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万見
- PDB-2xr9: Crystal structure of Autotaxin (ENPP2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xr9
タイトルCrystal structure of Autotaxin (ENPP2)
要素ECTONUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE/PHOSPHODIESTERASE FAMILY MEMBER 2
キーワードHYDROLASE / LYSOPHOSPHATIDYLCHOLINE / SOMATOMEDIN / INFLAMMATION / METASTASIS / NEUROPATHIC PAIN / VASCULAR DEVELOPMENT / NEURAL DEVELOPMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / phosphatidylcholine lysophospholipase activity ...response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / scavenger receptor activity / cellular response to cadmium ion / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of epithelial cell migration / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / estrous cycle / phospholipid metabolic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / cell chemotaxis / cellular response to estradiol stimulus / nucleic acid binding / immune response / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / extracellular space / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Factor Xa Inhibitor - #20 / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Factor Xa Inhibitor / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily ...Factor Xa Inhibitor - #20 / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Factor Xa Inhibitor / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / PHOSPHATE ION / THIOCYANATE ION / Autotaxin
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kamtekar, S. / Hausmann, J. / Day, J.E. / Christodoulou, E. / Perrakis, A.
引用
ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of substrate discrimination and integrin binding by autotaxin.
著者: Hausmann, J. / Kamtekar, S. / Christodoulou, E. / Day, J.E. / Wu, T. / Fulkerson, Z. / Albers, H.M. / van Meeteren, L.A. / Houben, A.J. / van Zeijl, L. / Jansen, S. / Andries, M. / Hall, T. / ...著者: Hausmann, J. / Kamtekar, S. / Christodoulou, E. / Day, J.E. / Wu, T. / Fulkerson, Z. / Albers, H.M. / van Meeteren, L.A. / Houben, A.J. / van Zeijl, L. / Jansen, S. / Andries, M. / Hall, T. / Pegg, L.E. / Benson, T.E. / Kasiem, M. / Harlos, K. / Kooi, C.W. / Smyth, S.S. / Ovaa, H. / Bollen, M. / Morris, A.J. / Moolenaar, W.H. / Perrakis, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Mammalian Cell Expression, Purification, Crystallization and Microcrystal Data Collection of Autotaxin/Enpp2, a Secreted Mammalian Glycoprotein.
著者: Hausmann, J. / Christodoulou, E. / Kasiem, M. / De Marco, V. / van Meeteren, L.A. / Moolenaar, W.H. / Axford, D. / Owen, R.L. / Evans, G. / Perrakis, A.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Rat Autotaxin.
著者: Day, J.E. / Hall, T. / Pegg, L.E. / Benson, T.E. / Hausmann, J. / Kamtekar, S.
履歴
登録2010年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECTONUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE/PHOSPHODIESTERASE FAMILY MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,68538
ポリマ－95,0471
非ポリマー4,63837
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.808, 63.289, 70.471
Angle α, β, γ (deg.)98.78, 106.22, 99.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 ECTONUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE/PHOSPHODIESTERASE FAMILY MEMBER 2 / AUTOTAXIN ENPP2 / EXTRACELLULAR LYSOPHOSPHOLIPASE D / LYSOPLD


分子量: 95046.664 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / Variant (発現宿主): FLIPIN
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 368分子

#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 410 TO ALA
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細PHOSPHATE ION (PO4): PRESENT IN CRYSTALLIZATION BUFFER AND BOUND NEARBY CATALYTIC SITE OF THE ...PHOSPHATE ION (PO4): PRESENT IN CRYSTALLIZATION BUFFER AND BOUND NEARBY CATALYTIC SITE OF THE PHOSPHODIESTERASE IODINE ION (IOD): PRESENT IN CRYSTALLIZATION BUFFER AND USED FOR SAD PHASING, MODELED TO FOURIER ANOMALOUS SIGNAL OF ABOVE 4.5 SIGMA CALCIUM ION (CA): INFERRED FROM BINDING TO EF-HAND LIKE MOTIF AND CHEMICAL COORDINATION ZINC ION (ZN): PRESUMED FROM THE CATALYTIC MECHANISM AND CONFIRMED BY ANOMALOUS SIGNAL MANNOSE (MAN): GLYCOSYLATION THIOCYANATE (SCN): PRESENT IN CRYSTALLIZATION BUFFER N-ACETYL-GLUCOSAMINE (NAG): GLYCOSYLATION
配列の詳細THE SEQUENCE IS ISOFORM 2 OF THE PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
解説: MOLECULAR REPLACEMENT USED ONLY FOR FINDING SITES THROUGH AUTOMATED PROCEDURES IN PHASER.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.283
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 52153 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 2GSN

2gsn


解像度: 2.05→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 8.518 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22053 2588 5 %RANDOM
Rwork0.17264 ---
obs0.175 49561 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å2-0.47 Å20.98 Å2
2--0.01 Å2-0.12 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6326 0 87 332 6745
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226581
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6281.9638930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.983.00511085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3235781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.36523.143315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.809151088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7891549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7931.53927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2161.51561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43826377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.27532654
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5274.52552
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 173 -
Rwork0.251 3483 -
obs--93.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9055-1.74093.70193.9435-3.73267.799-0.15360.31980.3132-0.1051-0.123-0.8648-0.39020.81340.27660.3608-0.11670.16720.3112-0.05170.336119.58677.35314.703
21.4004-0.1951-0.03472.0654-0.71362.70990.05120.12180.2177-0.10250.0547-0.0357-0.366-0.0134-0.10590.08290.0080.03190.04880.02160.04243.3861.79623.825
31.15980.3467-0.78161.461-0.69983.20870.1824-0.02170.15330.1376-0.0425-0.0125-0.43310.1117-0.13990.07520.00250.02790.0351-0.00130.02420.8761.80633.193
42.8941.02491.00264.33191.1050.5399-0.20160.1668-0.9105-0.11570.39720.17170.09360.0072-0.19550.675-0.34630.12520.3342-0.07690.363-20.42521.51633.011
52.14550.62460.18671.7720.12052.7290.0468-0.0697-0.26170.2193-0.07740.08710.4241-0.26120.03060.0927-0.04280.02240.0356-0.00180.0495-17.72934.29141.643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A56 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2A134 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3A269 - 535
4X-RAY DIFFRACTION4A536 - 601
5X-RAY DIFFRACTION5A602 - 859

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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