[日本語] English
万見
- PDB-2xva: Crystal structure of the tellurite detoxification protein TehB fr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xva
タイトルCrystal structure of the tellurite detoxification protein TehB from E. coli in complex with sinefungin
要素TELLURITE RESISTANCE PROTEIN TEHB
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tellurite methyltransferase / response to tellurium ion / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methyltransferase activity / response to toxic substance / methylation / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tellurite resistance methyltransferase, TehB / Tellurite resistance methyltransferase TehB-like domain / Tellurite resistance protein TehB / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / Tellurite methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Choudhury, H.G. / Cameron, A.D. / Iwata, S. / Beis, K.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structure and Mechanism of the Chalcogen Detoxifying Protein Tehb from Escherichia Coli.
著者: Choudhury, H.G. / Cameron, A.D. / Iwata, S. / Beis, K.
履歴
登録2010年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TELLURITE RESISTANCE PROTEIN TEHB
B: TELLURITE RESISTANCE PROTEIN TEHB
C: TELLURITE RESISTANCE PROTEIN TEHB
D: TELLURITE RESISTANCE PROTEIN TEHB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,42111
ポリマ－90,6994
非ポリマー1,7227
水13,727762
1
A: TELLURITE RESISTANCE PROTEIN TEHB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0562
ポリマ－22,6751
非ポリマー3811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TELLURITE RESISTANCE PROTEIN TEHB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1223
ポリマ－22,6751
非ポリマー4472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TELLURITE RESISTANCE PROTEIN TEHB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1223
ポリマ－22,6751
非ポリマー4472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: TELLURITE RESISTANCE PROTEIN TEHB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1223
ポリマ－22,6751
非ポリマー4472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.100, 55.590, 129.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9999, 0.01324, 0.00262), (0.01259, 0.985, -0.172), (-0.004857, -0.1719, -0.9851)-49.54, -5.279, -68.05
2given(-0.4616, 0.2746, -0.8435), (0.2295, -0.8815, -0.4125), (-0.8569, -0.384, 0.3439)-28.47, -39.97, -66.83
3given(0.4546, 0.4, 0.7958), (-0.229, -0.811, 0.5384), (0.8608, -0.427, -0.2771)50.21, -19.57, -44.83

-
要素

#1: タンパク質
TELLURITE RESISTANCE PROTEIN TEHB / TELLURITE METHYLTRANSFERASE


分子量: 22674.842 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 MG1655 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25397
#2: 化合物
ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE


分子量: 381.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 762 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細SINEFUNGIN IS REPRESENTED AS ADENOSYL-ORNITHINE (SFG). WE OBSERVE SOME POSITIVE DENSITY NEAR THE ...SINEFUNGIN IS REPRESENTED AS ADENOSYL-ORNITHINE (SFG). WE OBSERVE SOME POSITIVE DENSITY NEAR THE SINEFUNGIN MOLECULE THAT WE CANNOT BUILD INTO. WE ONLY OBSERVE IT FOR THE SINEFUNGIN DATA AND NOT FROM THE S-ADENOSYL HOMOCYSTEINE. MOST LIKELY DUE TO A CONTAMINANT FROM THE SINEFUNGIN COMPOUND. ZN ION WAS BUILT IN SOME DENSITY WE COULD NOT ACCOUNT FOR. THE FLUORESCENT SCAN AT THE BEAMLINE REVEALED ZN AND THE ANOMALOUS MAP MATCHED THAT PEAK. WE DO NOT SEE THIS PEAK FOR THE S-ADENOSYL HOMOCYSTEINE DATA (PROBABLY DUE TO A CONTAMINANT FROM THE SINEFUNGIN COMPOUND).
配列の詳細THE I2V MUTATION WAS FROM CLONING TO THE HO SITE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.2M NAF, 22% PEG 3350, 5MM SINEFUNGIN, pH 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.1 Å / Num. obs: 62310 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0106精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I6G

2i6g


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 7.621 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23423 3183 5.1 %RANDOM
Rwork0.17456 ---
obs0.17766 59055 93.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6271 0 111 762 7144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226634
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.9748999
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3545815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67823.631336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.817151162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6231560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7761.53949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35126366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28832685
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5454.52614
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 237 -
Rwork0.24 4441 -
obs--96.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8138-0.4923-0.22661.12660.37440.46650.06680.0508-0.0153-0.022-0.10130.0229-0.0327-0.10430.03450.03720.0258-0.0060.0746-0.00730.0032-10.94-13.322-20.827
20.68280.3705-0.07250.5071-0.14650.5964-0.006-0.0155-0.08380.0247-0.0204-0.0601-0.079-0.00420.02640.05730.0042-0.00690.03490.00450.0158-39.115-15.674-45.031
31.0213-0.41540.39820.6055-0.17140.7770.03550.0117-0.0265-0.01210.0290.02160.0479-0.0076-0.06460.0554-0.0028-0.00910.01360.00140.0209-41.319-35.879-10.192
40.9340.498-0.03720.67910.07160.4244-0.036-0.0594-0.0599-0.0081-0.0038-0.0319-0.0022-0.03220.03980.0370.00680.00620.0444-0.00610.0172-8.618-39.194-51.845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 197
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 197
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 196
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 197

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る