PDB-2xr1: DIMERIC ARCHAEAL CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xr1

タイトル

DIMERIC ARCHAEAL CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR WITH N-TERMINAL KH DOMAINS (KH-CPSF) FROM METHANOSARCINA MAZEI

要素

CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR 100 KD SUBUNIT

キーワード

HYDROLASE / METALLO-BETA-LACTAMASE / BETA-CASP / RNA PROCESSING

機能・相同性

機能・相同性情報

exonuclease activity / RNA endonuclease activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

METHANOSARCINA MAZEI (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Mir-Montazeri, B. / Ammelburg, M. / Forouzan, D. / Lupas, A.N. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of a Dimeric Archaeal Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor.
著者: Mir-Montazeri, B. / Ammelburg, M. / Forouzan, D. / Lupas, A.N. / Hartmann, M.D.

履歴

登録	2010年9月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月9日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xr1.cif.gz	484.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xr1.ent.gz	398.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xr1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/2xr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/2xr1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i7vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6oya-d 5k3o-d 4m2i-d 2ead-d 2c4m-2 6rky-d 3hav-d 2fym-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR 100 KD SUBUNIT

B: CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR 100 KD SUBUNIT

ヘテロ分子

145 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR 100 KD SUBUNIT

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
72.3 kDa, 1 ポリマー
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3

B: CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR 100 KD SUBUNIT

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
72.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.660, 97.720, 90.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 9
2	1	1	1	B	1 - 9
1	1	2	5	A	10 - 16
2	1	2	5	B	10 - 16
1	1	3	1	A	18 - 50
2	1	3	1	B	18 - 50
1	1	4	5	A	52 - 56
2	1	4	5	B	52 - 56
1	1	5	5	A	57 - 60
2	1	5	5	B	57 - 60
1	1	6	1	A	62 - 70
2	1	6	1	B	62 - 70
1	1	7	1	A	72 - 87
2	1	7	1	B	72 - 87
1	1	8	1	A	89 - 98
2	1	8	1	B	89 - 98
1	1	9	1	A	100 - 101
2	1	9	1	B	100 - 101
1	1	10	1	A	103 - 115
2	1	10	1	B	103 - 115
1	1	11	1	A	117 - 139
2	1	11	1	B	117 - 139
1	1	12	1	A	141 - 311
2	1	12	1	B	141 - 311
1	1	13	1	A	313 - 353
2	1	13	1	B	313 - 353
1	1	14	1	A	355 - 358
2	1	14	1	B	355 - 358
1	1	15	1	A	360 - 38
2	1	15	1	B	360 - 38
1	1	16	1	A	390 - 40
2	1	16	1	B	390 - 40
1	1	17	1	A	411 - 433
2	1	17	1	B	411 - 433
1	1	18	1	A	441 - 470
2	1	18	1	B	441 - 470
1	1	19	1	A	477 - 487
2	1	19	1	B	477 - 487
1	1	20	1	A	489 - 495
2	1	20	1	B	489 - 495
1	1	21	1	A	500 - 511
2	1	21	1	B	500 - 511
1	1	22	1	A	513 - 527
2	1	22	1	B	513 - 527
1	1	23	1	A	530 - 544
2	1	23	1	B	530 - 544
1	1	24	1	A	546 - 550
2	1	24	1	B	546 - 550
1	1	25	1	A	551 - 552
2	1	25	1	B	551 - 552
1	1	26	1	A	570 - 591
2	1	26	1	B	570 - 591
1	1	27	1	A	593 - 637
2	1	27	1	B	593 - 637

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR 100 KD SUBUNIT / ARCHAEAL CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR WITH N-TERMINAL KH DOMAINS / KH-CPSF 分子量: 72131.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOSARCINA MAZEI (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PZ03
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TERMINAL CLEAVABLE HEXA-HIS TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 20%(W/V) PEG3350, 200MM SODIUM NITRATE, pH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→38.6 Å / Num. obs: 41154 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.43 % / B_iso Wilson estimate: 64.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.59
反射シェル	解像度: 2.6→2.75 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I7V

