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- PDB-2xue: CRYSTAL STRUCTURE OF JMJD3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xue
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF JMJD3
要素LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B
キーワードOXIDOREDUCTASE / HISTONE METHYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine27 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / endothelial cell differentiation / cardiac muscle cell differentiation / MLL3/4 complex / inflammatory response to antigenic stimulus / mesodermal cell differentiation / histone demethylase activity / cell fate commitment / response to fungicide ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine27 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / endothelial cell differentiation / cardiac muscle cell differentiation / MLL3/4 complex / inflammatory response to antigenic stimulus / mesodermal cell differentiation / histone demethylase activity / cell fate commitment / response to fungicide / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / hippocampus development / response to activity / HDMs demethylate histones / beta-catenin binding / chromatin DNA binding / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of cold-induced thermogenesis / heart development / regulation of gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1370 / Cysteine Rich Protein - #20 / : / : / : / : / Lysine-specific demethylase 6/UTY, C-terminal helical domain / KDM6, GATA-like / Cysteine Rich Protein / Cupin ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1370 / Cysteine Rich Protein - #20 / : / : / : / : / Lysine-specific demethylase 6/UTY, C-terminal helical domain / KDM6, GATA-like / Cysteine Rich Protein / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ribbon / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Lysine-specific demethylase 6B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chung, C. / Rowland, P. / Mosley, J. / Thomas, P.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: A Selective Jumonji H3K27 Demethylase Inhibitor Modulates the Proinflammatory Macrophage Response
著者: Kruidenier, L. / Chung, C. / Cheng, Z. / Liddle, J. / Che, K. / Joberty, G. / Bantscheff, M. / Bountra, C. / Bridges, A. / Diallo, H. / Eberhard, D. / Hutchinson, S. / Jones, E. / Katso, R. / ...著者: Kruidenier, L. / Chung, C. / Cheng, Z. / Liddle, J. / Che, K. / Joberty, G. / Bantscheff, M. / Bountra, C. / Bridges, A. / Diallo, H. / Eberhard, D. / Hutchinson, S. / Jones, E. / Katso, R. / Leveridge, M. / Mander, P.K. / Mosley, J. / Ramirez-Molina, C. / Rowland, P. / Schofield, C.J. / Sheppard, R.J. / Smith, J.E. / Swales, C. / Tanner, R. / Thomas, P. / Tumber, A. / Drewes, G. / Oppermann, U. / Patel, D.J. / Lee, K. / Wilson, D.M.
履歴
登録2010年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22012年8月29日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B
B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,56510
ポリマ－115,8382
非ポリマー7278
水10,088560
1
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2835
ポリマ－57,9191
非ポリマー3634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2835
ポリマ－57,9191
非ポリマー3634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.215, 65.154, 77.462
Angle α, β, γ (deg.)86.09, 67.19, 68.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B / JMJD3 / JMJC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3 / JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3 / LYSINE DEMETHYLASE 6B


分子量: 57919.098 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1138-1640 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15054, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O15054, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 5種, 568分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: MORPHEUS SCREEN (MOLECULAR DIMENSIONS) CONDITION A12 (0.03M MGCL2, 0.03M CACL2, 0.1M TRIS HCL/BICINE PH 8.5, 12.5%V/V MPD, 12.5%W/V PEG1000, 12.5%W/V PEG3350)

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID14-410.981
シンクロトロンESRF ID14-420.9795
検出器
タイプID検出器日付
ADSC CCD1CCD2010年4月28日
ADSC CCD2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9811
20.97951
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 61840 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 56.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
autoSHARP位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→71.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 10.488 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21574 2450 4 %RANDOM
Rwork0.17932 ---
obs0.18081 59387 89.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å2-2.46 Å2-1.11 Å2
2--1.4 Å21.85 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→71.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6805 0 34 560 7399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227068
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0891.9359612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8063.00111455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4855852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.90123.761335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.713151141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0191546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021468
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.87624262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.09821712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72246917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02542806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.07262695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 103 -
Rwork0.29 2822 -
obs--57.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6615-0.33220.42440.3081-0.32040.6222-0.0007-0.018-0.0178-0.00380.01150.0061-0.0018-0.0344-0.01070.0336-0.01470.00090.0185-0.01510.024957.160117.094-13.7037
20.594-0.24170.22470.4552-0.27520.5281-0.01080.0028-0.0064-0.03680.0224-0.03260.0502-0.0428-0.01160.0355-0.01030.01160.0116-0.01110.023574.702745.692319.3965
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1178 - 4000
2X-RAY DIFFRACTION2B1181 - 4000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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