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万見
- PDB-2xow: Structure of GlpG in complex with a mechanism-based isocoumarin i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xow
タイトルStructure of GlpG in complex with a mechanism-based isocoumarin inhibitor
要素RHOMBOID PROTEASE GLPG
キーワードHYDROLASE / MEMBRANE PROTEIN / INTRAMEMBRANE PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


rhomboid protease / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rhomboid-like fold / Rhomboid-like / Peptidase S54, GlpG peptidase, N-terminal / Rhomboid protease GlpG / GlpG peptidase, N-terminal domain superfamily / Cytoplasmic N-terminal domain of rhomboid serine protease / Peptidase S54, rhomboid domain / Rhomboid domain / Rhomboid-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
5-AMINO-2-(2-METHOXY-2-OXOETHYL)BENZOIC ACID / Rhomboid protease GlpG
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Vinothkumar, K.R. / Strisovsky, K. / Andreeva, A. / Christova, Y. / Verhelst, S. / Freeman, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: The Structural Basis for Catalysis and Substrate Specificity of a Rhomboid Protease
著者: Vinothkumar, K.R. / Strisovsky, K. / Andreeva, A. / Christova, Y. / Verhelst, S. / Freeman, M.
履歴
登録2010年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年2月27日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHOMBOID PROTEASE GLPG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,32618
ポリマ－20,2141
非ポリマー5,11217
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.690, 110.690, 122.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 RHOMBOID PROTEASE GLPG / INTRAMEMBRANE SERINE PROTEASE / GLPG


分子量: 20214.020 Da / 分子数: 1 / 断片: CORE TM DOMAIN, RESIDUES 92-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P09391, rhomboid protease
#2: 化合物 ChemComp-ISM / 5-AMINO-2-(2-METHOXY-2-OXOETHYL)BENZOIC ACID


分子量: 209.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11NO4
#3: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細METHYL-2(2-CARBOXY-4-AMINO-PHENYL)ACETATE (ISM): LINKS C1 OF ISM AND OG OF S201 AND C8 OF ISM AND ...METHYL-2(2-CARBOXY-4-AMINO-PHENYL)ACETATE (ISM): LINKS C1 OF ISM AND OG OF S201 AND C8 OF ISM AND NE2 OF H254 THE ISOCOUMARIN RING IS OPENED BY THE NUCLEOPHILIC ATTACK OF S201 ON C1-O1 BOND AND SUBSEQUENTLY A REACTION BETWEEN HISTIDINE AT THE ACTIVE SITE CREATES A SECOND COVALENT BOND. ISM IS IDENTICAL TO HETEROGEN ICU IN PDB 1JIM BUT LACKS AN ACETATE MOLECULE AT POSITION C8. DIFFERENCE MAP PEAK INDICATE A POSSIBILITY OF ALTERNATE CONFORMATION AT RESIDUES 250-252 BUT SINCE THE DENSITY IS WEAK ONLY ONE CONFORMATION BASED ON GEOMETRY AND MAP HAS BEEN MODELLED. THE OCCUPANCY OF THE LIGAND ISM IS SET TO 1, WHEN REFINED IT INDICATES AN OCCUPANCY OF 0.92-0.96.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.47 % / 解説: NONE
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2 M AMMONIUM CHLORIDE, 0.1 M BIS-TRIS PH 7.0, 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→44.62 Å / Num. obs: 16662 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 37.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.09→2.2 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 85.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B45

3b45


解像度: 2.09→31.161 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: COVALENT LINK OF ICM WITH OG OF SER 201 AND NE2 OF HIS 254
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 844 5.1 %
Rwork0.1982 --
obs0.2004 16657 96.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.419 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6529 Å20 Å20 Å2
2---6.6529 Å20 Å2
3---13.3058 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→31.161 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1426 0 142 38 1606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1192136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.301571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004242
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.22090.2761280.24872273X-RAY DIFFRACTION85
2.2209-2.39230.26751540.21692608X-RAY DIFFRACTION97
2.3923-2.6330.23551370.19852707X-RAY DIFFRACTION100
2.633-3.01370.26211500.18952715X-RAY DIFFRACTION100
3.0137-3.79590.2191460.18462738X-RAY DIFFRACTION100
3.7959-31.16460.24081290.19872772X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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