2i7v

解像度: 2.59→38.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 27.302 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.366 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26678	2023	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20919	-	-	-
obs	0.21203	39130	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.886 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.48 Å²	0 Å²	-1.77 Å²
2-	-	1.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→38.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9329	0	4	42	9375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	9540
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.483	1.97	12973
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.958	3	15568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.201	5	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.212	24.055	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.607	15	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.275	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	10571
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.474	1.5	6069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.117	1.5	2432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.936	2	9809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.686	3	3471
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.836	4.5	3164
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	76	tight positional	0.03	0.05
1	2	B	76	tight positional	0.03	0.05
3	1	A	411	tight positional	0.05	0.05
3	2	B	411	tight positional	0.05	0.05
6	1	A	98	tight positional	0.04	0.05
6	2	B	98	tight positional	0.04	0.05
7	1	A	91	tight positional	0.03	0.05
7	2	B	91	tight positional	0.03	0.05
8	1	A	125	tight positional	0.05	0.05
8	2	B	125	tight positional	0.05	0.05
9	1	A	17	tight positional	0.05	0.05
9	2	B	17	tight positional	0.05	0.05
10	1	A	137	tight positional	0.03	0.05
10	2	B	137	tight positional	0.03	0.05
11	1	A	224	tight positional	0.04	0.05
11	2	B	224	tight positional	0.04	0.05
12	1	A	2254	tight positional	0.04	0.05
12	2	B	2254	tight positional	0.04	0.05
13	1	A	505	tight positional	0.04	0.05
13	2	B	505	tight positional	0.04	0.05
14	1	A	52	tight positional	0.03	0.05
14	2	B	52	tight positional	0.03	0.05
15	1	A	370	tight positional	0.04	0.05
15	2	B	370	tight positional	0.04	0.05
16	1	A	128	tight positional	0.03	0.05
16	2	B	128	tight positional	0.03	0.05
17	1	A	288	tight positional	0.03	0.05
17	2	B	288	tight positional	0.03	0.05
18	1	A	367	tight positional	0.04	0.05
18	2	B	367	tight positional	0.04	0.05
19	1	A	137	tight positional	0.04	0.05
19	2	B	137	tight positional	0.04	0.05
20	1	A	74	tight positional	0.03	0.05
20	2	B	74	tight positional	0.03	0.05
21	1	A	129	tight positional	0.03	0.05
21	2	B	129	tight positional	0.03	0.05
22	1	A	163	tight positional	0.02	0.05
22	2	B	163	tight positional	0.02	0.05
23	1	A	185	tight positional	0.03	0.05
23	2	B	185	tight positional	0.03	0.05
24	1	A	78	tight positional	0.03	0.05
24	2	B	78	tight positional	0.03	0.05
25	1	A	14	tight positional	0.02	0.05
25	2	B	14	tight positional	0.02	0.05
26	1	A	294	tight positional	0.03	0.05
26	2	B	294	tight positional	0.03	0.05
27	1	A	577	tight positional	0.04	0.05
27	2	B	577	tight positional	0.04	0.05
2	1	A	42	medium positional	0.15	0.5
2	2	B	42	medium positional	0.15	0.5
4	1	A	30	medium positional	0.19	0.5
4	2	B	30	medium positional	0.19	0.5
5	1	A	24	medium positional	0.21	0.5
5	2	B	24	medium positional	0.21	0.5
2	1	A	72	loose positional	0.68	5
2	2	B	72	loose positional	0.68	5
4	1	A	16	loose positional	0.55	5
4	2	B	16	loose positional	0.55	5
5	1	A	21	loose positional	0.7	5
5	2	B	21	loose positional	0.7	5
1	1	A	76	tight thermal	0.08	0.5
1	2	B	76	tight thermal	0.08	0.5
3	1	A	411	tight thermal	0.1	0.5
3	2	B	411	tight thermal	0.1	0.5
6	1	A	98	tight thermal	0.1	0.5
6	2	B	98	tight thermal	0.1	0.5
7	1	A	91	tight thermal	0.11	0.5
7	2	B	91	tight thermal	0.11	0.5
8	1	A	125	tight thermal	0.09	0.5
8	2	B	125	tight thermal	0.09	0.5
9	1	A	17	tight thermal	0.06	0.5
9	2	B	17	tight thermal	0.06	0.5
10	1	A	137	tight thermal	0.06	0.5
10	2	B	137	tight thermal	0.06	0.5
11	1	A	224	tight thermal	0.06	0.5
11	2	B	224	tight thermal	0.06	0.5
12	1	A	2254	tight thermal	0.11	0.5
12	2	B	2254	tight thermal	0.11	0.5
13	1	A	505	tight thermal	0.12	0.5
13	2	B	505	tight thermal	0.12	0.5
14	1	A	52	tight thermal	0.1	0.5
14	2	B	52	tight thermal	0.1	0.5
15	1	A	370	tight thermal	0.13	0.5
15	2	B	370	tight thermal	0.13	0.5
16	1	A	128	tight thermal	0.09	0.5
16	2	B	128	tight thermal	0.09	0.5
17	1	A	288	tight thermal	0.09	0.5
17	2	B	288	tight thermal	0.09	0.5
18	1	A	367	tight thermal	0.1	0.5
18	2	B	367	tight thermal	0.1	0.5
19	1	A	137	tight thermal	0.08	0.5
19	2	B	137	tight thermal	0.08	0.5
20	1	A	74	tight thermal	0.06	0.5
20	2	B	74	tight thermal	0.06	0.5
21	1	A	129	tight thermal	0.08	0.5
21	2	B	129	tight thermal	0.08	0.5
22	1	A	163	tight thermal	0.07	0.5
22	2	B	163	tight thermal	0.07	0.5
23	1	A	185	tight thermal	0.08	0.5
23	2	B	185	tight thermal	0.08	0.5
24	1	A	78	tight thermal	0.06	0.5
24	2	B	78	tight thermal	0.06	0.5
25	1	A	14	tight thermal	0.1	0.5
25	2	B	14	tight thermal	0.1	0.5
26	1	A	294	tight thermal	0.11	0.5
26	2	B	294	tight thermal	0.11	0.5
27	1	A	577	tight thermal	0.12	0.5
27	2	B	577	tight thermal	0.12	0.5
2	1	A	42	medium thermal	0.16	2
2	2	B	42	medium thermal	0.16	2
4	1	A	30	medium thermal	0.35	2
4	2	B	30	medium thermal	0.35	2
5	1	A	24	medium thermal	0.14	2
5	2	B	24	medium thermal	0.14	2
2	1	A	72	loose thermal	0.31	10
2	2	B	72	loose thermal	0.31	10
4	1	A	16	loose thermal	0.46	10
4	2	B	16	loose thermal	0.46	10
5	1	A	21	loose thermal	0.22	10
5	2	B	21	loose thermal	0.22	10

