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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xpl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Iws1(Spn1) conserved domain from Encephalitozoon cuniculi | ||||||
要素 | IWS1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / ELONGATION / RNA POLYMERASE II / MRNA EXPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ENCEPHALITOZOON CUNICULI (ウサギエンケファリトゾーン) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Koch, M. / Diebold, M.-L. / Cura, V. / Cavarelli, J. / Romier, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2010 タイトル: The Structure of an Iws1/Spt6 Complex Reveals an Interaction Domain Conserved in Tfiis, Elongin a and Med26 著者: Diebold, M.-L. / Koch, M. / Loeliger, E. / Cura, V. / Winston, F. / Cavarelli, J. / Romier, C. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Eukaryotic Transcription and Mrna Export Factor Iws1 from Encephalitozoon Cuniculi. 著者: Koch, M. / Diebold, M.L. / Cavarelli, J. / Romier, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xpl.cif.gz | 126.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xpl.ent.gz | 100.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xpl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xpl_validation.pdf.gz | 435.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2xpl_full_validation.pdf.gz | 436.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2xpl_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xpl_validation.cif.gz | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/2xpl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/2xpl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16706.383 Da / 分子数: 2 / 断片: CONSERVED DOMAIN, RESIDUES 55-198 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ENCEPHALITOZOON CUNICULI (ウサギエンケファリトゾーン) プラスミド: PNEA-TH (PET-MC) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8SUS7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | 51-52 PART OF THROMBIN CLEAVAGE SITE. 53-54 PART OF NDEI CLONING SITE. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.65 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 0.1 M 2-(N-MORPHOLINO)ETHANESULFONIC ACID PH 7.0, 20% PEG8000, 5% ETHYL ACETATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→64.42 Å / Num. obs: 13209 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 15.1 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MAD STRUCTURE - UNPUBLISHED 解像度: 2.25→64.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 17.113 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.394 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→64.42 Å
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拘束条件 |
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