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万見
- PDB-2xrb: Structure of the N-terminal four domains of the complement regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xrb
タイトルStructure of the N-terminal four domains of the complement regulator Rat Crry
要素COMPLEMENT REGULATORY PROTEIN CRRY
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of Complement cascade / negative regulation of complement activation, classical pathway / negative regulation of complement activation / T cell mediated immunity / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / complement activation / Neutrophil degranulation / complement activation, classical pathway / female pregnancy ...Regulation of Complement cascade / negative regulation of complement activation, classical pathway / negative regulation of complement activation / T cell mediated immunity / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / complement activation / Neutrophil degranulation / complement activation, classical pathway / female pregnancy / basolateral plasma membrane / cellular response to hypoxia / in utero embryonic development / receptor complex / innate immune response / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement component receptor 1-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Leath, K.J. / Roversi, P. / Johnson, S. / Morgan, B.P. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structures of the Rat Complement Regulator Crry.
著者: Roversi, P. / Johnson, S. / Caesar, J.J.E. / Mclean, F. / Leath, K.J. / Tsiftsoglou, S.A. / Morgan, B.P. / Harris, C.L. / Sim, R.B. / Lea, S.M.
履歴
登録2010年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMPLEMENT REGULATORY PROTEIN CRRY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,02017
ポリマ－31,9251
非ポリマー1,09516
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)21.770, 105.339, 152.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 COMPLEMENT REGULATORY PROTEIN CRRY / CRRY / ANTIGEN 5I2


分子量: 31925.393 Da / 分子数: 1
断片: EXTRACELLULAR N-TERMINAL FOUR CCP DOMAINS, RESIDUES 1-288
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PET SERIES / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q63135
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 30% W/V PEGMME 2000.

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 13105 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 45.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.41→2.47 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.5精密化
xia2USING XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DOMAINS FROM PDB ENTRIES 1OK9 AND 1GKN

1ok9

1gkn


解像度: 2.5→29.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9221 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8712 / SU R Cruickshank DPI: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.389 / SU Rfree Blow DPI: 0.251 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.24
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 651 5 %RANDOM
Rwork0.1847 ---
obs0.1872 13030 99.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.8592 Å20 Å20 Å2
2---3.8529 Å20 Å2
3----5.0063 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.274 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1966 0 67 125 2158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012080HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.172816HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d683SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes291HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2080HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.73
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion270SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2363SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2652 125 4.72 %
Rwork0.2001 2521 -
all0.2032 2646 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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