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- PDB-2xlk: Crystal structure of the Csy4-crRNA complex, orthorhombic form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xlk
タイトルCrystal structure of the Csy4-crRNA complex, orthorhombic form
要素
  • 5'-R(*CP*UP*GP*CP*CP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*GP*CP*A*DG*C)-3'
  • CSY4 ENDORIBONUCLEASE
キーワードHYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / ENDORIBONUCLEASE / CRISPR
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4 / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / : / CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.805 Å
データ登録者Haurwitz, R.E. / Jinek, M. / Wiedenheft, B. / Zhou, K. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Sequence- and Structure-Specific RNA Processing by a Crispr Endonuclease.
著者: Haurwitz, R.E. / Jinek, M. / Wiedenheft, B. / Zhou, K. / Doudna, J.A.
履歴
登録2010年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CSY4 ENDORIBONUCLEASE
B: CSY4 ENDORIBONUCLEASE
C: 5'-R(*CP*UP*GP*CP*CP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*GP*CP*A*DG*C)-3'
D: 5'-R(*CP*UP*GP*CP*CP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*GP*CP*A*DG*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9264
ポリマ－53,9264
非ポリマー00
水7,440413
1
B: CSY4 ENDORIBONUCLEASE
D: 5'-R(*CP*UP*GP*CP*CP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*GP*CP*A*DG*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9632
ポリマ－26,9632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-12.7 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
2
A: CSY4 ENDORIBONUCLEASE
C: 5'-R(*CP*UP*GP*CP*CP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*GP*CP*A*DG*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9632
ポリマ－26,9632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-12.4 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.060, 78.910, 145.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CSY4 ENDORIBONUCLEASE


分子量: 21866.002 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / プラスミド: PHMGWA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 (DE3) / 参照: UniProt: A3KUJ4, UniProt: Q02MM2*PLUS
#2: RNA鎖 5'-R(*CP*UP*GP*CP*CP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*GP*CP*A*DG*C)-3' / PA14 CRRNA HAIRPIN


分子量: 5097.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 2-DEOXY MODIFICATION AT G20 / 由来: (合成) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 22 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 22 TO CYS
配列の詳細THE SEQUENCE GSFT AT THE N-TERMINUS IS DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR. THE DOWNSTREAM SEQUENCE ...THE SEQUENCE GSFT AT THE N-TERMINUS IS DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR. THE DOWNSTREAM SEQUENCE MDHYLDIRLRPDPEFPPAQL IS NOT PRESENT IN THE GB YP_790814 ENTRY DUE TO MISANNOTATED METHIONINE START CODON. THE SEQUENCE CONFLICT STEMS A3KUJ4 CORRESPONDING TO A DIFFERENT P. AERUGINOSA STRAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 160 MM SODIUM ACETATE PH 4.6, 18% (W/V) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99992
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→69.4 Å / Num. obs: 43284 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 21.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XLI

2xli


解像度: 1.805→69.413 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 2164 5 %
Rwork0.1844 --
obs0.186 43284 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.571 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3678 Å20 Å2-0 Å2
2--4.1419 Å20 Å2
3----3.7742 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.805→69.413 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2975 642 0 413 4030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0865275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9891534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005587
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.805-1.8470.30041330.23452514X-RAY DIFFRACTION93
1.847-1.89320.2571420.21032704X-RAY DIFFRACTION100
1.8932-1.94440.20321410.18722692X-RAY DIFFRACTION100
1.9444-2.00160.24081440.18332748X-RAY DIFFRACTION100
2.0016-2.06620.20911410.18612684X-RAY DIFFRACTION100
2.0662-2.14010.23591430.17662717X-RAY DIFFRACTION100
2.1401-2.22570.20281450.18212748X-RAY DIFFRACTION100
2.2257-2.3270.22341440.17872726X-RAY DIFFRACTION100
2.327-2.44970.24081430.19772732X-RAY DIFFRACTION100
2.4497-2.60320.26391450.19132748X-RAY DIFFRACTION100
2.6032-2.80420.23651450.19892756X-RAY DIFFRACTION100
2.8042-3.08640.22631460.19292775X-RAY DIFFRACTION100
3.0864-3.5330.1931460.17052782X-RAY DIFFRACTION100
3.533-4.45110.18631500.15372832X-RAY DIFFRACTION100
4.4511-69.46430.19321560.17962962X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2950.21490.2070.46880.01510.57450.0455-0.11780.024-0.0489-0.0801-0.0142-0.02930.06330.00020.06660.0176-0.00070.1851-0.02090.120114.331926.268730.9088
20.00330.01180.0240.0828-0.05580.03360.06050.04420.04410.0228-0.286-0.24470.1516-0.026100.3148-0.0791-0.01380.17240.03310.203519.854321.436864.0839
30.2761-0.032-0.07861.05480.22480.5517-0.0753-0.0427-0.0054-0.02340.0948-0.01060.082-0.02410.15130.06660.01170.0020.05830.00480.10173.86658.957310.369
40.0465-0.0164-0.0054-0.01470.00550.03360.01960.0011-0.2995-0.5240.2156-0.11260.23320.34060.00540.48560.04540.11080.1467-0.09220.213218.7493-12.196-13.9495
50.1509-0.02540.12170.03580.04080.0663-0.07720.23590.05910.15110.0584-0.00780.1309-0.025100.28910.0504-0.00290.28710.01120.159914.118328.181855.4057
60.44320.2897-0.28310.2869-0.07180.24740.21330.00280.10050.6708-0.0126-0.0537-0.0442-0.03110.09120.4622-0.0142-0.09760.1211-0.02430.1162-8.457941.02349.978
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND NOT RESID 109:139
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 109:138
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND NOT RESID 109:135
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 109:135
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN C
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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