PDB-2xp0: C-terminal cysteine-rich domain of human CHFR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xp0

タイトル

C-terminal cysteine-rich domain of human CHFR

要素

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR

キーワード

LIGASE / ZINC-BINDING / PBZ / MITOSIS / ANTEPHASE CHECKPOINT

機能・相同性

機能・相同性情報

meiotic spindle checkpoint signaling / mitotic G2/M transition checkpoint / positive regulation of protein ubiquitination / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.978 Å

データ登録者

Oberoi, J. / Bayliss, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Poly(Adp-Ribose) Recognition by the Multizinc Binding Domain of Checkpoint with Forkhead-Associated and Ring Domains (Chfr).
著者: Oberoi, J. / Richards, M.W. / Crumpler, S. / Brown, N. / Blagg, J. / Bayliss, R.

履歴

登録	2010年8月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月5日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xp0.cif.gz	197.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xp0.ent.gz	156.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xp0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xp0_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xp0_full_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示
XML形式データ	2xp0_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	2xp0_validation.cif.gz	35.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/2xp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/2xp0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xocSC 2xoyC 2xozC 1lgp 1lgq C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xoy-1 2xoc-1 2xoc-2 2xoy-2 2xoz-1 5e80-d 2xoz-2 1m9x-2 5f2u-d 4az9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR

B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR

ヘテロ分子

62.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	163.010, 52.030, 82.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.73, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR / CHECKPOINT WITH FORKHEAD AND RING FINGER DOMAINS PROTEIN / RING FINGER PROTEIN 196 / CHFR 分子量: 30736.721 Da / 分子数: 2 / 断片: CYSTEINE-RICH REGION, RESIDUES 394-664 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL 参照: UniProt: Q96EP1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.66 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 12% PEG 20000, 0.1M MES PH 6.5, 0.1M KCL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→49.51 Å / Num. obs: 46604 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XOC

2xoc

解像度: 1.978→39.715 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 18.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202	3878	8.6 %
R_work	0.1607	-	-
obs	0.1642	45210	96.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.619 Å² / k_sol: 0.326 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.5658 Å²	0 Å²	0.2431 Å²
2-	-	3.7974 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.7684 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.978→39.715 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3386	0	10	591	3987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3497
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.028	4751
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.159	1286
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	627

