PDB-2xuc: Natural product-guided discovery of a fungal chitinase inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xuc

タイトル

Natural product-guided discovery of a fungal chitinase inhibitor

要素

CHITINASE

キーワード

HYDROLASE / ASPERGILLOSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / side of membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Rush, C.L. / Schuttelkopf, A.W. / Hurtado-Guerrero, R. / Blair, D.E. / Ibrahim, A.F.M. / Desvergnes, S. / Eggleston, I.M. / van Aalten, D.M.F.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Natural Product-Guided Discovery of a Fungal Chitinase Inhibitor.
著者: Rush, C.L. / Schuttelkopf, A.W. / Hurtado-Guerrero, R. / Blair, D.E. / Ibrahim, A.F.M. / Desvergnes, S. / Eggleston, I.M. / van Aalten, D.M.F.

履歴

登録	2010年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / diffrn_source Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.4	2019年1月23日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xuc.cif.gz	184.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xuc.ent.gz	153.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xuc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xuc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xuc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xvnC 2xvpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tx6-2 2xvn-2 2xtk-2 6dnt-d 2xvp-2 3ch3-d 2x6t-8 3my0-24 2efu-6 1r6d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CHITINASE

B: CHITINASE

C: CHITINASE

ヘテロ分子

103 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CHITINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CHITINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: CHITINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.039, 100.039, 111.156
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	CHITINASE / CHITINASE A1 分子量: 34086.906 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 29-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) / プラスミド: PPIC9 / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: Q873Y0, chitinase
#2: 化合物	ChemComp-XRG / 1-methyl-3-(N-methylcarbamimidoyl)urea 分子量: 130.148 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀N₄O
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.86 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / タイプ: ESRF / 波長: 0.931
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→25.01 Å / Num. obs: 55123 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.4

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0088 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→86.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.904 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 7.166 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27749	547	1 %	RANDOM
R_work	0.23298	-	-	-
obs	0.23345	54479	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.888 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0.06 Å²	0 Å²
2-	-	0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→86.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7094	0	67	177	7338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	7286
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.801	1.934	9924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.628	5	893
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.551	24.957	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.647	15	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.885	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	5768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.926	1.5	4482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.667	2	7178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.652	3	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.923	4.5	2746
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.426	36	-
R_work	0.27	3931	-
obs	-	-	97.76 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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