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万見
- PDB-2xnf: The Mediator Med25 activator interaction domain: Structure and co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xnf
タイトルThe Mediator Med25 activator interaction domain: Structure and cooperative binding of VP16 subdomains
要素MEDIATOR OF RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION SUBUNIT 25
キーワードTRANSCRIPTION / ACTIVATED TRANSCRIPTION / MEDIATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mediator complex assembly / core mediator complex / mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / Generic Transcription Pathway / positive regulation of chromatin binding / RSV-host interactions / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of fibroblast proliferation ...positive regulation of mediator complex assembly / core mediator complex / mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / Generic Transcription Pathway / positive regulation of chromatin binding / RSV-host interactions / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of fibroblast proliferation / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / transcription coactivator binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / transcription regulator complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mediator complex subunit 25, ACID domain / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Mediator complex, subunit Med25, PTOV domain / Mediator complex, subunit Med25, synapsin 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25, von Willebrand factor type A domain / Mediator complex subunit 25, PTOV domain superfamily / Mediator complex subunit 25 PTOV activation and synapsin 2 / Mediator complex subunit 25 synapsin 1 / Mediator complex subunit 25 von Willebrand factor type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily ...Mediator complex subunit 25, ACID domain / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Mediator complex, subunit Med25, PTOV domain / Mediator complex, subunit Med25, synapsin 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25, von Willebrand factor type A domain / Mediator complex subunit 25, PTOV domain superfamily / Mediator complex subunit 25 PTOV activation and synapsin 2 / Mediator complex subunit 25 synapsin 1 / Mediator complex subunit 25 von Willebrand factor type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / CYANA
データ登録者Vojnic, E. / Mourao, A. / Seizl, M. / Simon, B. / Wenzeck, L. / Lariviere, L. / Baumli, S. / Meisterernst, M. / Sattler, M. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure and Vp16 Binding of the Mediator Med25 Activator Interaction Domain.
著者: Vojnic, E. / Mourao, A. / Seizl, M. / Simon, B. / Wenzeck, L. / Lariviere, L. / Baumli, S. / Baumgart, K. / Meisterernst, M. / Sattler, M. / Cramer, P.
履歴
登録2010年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MEDIATOR OF RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION SUBUNIT 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2841
ポリマ－18,2841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 MEDIATOR OF RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION SUBUNIT 25 / MEDIATOR COMPLEX SUBUNIT 25 / ACTIVATOR-RECRUITED COFACTOR 92 KDA COMPONENT / ARC92 / ACTIVATOR ...MEDIATOR COMPLEX SUBUNIT 25 / ACTIVATOR-RECRUITED COFACTOR 92 KDA COMPONENT / ARC92 / ACTIVATOR INTERACTION DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / P78 / MED25


分子量: 18284.301 Da / 分子数: 1 / 断片: MED25 ACID DOMAIN, RESIDUES 394-543 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71SY5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
221HSQC
331HNCA
441HN(CA)CB
551CBCA(CO)NH
661(H)CCH-TOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING MULTIDIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED MED25 ACID DOMAIN

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試料調製

詳細内容: 90%WATER/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11006.51.0 atm295.0 K
2100 mM6.51.0 atm295.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE, SIMONSON,WARREN精密化
NMRView構造決定
精密化手法: CYANA / ソフトェア番号: 1 / 詳細: WATER-REFINED
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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