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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xsz | ||||||
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タイトル | The dodecameric human RuvBL1:RuvBL2 complex with truncated domains II | ||||||
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![]() | HYDROLASE / AAA+ PROTEINS / HELICASE / CHROMATIN REMODELLING | ||||||
機能・相同性 | ![]() promoter-enhancer loop anchoring activity / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Swr1 complex / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of double-strand break repair ...promoter-enhancer loop anchoring activity / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Swr1 complex / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of double-strand break repair / Ino80 complex / Telomere Extension By Telomerase / protein folding chaperone complex / box C/D snoRNP assembly / regulation of chromosome organization / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of DNA replication / TFIID-class transcription factor complex binding / regulation of embryonic development / MLL1 complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of DNA repair / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of DNA repair / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / cellular response to estradiol stimulus / TBP-class protein binding / DNA helicase activity / telomere maintenance / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / euchromatin / chromatin DNA binding / ADP binding / nuclear matrix / beta-catenin binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / transcription corepressor activity / UCH proteinases / cellular response to UV / nucleosome / unfolded protein binding / protein folding / ATPase binding / HATs acetylate histones / spermatogenesis / DNA helicase / DNA recombination / regulation of apoptotic process / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein stabilization / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cell division / DNA repair / centrosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gorynia, S. / Bandeiras, T.M. / Matias, P.M. / Pinho, F.G. / McVey, C.E. / Vonrhein, C. / Svergun, D.I. / Round, A. / Donner, P. / Carrondo, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Insights Into a Dodecameric Molecular Machine - the Ruvbl1/Ruvbl2 Complex. 著者: Gorynia, S. / Bandeiras, T.M. / Pinho, F.G. / Mcvey, C.E. / Vonrhein, C. / Round, A. / Svergun, D.I. / Donner, P. / Matias, P.M. / Carrondo, M.A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: Cloning, Expression, Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the Human Ruvbl1- Ruvbl2 Complex. 著者: Gorynia, S. / Matias, P.M. / Bandeiras, T.M. / Donner, P. / Carrondo, M.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 759.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 634.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2c9oS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40944.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: DOMAIN II WAS TRUNCATED BETWEEN RESIDUES T127 AND E233. A 4-RESIDUE LINKER WITH SEQUENCE GPPG WAS INSERTED TO REPLACE THE DELETED REGION 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 42474.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: DOMAIN II WAS TRUNCATED BETWEEN RESIDUES E134 AND E237. A 4-RESIDUE LINKER WITH SEQUENCE GPPG WAS INSERTED TO REPLACE THE DELETED REGION 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-ATP / 配列の詳細 | CHAINS A-C TRUNCATED BETWEEN RESIDUES T127 AND E233 CHAINS D-F TRUNCATED BETWEEN RESIDUES E134 AND ...CHAINS A-C TRUNCATED BETWEEN RESIDUES T127 AND E233 CHAINS D-F TRUNCATED BETWEEN RESIDUES E134 AND E237 IN EACH CASE A 4-RESIDUE LINKER WITH SEQUENCE GPPG WAS INSERTED. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % 解説: THE SE ATOM SUBSTRUCTURE WAS DETERMINED BY MOLECULAR REPLACEMENT. |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: CRYSTALLIZATION DROPS WERE MIXED FROM EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (12 MG/ML, 20MM TRIS-HCL PH 8.0, 200MM NACL, 10% GLYCEROL, 4MM MGCL2, 4MM ADP, 0.5MM TCEP) AND CRYSTALLIZATION SOLUTION ...詳細: CRYSTALLIZATION DROPS WERE MIXED FROM EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (12 MG/ML, 20MM TRIS-HCL PH 8.0, 200MM NACL, 10% GLYCEROL, 4MM MGCL2, 4MM ADP, 0.5MM TCEP) AND CRYSTALLIZATION SOLUTION (0.2M MGCL2, 30% PEG 400, 0.1M HEPES PH 7.5). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97633 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→49 Å / Num. obs: 51774 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 99.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2C9O 解像度: 3→46.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9462 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9413 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.316
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原子変位パラメータ | Biso mean: 111.89 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.577 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→46.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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