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- PDB-6ujk: Crystal Structure of a Probable short-chain type dehydrogenase/re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ujk
タイトルCrystal Structure of a Probable short-chain type dehydrogenase/reductase (Rv1144) from Mycobacterium tuberculosis with bound NAD
要素Uncharacterized oxidoreductase Rv1144
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / dehydrogenase / reductase / NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / peptidoglycan-based cell wall / oxidoreductase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Uncharacterized oxidoreductase Rv1144
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Probable short-chain type dehydrogenase/reductase (Rv1144) from Mycobacterium tuberculosis with bound NAD
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized oxidoreductase Rv1144
B: Uncharacterized oxidoreductase Rv1144
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,57512
ポリマ－53,6922
非ポリマー1,88310
水9,350519
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.880, 124.070, 95.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-417-

HOH

21A-541-

HOH

31A-680-

HOH

41B-584-

HOH

51B-633-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized oxidoreductase Rv1144 / MytuD.00554.a.B1


分子量: 26845.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv1144 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGQ7, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MytuD.00554.a.B1.PW38579 at 23.33 mg/ml was incubated with 5 mM NAD, then was mixed 1:1 with MCSG1 (d9): 25% (w/v) PEG-3350, 0.1 M Tris:HCl, pH = 8.5, 0.2 M NaCl, 20% ethylene glycol cro. ...詳細: MytuD.00554.a.B1.PW38579 at 23.33 mg/ml was incubated with 5 mM NAD, then was mixed 1:1 with MCSG1 (d9): 25% (w/v) PEG-3350, 0.1 M Tris:HCl, pH = 8.5, 0.2 M NaCl, 20% ethylene glycol cro. Tray: 307357d9, puck: ukh4-4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→29.96 Å / Num. obs: 141537 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.175 % / Biso Wilson estimate: 15.064 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 23.01 / Num. measured all: 873969 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.2-1.234.120.1727.07411421042299850.970.19895.8
1.23-1.265.5210.1599.185602310183101470.9820.17699.6
1.26-1.36.5340.14211.5264465986798660.9890.154100
1.3-1.346.4890.12612.7262158957995790.9920.137100
1.34-1.396.2490.11513.658326933493330.9920.126100
1.39-1.436.4470.10215.4758194902890270.9930.112100
1.43-1.496.680.08618.4758317873287300.9960.093100
1.49-1.556.5270.07421.3954650837383730.9960.08100
1.55-1.626.2450.06723.2950283805580520.9960.073100
1.62-1.76.3870.05926.1449346772777260.9970.065100
1.7-1.796.6070.05429.2148255730473040.9970.058100
1.79-1.96.4740.04832.2545028695769550.9980.052100
1.9-2.036.1130.04434.4140026656365480.9980.04899.8
2.03-2.196.2820.04137.1838275610160930.9980.04599.9
2.19-2.46.4770.03939.2836317561056070.9980.04299.9
2.4-2.686.2820.03839.7832038510951000.9990.04199.8
2.68-3.15.8760.03739.5826529453045150.9980.04199.7
3.1-3.796.5270.03543.3325102385238460.9990.03899.8
3.79-5.376.1540.03342.8218542301730130.9990.03699.9
5.37-29.966.3020.03243.0710953175017380.9990.03499.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17rc1_3602精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PYM

3pym


解像度: 1.2→29.96 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.11
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1365 1873 1.32 %Random
Rwork0.1222 ---
obs0.1224 141531 99.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.64 Å2 / Biso mean: 15.5475 Å2 / Biso min: 6.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3512 0 144 535 4191
Biso mean--16.37 29.08 -
残基数----489
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2-1.230.12781540.1033102061036096
1.23-1.270.13871170.09811069010807100
1.27-1.310.1361440.09581071610860100
1.31-1.360.12531360.09561070510841100
1.36-1.410.12391250.09671074510870100
1.41-1.470.11311360.09571074110877100
1.47-1.550.10251300.09331075410884100
1.55-1.650.11521530.10231072510878100
1.65-1.780.131600.11461077710937100
1.78-1.960.13411690.12431073810907100
1.96-2.240.12781190.12681084710966100
2.24-2.820.15441830.14141084111024100
2.82-29.960.14831470.13911117311320100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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