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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xvn | ||||||
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タイトル | A. fumigatus chitinase A1 phenyl-methylguanylurea complex | ||||||
![]() | ASPERGILLUS FUMIGATUS CHITINASE A1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / side of membrane / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rush, C.L. / Schuttelkopf, A.W. / Hurtado-Guerrero, R. / Blair, D.E. / Ibrahim, A.F.M. / Desvergnes, S. / Eggleston, I.M. / van Aalten, D.M.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Natural Product-Guided Discovery of a Fungal Chitinase Inhibitor. 著者: Rush, C.L. / Schuttelkopf, A.W. / Hurtado-Guerrero, R. / Blair, D.E. / Ibrahim, A.F.M. / Desvergnes, S. / Eggleston, I.M. / Van Aalten, D.M.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA", "BA", "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA", "BA", "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 504.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33939.734 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 29-307 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.05 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 51912 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0088 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 2.35→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.865 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.811 / SU B: 8.552 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.07 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→12 Å
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拘束条件 |
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