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- PDB-2xml: Crystal structure of human JMJD2C catalytic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xml
タイトルCrystal structure of human JMJD2C catalytic domain
要素LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4C
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRANSCRIPTION REGULATION / METAL BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36 demethylase activity / regulation of stem cell differentiation / blastocyst formation / regulation of androgen receptor signaling pathway / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / nuclear androgen receptor binding / stem cell population maintenance / histone H3K9 demethylase activity / androgen receptor signaling pathway ...histone H3K36 demethylase activity / regulation of stem cell differentiation / blastocyst formation / regulation of androgen receptor signaling pathway / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / nuclear androgen receptor binding / stem cell population maintenance / histone H3K9 demethylase activity / androgen receptor signaling pathway / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / regulation of gene expression / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors ...Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / N-OXALYLGLYCINE / Lysine-specific demethylase 4C
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Yue, W.W. / Gileadi, C. / Krojer, T. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Ng, S. / Carpenter, L. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...Yue, W.W. / Gileadi, C. / Krojer, T. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Ng, S. / Carpenter, L. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Evolutionary Basis for the Dual Substrate Selectivity of Human Kdm4 Histone Demethylase Family.
著者: Hillringhaus, L. / Yue, W.W. / Rose, N.R. / Ng, S.S. / Gileadi, C. / Loenarz, C. / Bello, S.H. / Bray, J.E. / Schofield, C.J. / Oppermann, U.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22015年5月13日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4C
B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,69412
ポリマ－80,9302
非ポリマー76410
水5,170287
1
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9588
ポリマ－40,4651
非ポリマー4937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7364
ポリマ－40,4651
非ポリマー2713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.660, 95.870, 100.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 10:161 OR RESSEQ 174:313 OR RESSEQ 315:347 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 10:161 OR RESSEQ 174:313 OR RESSEQ 315:347 )

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4C / JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROTEIN 3C / JMJD2C / GENE AMPLIFIED IN SQUAMOUS CELL ...JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROTEIN 3C / JMJD2C / GENE AMPLIFIED IN SQUAMOUS CELL CARCINOMA 1 PROTEIN / GASC-1 PROTEIN


分子量: 40465.168 Da / 分子数: 2 / 断片: JUMONJI DOMAIN, RESIDUES 1-347 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: Q9H3R0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9H3R0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

-
非ポリマー , 6種, 297分子

#2: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M NA_NITRATE; 15% PEG_3350; 5% V/V ETHYLENE_GLYCOL; 0.1M BIS_TRIS_PROPANE PH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→88.66 Å / Num. obs: 28447 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 20.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.37 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OQ7

2oq7


解像度: 2.55→40.572 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 1388 5 %
Rwork0.1961 --
obs0.1991 27764 96.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.849 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3933 Å20 Å20 Å2
2--0.4056 Å20 Å2
3----0.1553 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→40.572 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5471 0 37 287 5795
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2027721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7972086
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004991
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2645X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2645X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.099
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.64110.34751360.25662506X-RAY DIFFRACTION94
2.6411-2.74690.29091250.23372636X-RAY DIFFRACTION98
2.7469-2.87190.29661450.22252606X-RAY DIFFRACTION98
2.8719-3.02320.29751420.22072599X-RAY DIFFRACTION97
3.0232-3.21260.2841370.20062662X-RAY DIFFRACTION99
3.2126-3.46050.2471460.19192662X-RAY DIFFRACTION99
3.4605-3.80850.23621260.16982621X-RAY DIFFRACTION96
3.8085-4.3590.21871530.15552681X-RAY DIFFRACTION98
4.359-5.48980.19521310.14562660X-RAY DIFFRACTION96
5.4898-40.57710.20191470.18522743X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39320.0102-0.09090.5567-0.16210.36110.03530.11230.0950.00980.01330.0637-0.0184-0.1143-0.34960.02470.06470.01110.05620.04850.023846.756226.669547.016
20.7654-0.23470.0820.0719-0.02510.0090.16660.23340.08430.008-0.13820.049-0.013-0.0145-0.59480.08180.05870.04940.1201-0.02770.033760.932627.387934.6853
30.63840.29110.24670.209-0.01550.42840.1027-0.0269-0.06140.0695-0.0051-0.0384-0.1144-0.12940.01390.06190.06990.02110.03790.00150.065449.335627.581151.7859
41.97070.37330.24490.74560.11380.03730.0609-0.2758-0.0013-0.1192-0.1035-0.1515-0.0272-0.0646-0.03080.04780.02150.00010.03940.01160.089559.217710.717255.3309
50.5825-0.11090.04410.1781-0.01620.2918-0.0294-0.0933-0.05070.11650.02060.0208-0.0085-0.1737-0.01610.03520.0283-0.00840.08270.0120.023144.282119.011962.5539
61.3442-0.44590.7330.3334-0.48480.9107-0.00670.0255-0.0419-0.0393-0.0352-0.0152-0.01670.1016-0.00780.04130.05810.01150.0101-0.00290.00415.135121.583962.9305
70.3831-0.18120.48520.1948-0.06440.944-0.02350.09290.2204-0.0182-0.0212-0.1606-0.00650.17090.00990.0824-0.0092-0.01970.02820.03470.166415.978936.932955.8633
80.3844-0.12410.10420.1908-0.05670.4507-0.0456-0.0149-0.07650.00360.0352-0.0583-0.03440.0407-0.04720.06750.04430.01310.0369-0.00080.07671.272626.842251.5122
90.8583-0.33660.69970.40220.48163.9118-0.01130.25720.0937-0.0546-0.2411-0.0493-0.39540.0506-0.27160.0686-0.01690.02780.11580.05420.0623-5.136737.718334.1264
100.0263-0.00140.00830.00130.00790.0589-0.0953-0.0428-0.02810.15910.05180.1461-0.0341-0.0346-0.00930.28510.20920.00160.146-0.06750.2067-4.456441.425551.5718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 10:99)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 100:120)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 121:215)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 216:262)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 263:347)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 10:220)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 221:262)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 263:329)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 330:342)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 343:347)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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