PDB-2xt4: Structure of the pentapeptide repeat protein AlbG, a resistance f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xt4

タイトル

Structure of the pentapeptide repeat protein AlbG, a resistance factor for the topoisomerase poison albicidin.

要素

MCBG-LIKE PROTEIN

キーワード

CELL CYCLE / RIGHT HANDED QUADRILATERAL BETA HELIX

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

XANTHOMONAS ALBILINEANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.394 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Blanchard, J.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Pentapeptide-Repeat Proteins that Act as Topoisomerase Poison Resistance Factors Have a Common Dimer Interface.
著者: Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Zhang, Y. / Blanchard, J.S.

履歴

登録	2010年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xt4.cif.gz	162.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xt4.ent.gz	129 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xt4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xt4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xt4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xt2SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dra-1 2xt2-d 2bm5-d 5cyl-2 6zt4-d 5cyl-4 2bm4-d 5cyl-1 5cyl-6 5fn6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MCBG-LIKE PROTEIN

B: MCBG-LIKE PROTEIN

44 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.532, 65.623, 105.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MCBG-LIKE PROTEIN / ALBG 分子量: 21984.631 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-90,97-200 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES 90 AND 97 LINKED 由来: (組換発現) XANTHOMONAS ALBILINEANS (バクテリア) プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q70C34
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 97 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 97 TO ALA
配列の詳細	RESIDUES A91-96 AND B91-96 HAVE BEEN REMOVED IN THE CONSTRUCT AND A97 AND B97 MUTATED FROM GLU TO ...RESIDUES A91-96 AND B91-96 HAVE BEEN REMOVED IN THE CONSTRUCT AND A97 AND B97 MUTATED FROM GLU TO ALA. IN EACH CASE GLN90 IS BONDED TO ALA97 AND THE SUBSEQUENT RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE WILD-TYPE PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: COMBINING PROTEIN, 2 UL OF 15 MG ML-1, 20 MM TRIS PH 8.0, 50 MM NACL, 1 MM DTT, 1MM EDTA WITH PRECIPITANT, 100 MM AMMONIUM TARTRATE PH 7.0, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 16626 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 50.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.52 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XT2

2xt2

解像度: 2.394→25.179 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2928	806	5 %
R_work	0.2039	-	-
obs	0.2082	16077	96.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.758 Å² / k_sol: 0.322 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.6326 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.5543 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.0783 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.394→25.179 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2993	0	0	25	3018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3048
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.364	4109
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.195	1101
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	542

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3935-2.5433	0.4461	115	0.3568	2321	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5433-2.7395	0.3813	135	0.2812	2459	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7395-3.0148	0.3776	154	0.2424	2519	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0148-3.4501	0.3133	127	0.2322	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4501-4.3431	0.2516	147	0.1809	2587	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3431-25.1807	0.2469	128	0.1623	2770	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.081	0.8529	-0.4599	0.6724	-0.0389	2.2665	-0.4062	0.1967	-0.0104	-0.3784	0.0438	-0.0677	-0.0315	-0.253	-0.0196	0.1751	-0.0711	0.0743	0.253	-0.0302	0.271	3.8941	9.874	-8.7198
2	0.8806	0.4546	1.1848	0.1156	0.5375	1.9674	-0.3195	0.1768	-0.0522	-0.0758	-0.033	-0.3269	-0.109	-0.0034	-0.1681	0.0725	-0.0206	0.1315	0.2404	0.0033	0.3479	3.4956	8.4031	1.2655
3	0.0738	0.9152	-0.17	1.085	-0.1671	2.0094	-0.0142	0.1428	0.0723	0.424	-0.1268	-0.1181	0.1285	-0.053	0.0002	0.271	0.0001	-0.0064	0.2154	-0.0009	0.273	1.1962	9.4404	13.1175
4	-0.0434	-0.2729	0.0892	0.1899	-0.2511	0.3242	0.8052	-0.1798	-0.3508	0.8238	-0.5608	-0.1564	0.2272	-0.6164	0.0002	0.6949	-0.2315	-0.0557	0.4281	0.061	0.2862	-0.0146	9.4692	26.8308
5	0.1063	0.041	-0.0478	0.0121	-0.0304	0.0695	-0.2624	1.0903	-0.5656	-0.5426	0.3056	1.0699	0.611	0.266	-0.0015	0.6208	-0.0489	-0.1475	0.52	0.1231	0.4709	-8.9098	5.1836	37.9551
6	-0.1371	0.0931	0.2332	0.119	0.2362	0.5262	-0.0792	-0.6161	-0.0123	0.4018	0.1293	-0.3535	0.0217	-0.0266	-0.0001	0.4519	-0.0662	0.059	0.4161	-0.0583	0.2288	1.0823	0.9801	82.6114
7	-0.0333	0.5475	0.4806	0.736	-0.8359	1.6552	0.151	-0.1198	-0.1135	0.4188	-0.1838	0.1184	-0.0122	0.0188	0	0.3038	0.0051	0.0242	0.2727	-0.0669	0.2467	0.7067	-0.0695	72.1991
8	-0.1134	0.5074	-0.2069	0.8877	0.1539	2.1772	0.0738	0.058	-0.0283	0.1698	-0.1791	0.0725	-0.35	0.1232	0.0001	0.2734	0.0575	-0.038	0.2457	0.0085	0.292	0.8429	5.1489	55.7449
9	0.1831	-0.2843	-0.0508	0.0609	0.0059	0.3613	-0.1327	0.245	0.1184	0.1274	0.3377	-0.2396	0.143	0.3166	0.0002	0.6618	-0.0054	-0.0357	0.4929	0.0824	0.4592	0.5921	3.7306	41.1758
10	-0.1583	0.2204	-0.1834	0.1841	-0.0927	0.126	-0.739	-0.6237	-0.5059	0.871	0.3528	0.1605	-0.8556	1.1457	0.0001	0.6467	-0.0894	0.0049	0.4976	0.0068	0.4827	0.3648	13.9501	36.0955

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 9:67)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 68:89)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 90:167)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 168:193)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 194:199)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 1:26)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 27:75)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 76:167)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 168:181)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 182:199)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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