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- PDB-2xmi: Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodies... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xmi
タイトルCatalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodiesterase, complexed with citrate
要素2', 3'-CYCLIC-NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE
キーワードHYDROLASE / MYELIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath adaxonal region / myelin sheath abaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / pseudopodium / microvillus ...cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath adaxonal region / myelin sheath abaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / pseudopodium / microvillus / forebrain development / axonogenesis / adult locomotory behavior / response to toxic substance / melanosome / myelin sheath / response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / RNA binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase fold / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase superfamily / Cyclic nucleotide phosphodiesterase / : / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase (CNP or CNPase) / Cyclic phosphodiesterase / AAA domain / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Myllykoski, M. / Kursula, P.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Myelin 2',3'-Cyclic Nucleotide 3'-Phosphodiesterase: Active-Site Ligand Binding and Molecular Conformation.
著者: Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Han, H. / Kursula, P.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2', 3'-CYCLIC-NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5753
ポリマ－24,2941
非ポリマー2812
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.620, 47.110, 107.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2', 3'-CYCLIC-NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE / CNPASE / CNP


分子量: 24293.928 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 159-378 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PTH 27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA
参照: UniProt: P16330, 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 3.5 / 詳細: pH 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→35 Å / Num. obs: 22280 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.95 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.68
反射 シェル解像度: 1.74→1.79 Å / 冗長度: 6.09 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WOJ

1woj


解像度: 1.74→32.862 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 19.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2089 1114 5 %
Rwork0.1779 --
obs0.1795 22280 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.092 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.9395 Å20 Å20 Å2
2---6.3624 Å20 Å2
3----0.5771 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→32.862 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1680 0 19 162 1861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061734
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9382334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.324645
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7402-1.81930.34311350.27922577X-RAY DIFFRACTION100
1.8193-1.91530.28091370.23732603X-RAY DIFFRACTION100
1.9153-2.03520.2481370.18862600X-RAY DIFFRACTION100
2.0352-2.19240.21091390.16962631X-RAY DIFFRACTION100
2.1924-2.41290.19881370.16742607X-RAY DIFFRACTION100
2.4129-2.76190.21011400.17972660X-RAY DIFFRACTION100
2.7619-3.47910.20341410.16582676X-RAY DIFFRACTION100
3.4791-32.86760.18381480.16852812X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8203-0.4362-1.13530.38470.26890.6971-0.2731-0.1492-0.1970.19010.118-0.00620.30050.20050.09180.10270.03280.02660.14720.03080.1299-10.9183-15.341630.3659
22.31720.4574-0.26841.460.80520.9283-0.13750.1986-0.1041-0.68220.169-0.4542-0.09890.3561-0.0850.3054-0.09890.14980.2354-0.03930.18488.9464-2.12539.7751
33.37470.3081-0.28081.4967-1.18260.93720.0887-0.26880.9744-1.26260.3130.4318-1.2413-0.0733-0.31460.9006-0.01620.22810.3145-0.09070.655311.049414.373713.1913
40.28230.0831-0.06831.60340.03480.3402-0.09170.0644-0.0893-0.18260.06840.0383-0.0795-0.01830.00310.1125-0.0154-0.01160.1497-0.00860.1037-2.2555-4.923.0158
51.51361.1949-0.12084.525-0.13680.5951-0.20150.17710.046-0.610.21820.46350.1336-0.1178-0.03230.1208-0.0381-0.05270.1224-0.00260.1193-11.1368-15.163517.1667
60.3405-0.92740.96252.9092-3.68135.48410.84420.0131-0.2482-0.24310.18550.97290.12290.6199-0.82660.373-0.0528-0.18140.45-0.07050.6881-21.1852-3.011416.9205
71.60521.2387-0.72072.7122-0.25960.5975-0.14010.04530.1896-0.53020.27280.1814-0.0252-0.001-0.06780.1851-0.0444-0.05770.10110.03290.1264-8.107-1.75212.506
81.22270.4181-0.08073.50220.18190.3278-0.2740.2954-0.1335-1.21090.2842-0.16510.1013-0.090.02560.4174-0.0720.05850.1866-0.05250.0901-0.0021-8.17138.0155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 160:175)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 176:205)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 206:213)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 214:244)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 245:290)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 291:298)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 299:338)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 339:378)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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