PDB-2xuv: The structure of HdeB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xuv

タイトル

The structure of HdeB

要素

HDEB

キーワード

UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular stress response to acidic pH / response to acidic pH / unfolded protein binding / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Naismith, J.H. / Wang, W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Salt Bridges Regulate Both Dimer Formation and Monomeric Flexibility in Hdeb and May Have a Role in Periplasmic Chaperone Function.
著者: Wang, W. / Rasmussen, T. / Harding, A.J. / Booth, N.A. / Booth, I.R. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2010年10月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.2	2011年11月30日	Group: Database references
改定 1.3	2011年12月21日	Group: Database references
改定 1.4	2012年1月25日	Group: Other
改定 1.5	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xuv.cif.gz	138.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xuv.ent.gz	113.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xuv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xuv_validation.pdf.gz	476.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xuv_full_validation.pdf.gz	480.6 KB	表示
XML形式データ	2xuv_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	2xuv_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xuv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4mi8-1 2x4y-3 4d5t-1 2i6o-d 6udx-1 2kkn-d 1yzt-2 2z2d-d 3wiy-2 2vog-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HDEB

B: HDEB

C: HDEB

D: HDEB

ヘテロ分子

37.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HDEB

B: HDEB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: HDEB

D: HDEB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.920, 86.500, 48.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.54, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	HDEB / 10K-L PROTEIN 分子量: 9290.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AET2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE PERIPLASMIC LEADER SEQUENCE IS CLEAVED OFF DURING SYNTHESIS. HDEB IS FOUND IN THE PERIPLASM. ...THE PERIPLASMIC LEADER SEQUENCE IS CLEAVED OFF DURING SYNTHESIS. HDEB IS FOUND IN THE PERIPLASM. MNISSLRKAFIFMGAVAALSLVNAQSALA

