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- PDB-2xoe: Crystal structure of flavoprotein NrdI from Bacillus anthracis in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xoe
タイトルCrystal structure of flavoprotein NrdI from Bacillus anthracis in the semiquinone form
要素NRDI PROTEIN
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / REDOX PROTEIN (酸化還元反応) / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE (リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein modification process / FMN binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase, class Ib, NrdI, bacterial / Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / CACODYLATE ION / フラビンモノヌクレオチド / Protein NrdI / Protein NrdI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Johansson, R. / Sprenger, J. / Torrents, E. / Sahlin, M. / Sjoberg, B.M. / Logan, D.T.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2010
タイトル: High Resolution Crystal Structures of Nrdi in the Oxidised and Reduced States: An Unusual Flavodoxin
著者: Johansson, R. / Torrents, E. / Lundin, D. / Sprenger, J. / Sahlin, M. / Sjoberg, B.M. / Logan, D.T.
履歴
登録2010年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42018年3月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NRDI PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3147
ポリマ－13,4651
非ポリマー8496
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.830, 45.260, 55.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NRDI PROTEIN / NRDI


分子量: 13465.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: STERNE / プラスミド: PETS153 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q81TB7, UniProt: A0A1T3V7R2*PLUS

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非ポリマー , 5種, 126分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン / カコジル酸


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細FLAVIN MONONUCLEOTIDE (FMN): SEMIQUINONE FORM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 10% (V/V) 2-PROPANOL, 0.2 M ZN ACETATE, 0.1 M NA CACODYLATE BUFFER PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.9077
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月26日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9077 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→26.7 Å / Num. obs: 21791 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 12.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XOD

2xod


解像度: 1.4→23.707 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.76 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: INITIAL REFINEMENT WAS DONE WITH REFMAC5. ELECTRON DENSITY SHOWED EVIDENCE OF DECARBOXYLATION OF SURFACE RESIDUES GLU29, ASP33, GLU61, AND GLU107 DUE TO RADIATION DAMAGE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 1106 5.1 %
Rwork0.1466 --
obs0.1487 21788 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.001 Å2 / ksol: 0.506 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9531 Å20 Å20 Å2
2--7.2398 Å20 Å2
3----2.3512 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→23.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数937 0 43 120 1100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0241039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9921420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.205394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.141157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01181
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.46370.32521430.23782535X-RAY DIFFRACTION99
1.4637-1.54090.30311390.21132513X-RAY DIFFRACTION99
1.5409-1.63740.24541190.17352585X-RAY DIFFRACTION99
1.6374-1.76380.21251360.14242526X-RAY DIFFRACTION99
1.7638-1.94120.18421460.11582589X-RAY DIFFRACTION100
1.9412-2.22190.1561360.11042584X-RAY DIFFRACTION100
2.2219-2.79870.21741480.12842624X-RAY DIFFRACTION100
2.7987-23.71030.14991390.15512726X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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