0.5855	-0.1146	0.0481	0.4794	0.02	0.1847	0.186	0.0206	0.0628	0.0736	-0.0043	0.0393	20.041	-24.132	22.435
12	0.095	-0.0135	-0.2652	4.7429	0.9857	1.6375	0.0315	0.0106	-0.0463	-0.3507	-0.045	0.0483	-0.0559	0.1386	0.0135	0.0499	0.0344	-0.0356	0.1156	-0.0276	0.0832	19.798	-11.413	15.137
13	2.4546	0.3889	1.0382	4.6165	1.7925	4.1673	-0.0785	0.0614	-0.2143	-0.4664	-0.0991	0.6764	0.1127	-0.5318	0.1776	0.1056	-0.0503	-0.035	0.0939	-0.0197	0.2659	11.014	38.582	-1.331
14	2.3645	-0.5267	-0.3104	3.3007	2.3356	3.9478	-0.2078	-0.0955	-0.244	-0.0679	-0.0015	0.4234	0.0635	-0.3142	0.2093	0.0434	-0.0137	0.0016	0.0511	0.0261	0.0935	16.688	44.343	5.545
15	5.1648	-0.8331	0.8084	4.6907	0.2698	2.1186	-0.2047	0.2828	0.0718	-0.3761	-0.1199	0.6847	-0.1715	-0.4816	0.3246	0.1337	0.005	-0.0908	0.2053	-0.0533	0.1595	10.958	51.083	2.319
16	1.4394	-0.4299	0.0491	4.287	2.1391	3.4071	-0.135	-0.1489	-0.2654	0.6052	0.2036	0.0823	0.7993	0.1008	-0.0686	0.2276	0.0351	0.0346	0.0341	0.0478	0.1356	19.804	37.513	8.753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	117 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	152 - 192
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	12 - 47
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	48 - 108
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	109 - 159
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	160 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	12 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	101 - 120
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	121 - 134
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	135 - 192
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	13 - 56
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	57 - 109
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	110 - 151
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	152 - 192

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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