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.24 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→33 Å / Num. obs: 58562 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 19 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 2.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0086	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→32.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.03 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TYR 64 IN THE A SUBUNIT AND TO SOME EXTENT IN THE B SUBUNIT SHOWS EVIDENCE OF METHYLATION.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19544	2943	5 %	RANDOM
R_work	0.18149	-	-	-
obs	0.18218	55610	95.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.701 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→32.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2305	0	10	268	2583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.346	1.988	3457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.902	3	4106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.269	5	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.109	27.094	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.49	15	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2727
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	429
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	205	-
R_work	0.193	4060	-
obs	-	-	94.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2859	0.2945	-2.1102	4.0487	1.9895	5.9203	-0.0321	-0.1222	0.0665	0.2639	-0.0025	-0.0838	0.2647	0.0833	0.0346	0.042	-0.0043	-0.0133	0.0139	-0.0049	0.0193	-30.028	-5.095	-8.618
2	8.5883	2.7778	-2.525	4.3926	-0.036	2.925	-0.0135	0.0078	-0.1685	0.0347	0.0099	0.1554	0.0772	-0.2454	0.0036	0.0175	-0.0052	-0.0075	0.0386	0.0089	0.0239	-39.855	-15.074	-10.549
3	3.4694	-2.4262	1.5403	4.6372	-2.3442	2.1836	0.1304	0.0593	-0.156	-0.1254	-0.0679	0.3193	0.1333	-0.1438	-0.0625	0.0773	-0.0209	-0.0265	0.0934	0.001	0.0478	-43.471	-17.863	-19.138
4	3.7492	2.5782	1.4857	5.271	1.5009	3.4871	-0.0287	-0.1006	0.3296	0.0317	-0.0667	0.5228	-0.0976	-0.139	0.0953	0.0187	0.0219	0.0074	0.0469	-0.0301	0.1178	-40.38	-1.251	-9.954
5	2.1793	0.2062	-0.7599	2.7952	0.1331	2.1813	0.0499	0.0295	0.0542	-0.1202	-0.0209	-0.2175	-0.0414	0.0495	-0.029	0.0264	0.0089	0.0101	0.0199	0.0012	0.0195	-25.624	-13.81	-14.234
6	7.0148	-0.8298	-2.5439	3.4579	2.3295	4.4854	-0.1841	0.1613	-0.5186	-0.0942	0.0297	0.2251	0.4909	-0.4277	0.1544	0.1605	-0.0412	-0.0281	0.1268	0.0211	0.1219	-38.58	-25.591	-11.564
7	7.3896	3.4192	-5.3915	2.5658	-2.8149	5.8118	-0.0247	-0.4012	-0.3133	-0.0859	-0.1733	-0.339	0.1725	0.4994	0.1979	0.063	0.0332	0.0122	0.0953	0.0174	0.0689	-22.079	-23.503	-7.585
8	8.5583	-3.0936	-0.502	6.5388	-0.8538	7.5617	0.0146	0.3022	-0.3233	-0.5289	-0.0112	-0.2032	0.4936	0.3031	-0.0034	0.1524	0.0389	0.0564	0.0875	-0.0241	0.0706	-21.104	-22.576	-18.526
9	3.4586	2.1336	0.3693	4.5606	0.1467	1.5347	-0.0277	0.2234	0.0797	-0.2798	0.0127	0.2585	-0.0222	-0.0114	0.0149	0.0679	-0.0123	-0.0213	0.0498	-0.0062	0.0168	-23.965	12.833	-12.783
10	9.118	-0.4567	8.5452	20.3249	-14.2355	17.4088	-1.5258	0.2115	0.9085	1.115	-0.0663	-1.1406	-2.229	0.2611	1.5922	0.8112	-0.1935	0.0076	0.3549	0.0274	0.2625	-10.84	24.748	-10.205
11	3.669	1.995	2.4883	2.898	1.8124	4.1331	-0.1051	-0.1425	0.3433	-0.2454	-0.1252	0.6019	-0.193	-0.34	0.2303	0.0911	0.0204	-0.0519	0.0847	0.0029	0.1507	-28.53	20.396	-9.14
12	16.1326	1.4427	16.6349	10.5704	-1.7286	46.2839	-0.6755	0.5886	1.9443	-0.7406	0.2817	0.3956	-2.8711	0.1122	0.3937	0.4137	-0.0065	-0.1189	0.1205	0.1053	0.4935	-27.919	25.365	-15.81
13	1.9242	1.8096	0.1396	4.5566	-0.1672	1.0195	0.0168	0.0254	-0.1191	0.0195	0.0009	-0.0887	-0.0215	0.0468	-0.0177	0.0339	-0.0137	-0.0002	0.0502	-0.0168	0.0275	-17.369	6.221	-9.549
14	2.0051	-0.5838	3.2325	9.4079	0.0221	5.3171	0.0894	0.3708	0.1218	-0.6228	-0.2097	-0.8484	0.0621	0.6193	0.1203	0.0932	-0.0473	0.0823	0.2832	0.0253	0.1671	-6.099	16.851	-13.273
15	8.0385	2.184	-3.7863	7.7806	-0.4229	7.561	0.171	0.4978	-0.3398	-0.3063	0.0013	-0.8142	-0.0993	0.1037	-0.1723	0.0349	0.0119	0.0278	0.1419	-0.0206	0.2003	-10.342	-2.411	-12.107
16	5.3977	0.8889	-1.5662	11.5618	-0.1967	8.6049	0.2287	-0.234	-0.1104	0.4459	-0.1052	-1.3121	0.0467	0.6201	-0.1235	0.0428	-0.0182	-0.0742	0.1442	0.012	0.256	-7.826	2.726	-5.121

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	67 - 77
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	78 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	30 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	58 - 71
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	72 - 91
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	92 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	32 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	60 - 70
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	71 - 96
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	97 - 101
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	32 - 59
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	60 - 78
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	79 - 93
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	94 - 101

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)