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- PDB-2xsd: Crystal Structure of the dimeric Oct-6 (Pou3f1) POU domain bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xsd
タイトルCrystal Structure of the dimeric Oct-6 (Pou3f1) POU domain bound to palindromic MORE DNA
要素
  • 5'-D(*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*AP)-3'
  • 5'-D(*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP)-3'
  • POU DOMAIN, CLASS 3, TRANSCRIPTION FACTOR 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / SOX
機能・相同性
機能・相同性情報


myelination in peripheral nervous system / epidermis development / Schwann cell development / keratinocyte differentiation / forebrain development / myelination / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding ...myelination in peripheral nervous system / epidermis development / Schwann cell development / keratinocyte differentiation / forebrain development / myelination / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
POU-domain transcription factor, class 3 / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...POU-domain transcription factor, class 3 / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / POU domain, class 3, transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.049 Å
データ登録者Jauch, R. / Choo, S.H. / Ng, C.K.L. / Kolatkar, P.R.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Dimeric Oct6 (POU3F1) POU Domain Bound to Palindromic More DNA.
著者: Jauch, R. / Choo, S.H. / Ng, C.K.L. / Kolatkar, P.R.
履歴
登録2010年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*AP)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP)-3'
C: POU DOMAIN, CLASS 3, TRANSCRIPTION FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2207
ポリマ－24,9713
非ポリマー2484
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-14.5 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.497, 52.009, 69.013
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2001-

HOH

21B-2013-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*AP)-3'


分子量: 3422.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP)-3'


分子量: 3293.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 POU DOMAIN, CLASS 3, TRANSCRIPTION FACTOR 1 / OCTAMER-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR 6 / OCTAMER-BINDING PROTEIN 6 / POU DOMAIN TRANSCRIPTION ...OCTAMER-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR 6 / OCTAMER-BINDING PROTEIN 6 / POU DOMAIN TRANSCRIPTION FACTOR SCIP / OTF-6 / OCT-6


分子量: 18255.854 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 240-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PDEST-HISMBP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P21952
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 % / 解説: POLYALA MODEL WITH TERMINAL NT REMOVED
結晶化pH: 5.6
詳細: RESERVOIR: 0.2M MGCL2, 14%PEG4000 AND 0.1 SODIUM CITRATE PH5.6 PROTEIN-DNA COMPLEX: 10MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.0; 100 MM NACL EUQAL RESERVOIR AND PROTEIN VOLUMES MIXED

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 15965 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E3O

1e3o


解像度: 2.049→41.389 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 1599 10.03 %
Rwork0.194 --
obs0.1978 15949 97.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.941 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 72.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7021 Å20 Å28.0745 Å2
2--5.6341 Å2-0 Å2
3----4.9321 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.049→41.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1025 431 16 38 1510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1532148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.582606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004199
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.049-2.11520.29241380.26961108X-RAY DIFFRACTION85
2.1152-2.19080.26991340.24511289X-RAY DIFFRACTION96
2.1908-2.27850.27271350.22861320X-RAY DIFFRACTION100
2.2785-2.38220.27191580.21851332X-RAY DIFFRACTION100
2.3822-2.50770.27881430.231336X-RAY DIFFRACTION100
2.5077-2.66480.2591530.20861318X-RAY DIFFRACTION100
2.6648-2.87050.22641440.21041332X-RAY DIFFRACTION100
2.8705-3.15930.30971510.21871345X-RAY DIFFRACTION100
3.1593-3.61630.22091410.19421277X-RAY DIFFRACTION96
3.6163-4.55520.21381470.16461329X-RAY DIFFRACTION98
4.5552-41.39790.18591550.16431364X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8088-1.4276-0.74991.79590.14410.1806-0.0403-1.279-0.07080.73140.22670.09530.22490.5224-0.24520.59970.1115-0.09390.572-0.03370.3564-3.552846.795238.2165
20.88280.36050.55840.16550.10761.00460.1365-0.19730.09590.1326-0.1934-0.1058-0.0954-0.06660.01910.3738-0.01120.01550.3752-0.02740.4646-8.9087854.919229.5247
30.19040.1074-0.12310.1995-0.60442.3901-0.08580.03790.12460.06560.038-0.56740.31870.3448-0.0070.33820.0011-0.11340.3453-0.02850.551-0.678851.238131.5557
46.66460.10631.61221.9528-1.10053.7820.50541.4054-0.9477-0.682-0.17270.07332.6305-0.1654-0.03551.5153-0.2198-0.02580.8037-0.23210.7742-15.7938831.18857.4362
58.2923-0.9409-0.23391.9143-0.23940.04550.39351.69330.2525-1.1756-0.1261-0.36131.15840.2374-0.24190.9559-0.07760.02560.7796-0.09120.4879-14.8282839.03127.4425
65.79023.89496.02636.97465.88987.04280.5475-0.88350.17090.6126-1.3153-0.51771.1006-0.79680.32080.67790.05210.08850.5638-0.14690.493-6.1938837.006420.0448
74.72120.14950.84261.0964-0.32551.62710.07971.11360.3153-0.41950.0554-0.22890.44920.1341-0.06130.47880.03760.12380.64430.00560.4182-9.9642847.558413.8428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN C AND RESID 247:269)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN C AND RESID 270:296)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C AND RESID 297:319)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN C AND RESID 343:375)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN C AND RESID 376:387)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN C AND RESID 388:397)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A OR CHAIN B)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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