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- PDB-2xq7: Pentameric ligand gated ion channel GLIC in complex with cadmium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xq7
タイトルPentameric ligand gated ion channel GLIC in complex with cadmium ion (Cd2+)
要素GLR4197 PROTEIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OPEN CHANNEL BLOCK
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種GLOEOBACTER VIOLACEUS PCC 7421 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Hilf, R.J.C. / Bertozzi, C. / Zimmermann, I. / Reiter, A. / Trauner, D. / Dutzler, R.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Open Channel Block in a Prokaryotic Pentameric Ligand-Gated Ion Channel
著者: Hilf, R.J.C. / Bertozzi, C. / Zimmermann, I. / Reiter, A. / Trauner, D. / Dutzler, R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structure of a Potentially Open State of a Proton-Activated Pentameric Ligand-Gated Ion Channel.
著者: Hilf, R.J.C. / Dutzler, R.
履歴
登録2010年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLR4197 PROTEIN
B: GLR4197 PROTEIN
C: GLR4197 PROTEIN
D: GLR4197 PROTEIN
E: GLR4197 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,95110
ポリマ－181,3895
非ポリマー5625
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21380 Å2
ΔGint-179.1 kcal/mol
Surface area65540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.314, 128.310, 164.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 7:316 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 7:316 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 7:316 )
411CHAIN D AND (RESSEQ 7:316 )
511CHAIN E AND (RESSEQ 7:316 )

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要素

#1: タンパク質
GLR4197 PROTEIN / PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL


分子量: 36277.723 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 43-359 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GLOEOBACTER VIOLACEUS PCC 7421 (バクテリア)
プラスミド: PET26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.2 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 9% PEG 4000, 50MM CH3COONA, 200MM (NH4)2SO4, PH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.15K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP.

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.7
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 50052 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 93.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.4→40.2 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 31.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 2493 5 %
Rwork0.2421 --
obs0.2432 49894 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.241 Å2 / ksol: 0.263 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-30.222 Å20 Å2-46.7406 Å2
2---7.4799 Å20 Å2
3----22.742 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→40.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12605 0 5 0 12610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33117785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.184659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0942066
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052235
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2530X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2530X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
13C2530X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
14D2530X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
15E2530X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.46540.4169860.35971923X-RAY DIFFRACTION72
3.4654-3.53610.34321450.34642627X-RAY DIFFRACTION99
3.5361-3.61290.38691330.3142696X-RAY DIFFRACTION99
3.6129-3.69690.37691190.30022607X-RAY DIFFRACTION99
3.6969-3.78930.31161610.28372648X-RAY DIFFRACTION99
3.7893-3.89160.26821350.26082667X-RAY DIFFRACTION100
3.8916-4.00610.26481520.24672682X-RAY DIFFRACTION100
4.0061-4.13520.25961430.23362652X-RAY DIFFRACTION100
4.1352-4.28290.24221320.2172699X-RAY DIFFRACTION100
4.2829-4.45410.24481310.20122680X-RAY DIFFRACTION100
4.4541-4.65660.20731670.1792641X-RAY DIFFRACTION99
4.6566-4.90170.22751280.16262670X-RAY DIFFRACTION100
4.9017-5.20820.17911290.1682695X-RAY DIFFRACTION100
5.2082-5.60930.21551750.18882677X-RAY DIFFRACTION100
5.6093-6.1720.27881590.22962659X-RAY DIFFRACTION100
6.172-7.06090.2714840.24662763X-RAY DIFFRACTION100
7.0609-8.88020.32671290.22962707X-RAY DIFFRACTION100
8.8802-40.20250.23581850.28852708X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.5775 Å / Origin y: 3.4938 Å / Origin z: 52.5921 Å
111213212223313233
T0.1414 Å20.0663 Å20.0534 Å2-0.1639 Å2-0.0457 Å2--0.2235 Å2
L0.4342 °2-0.1365 °20.1323 °2-0.5924 °2-0.1097 °2--0.642 °2
S0.0821 Å °0.0428 Å °-0.0184 Å °0.0431 Å °-0.0299 Å °-0.0404 Å °0.1127 Å °0.0984 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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