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.978-2.0022	0.2641	146	0.2227	1368	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0022-2.0275	0.2655	120	0.2099	1384	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0275-2.0542	0.2672	127	0.2076	1438	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0542-2.0823	0.2097	126	0.2034	1447	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0823-2.1121	0.2366	122	0.1996	1388	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1121-2.1436	0.2329	121	0.1863	1454	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1436-2.1771	0.2361	124	0.1821	1490	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1771-2.2128	0.2591	113	0.1776	1440	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2128-2.2509	0.2263	146	0.165	1429	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2509-2.2918	0.2038	141	0.1539	1473	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2918-2.3359	0.1884	144	0.1517	1429	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3359-2.3836	0.1911	147	0.1532	1486	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3836-2.4354	0.2238	139	0.1546	1466	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4354-2.4921	0.2031	157	0.1586	1455	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4921-2.5544	0.176	147	0.1543	1448	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5544-2.6234	0.2102	133	0.1538	1493	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6234-2.7006	0.1854	144	0.155	1500	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7006-2.7877	0.2197	141	0.158	1485	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7877-2.8874	0.2128	135	0.1684	1490	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8874-3.0029	0.2065	144	0.168	1496	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0029-3.1395	0.2351	143	0.1689	1513	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1395-3.305	0.2379	143	0.1634	1536	X-RAY DIFFRACTION	99
3.305-3.5119	0.1763	144	0.1525	1519	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5119-3.7829	0.169	144	0.1335	1510	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7829-4.1632	0.16	145	0.128	1518	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1632-4.7648	0.162	145	0.1213	1554	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7648-5.9998	0.1433	147	0.1361	1530	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9998-39.7227	0.192	150	0.1559	1593	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4505	0.1172	0.1871	0.471	-0.122	2.319	0.4737	-0.064	0.1683	-0.0816	0.0296	0.0682	0.1543	-0.3411	-0.3081	0.2199	0.0214	0.0857	0.2892	0.0187	0.1998	27.8199	24.1048	52.1836
2	0.0336	-0.1788	-0.0598	1.6252	0.3076	0.3474	0.0895	0.2281	-0.1058	0.0889	-0.2734	0.4216	0.0016	-0.39	0.1194	0.0887	0.0971	0.025	0.1929	0.0321	0.1741	34.412	27.4838	38.955
3	0.1309	-0.0273	-0.1083	0.2034	0.1979	0.2617	-0.0545	-0.0914	-0.0047	0.0555	0.0701	0.0004	-0.0776	-0.0391	-0.012	0.0952	0.0443	0.0035	0.1549	0.0245	0.0634	45.8568	25.4196	37.0581
4	0.3676	0.0029	0.0463	0.6087	-0.1059	0.324	0.0201	-0.0191	0.0113	0.1193	0.0322	0.0094	0.0532	-0.0549	-0.0526	0.0537	-0.0096	-0.0223	0.0654	0.022	0.0466	65.1505	9.946	28.7204
5	2.0441	0.3451	0.0012	0.0625	0.047	0.7331	-0.1491	0.0064	0.391	0.0056	0.181	-0.0158	-0.2296	0.141	-0.0168	0.1436	-0.021	-0.0143	0.0512	-0.0203	0.1061	63.2016	25.4891	23.7008
6	0.4062	0.0059	-0.2281	0.2058	0.0505	0.8862	0.0096	0.0328	-0.0491	-0.0303	0.0603	0.0124	-0.1168	-0.1067	-0.0808	0.0653	0.0114	-0.0183	0.0529	0.0295	0.0622	54.2932	20.9985	24.409
7	0.4623	0.2602	0.522	0.5239	0.5217	0.9033	0.058	0.0705	-0.1795	-0.0184	0.0893	-0.1462	0.0771	0.1188	-0.1416	0.0318	-0.0012	-0.0298	0.0133	-0.0107	0.0562	64.9049	3.802	16.4737
8	1.8176	-0.6334	-0.3271	0.5937	0.7722	1.2353	0.191	0.4464	0.1687	0.0025	-0.1991	-0.1142	-0.0756	-0.1374	0.0158	-0.0003	0.0217	-0.2604	0.1056	0.0935	-0.3981	58.5579	8.2303	4.2278
9	1.0124	-0.2781	0.7074	1.0208	-0.0168	1.2469	-0.234	0.0899	0.1317	0.1567	0.0943	-0.1322	0.091	-0.394	0.1405	0.0846	-0.0504	0.0163	0.1659	-0.053	0.0851	6.9604	-11.5113	32.1238
10	0.5997	0.129	-0.1499	0.463	0.1203	0.2489	-0.0671	0.2017	-0.0796	-0.0538	0.0299	-0.0022	0.0095	-0.1085	0.0245	0.0525	-0.0463	0.02	0.216	-0.0134	0.0577	12.172	-13.6839	17.4044
11	0.7332	-0.1769	-0.1153	0.1567	0.0842	0.1665	0.048	-0.1293	0.0853	0.0437	-0.0539	-0.0338	0.0531	-0.0315	0.0038	0.0688	-0.0331	0.017	0.0722	-0.0057	0.053	31.6392	-10.0244	15.8309
12	0.5461	0.0802	0.1407	0.0561	-0.0336	0.2082	0.0312	-0.0138	0.0567	-0.0049	-0.0278	-0.0272	0.001	-0.0081	-0.0066	0.0292	-0.0136	0.0048	0.0066	0.0069	0.0258	40.9634	-7.6538	4.225
13	0.3868	0.0558	0.0516	0.1455	0.2526	0.5759	0.0927	-0.0126	-0.1621	0.0974	0.0748	-0.286	0.1195	0.0426	-0.1999	0.1264	-0.0058	-0.0339	0.0353	0.0147	0.1815	57.1755	-19.0384	7.9728
14	0.3846	-0.6948	-0.1382	1.2807	0.2669	0.0474	0.1218	-0.031	-0.1204	-0.2688	-0.074	0.2357	0.1014	0.1716	-0.0419	0.1221	0.0392	-0.0139	0.0685	-0.0263	0.0957	54.0478	-24.2398	0.2886

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 425:477)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 478:500)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 501:543)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 544:571)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 572:588)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 589:617)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 618:657)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 658:663)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 425:476)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 477:507)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 508:557)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 558:630)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 631:655)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 656:663)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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