LS精密化シェル

解像度: 2.595→2.662 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	145	-
R_work	0.321	2629	-
obs	-	-	91.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8465	-2.2399	1.9191	3.9409	-1.1314	11.6815	-0.1256	-0.1993	-0.0718	-0.2544	-0.1091	-0.6796	1.0083	1.1291	0.2346	0.4994	-0.0059	0.1337	0.2281	0.0408	0.2317	4.5165	9.9577	-32.6801
2	3.5837	1.1121	-0.2315	1.6574	1.8016	7.3507	0.0201	0.2137	-0.5008	-0.057	0.2625	0.0434	0.4767	-0.6531	-0.2826	0.5513	-0.0545	-0.0895	0.3639	0.0714	0.4004	-18.305	13.8986	-38.9115
3	3.0051	-0.3372	0.2195	3.1587	-1.0458	4.3655	-0.1144	0.2583	0.2614	-0.0182	0.1856	0.2795	0.3837	-0.5195	-0.0713	0.2015	-0.144	-0.0039	0.2099	0.037	0.0537	-16.6818	6.1005	-9.7154
4	6.2599	0.4715	-2.1636	2.4477	-1.0333	5.3104	-0.1266	0.6989	0.1246	0.0066	0.2999	0.9503	0.0208	-1.8989	-0.1733	0.2746	-0.2324	-0.1417	1.3089	0.1912	0.4992	-41.6603	5.4154	-15.0748
5	2.1143	0.0521	0.2815	2.3974	-0.1823	2.7893	0.0305	-0.283	-0.6796	0.0124	0.1238	0.2886	0.9388	-0.8299	-0.1543	0.5974	-0.3176	0.0218	0.3913	0.0765	0.2755	-22.7495	-8.1501	-1.0029
6	5.1219	0.9443	-3.6989	10.9024	13.6853	21.9296	-0.0261	0.0453	0.2251	-0.3913	-0.3997	0.5146	-0.449	-0.6043	0.4258	0.4285	0.097	-0.0049	0.1402	0.0392	0.2793	-5.489	35.5688	36.6124
7	4.0933	-1.8747	-1.4529	2.5761	0.9775	2.6036	0.1017	-0.9288	1.0508	0.2375	0.3038	-0.4282	-0.2636	-0.0172	-0.4055	0.518	-0.1401	0.0259	0.4367	-0.1501	0.8013	11.466	25.4339	42.7579
8	2.6818	0.365	0.614	2.9499	0.0867	2.7006	0.001	0.1234	0.1959	-0.278	0.0154	-0.2354	-0.2678	0.1544	-0.0165	0.1093	-0.0289	0.0378	0.059	-0.0166	0.0504	2.9871	9.4915	22.3979
9	2.4008	-0.3057	0.0911	2.9475	0.4523	1.0899	-0.1096	-0.226	-0.1118	0.4762	0.2907	-0.7567	0.1439	0.2043	-0.1811	0.207	0.0152	-0.1552	0.2595	-0.1432	0.2758	20.4475	-6.5718	39.4711
10	4.1263	0.2669	1.367	5.0791	0.5336	3.4886	0.0052	0.5631	-0.2367	-0.363	0.4112	-1.2665	-0.0662	0.8432	-0.4164	0.0707	-0.0431	-0.0046	0.3554	-0.1785	0.5929	26.729	-8.1707	28.2416
11	1.5504	-0.3771	0.688	2.3779	0.1259	2.0855	0.134	-0.0108	-0.5135	-0.1265	0.0917	0.1032	0.1956	-0.21	-0.2257	0.1303	-0.0342	-0.0212	0.1033	-0.0066	0.1755	-3.2707	-8.2205	24.2844

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	74 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	410 - 564
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	565 - 637
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 49
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	50 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	159 - 387
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	388 - 465
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	466 - 567
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	568 - 637

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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