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- PDB-2xmh: The X-ray structure of CTP:inositol-1-phosphate cytidylyltransfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xmh
タイトルThe X-ray structure of CTP:inositol-1-phosphate cytidylyltransferase from Archaeoglobus fulgidus
要素CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / CDP-INOSITOL / DI-MYO-INOSITOL PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


1L-myo-inositol 1-phosphate cytidylyltransferase / CDP-L-myo-inositol myo-inositolphosphotransferase / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / phospholipid biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferase, transmembrane domain / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature. / MobA-like NTP transferase / MobA-like NTP transferase domain / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases ...: / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferase, transmembrane domain / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature. / MobA-like NTP transferase / MobA-like NTP transferase domain / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Bifunctional IPC transferase and DIPP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Brito, J.A. / Borges, N. / Vonrhein, C. / Santos, H. / Archer, M.
引用
ジャーナル: J. Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus CTP:inositol-1-phosphate cytidylyltransferase, a key enzyme for di-myo-inositol-phosphate synthesis in (hyper)thermophiles.
著者: Brito, J.A. / Borges, N. / Vonrhein, C. / Santos, H. / Archer, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Production, Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Ctp:Inositol-1-Phosphate Cytidylyltransferase from Archaeoglobus Fulgidus.
著者: Brito, J.A. / Borges, N. / Santos, H. / Archer, M.
履歴
登録2010年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_radiation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
B: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
C: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
D: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
E: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
F: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,2929
ポリマ－157,7256
非ポリマー5673
水3,675204
1
A: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
B: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7643
ポリマ－52,5752
非ポリマー1891
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-8.1 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
2
C: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
D: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7643
ポリマ－52,5752
非ポリマー1891
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17770 Å2
手法PISA
3
E: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
F: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7643
ポリマ－52,5752
非ポリマー1891
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-10.2 kcal/mol
Surface area18120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.680, 83.850, 127.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2015-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9083, 0.4181, -0.01058), (0.4181, -0.9084, 0.003995), (-0.00794, -0.008052, -0.9999)1.683, -1.658, 313
2given(-0.4941, -0.5931, -0.6357), (-0.6177, -0.275, 0.7367), (-0.6118, 0.7567, -0.2305)99.08, -87.28, 164.8
3given(-0.8899, 0.3691, 0.2681), (0.3362, 0.1332, 0.9323), (0.3084, 0.9198, -0.2426)-30.36, -172.2, 221.9

-
要素

#1: タンパク質
CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE


分子量: 26287.434 Da / 分子数: 6 / 断片: SOLUBLE DOMAIN, RESIDUES 55-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 株: DSMZ 7324 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / プラスミド: PET19B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O29976
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.2 M SODIUM CITRATE, 100 MM HEPES PH 8.2 .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.067
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.067 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.28 Å / Num. obs: 64618 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 57.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→35.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8833 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8527 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2748 3285 5.1 %RANDOM
Rwork0.2327 ---
obs0.2348 64587 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 72.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.4336 Å20 Å20 Å2
2---18.9854 Å20 Å2
3---27.4191 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.444 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9598 0 39 204 9841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019818HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2313222HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3616SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes240HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1427HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9818HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1249SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11212SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3135 253 5.31 %
Rwork0.2908 4510 -
all0.292 4763 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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